src/jalview/datamodel/ContactListImpl.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 /**
   4  * helper class to compute min/max/mean for a range on a contact list
   5  *
   6  * @author jprocter
   7  *
   8  */
   9 public class ContactListImpl implements ContactListI
  10 {
  11   ContactListProviderI clist;
  12
  13   public static ContactListI newContactList(ContactListProviderI list)
  14   {
  15     return new ContactListImpl(list);
  16   }
  17
  18   public ContactListImpl(ContactListProviderI list)
  19   {
  20     clist = list;
  21   }
  22
  23   @Override
  24   public int getPosition()
  25   {
  26     return clist.getPosition();
  27   }
  28
  29   @Override
  30   public double getContactAt(int column)
  31   {
  32     return clist.getContactAt(column);
  33   }
  34
  35   @Override
  36   public int getContactHeight()
  37   {
  38     return clist.getContactHeight();
  39   }
  40
  41   @Override
  42   public ContactRange getRangeFor(int from_column, int to_column)
  43   {
  44     if (clist instanceof ContactListI)
  45     {
  46       // clist may implement getRangeFor in a more efficient way, so use theirs
  47       return ((ContactListI) clist).getRangeFor(from_column, to_column);
  48     }
  49     if (from_column < 0)
  50     {
  51       from_column = 0;
  52     }
  53     if (to_column > getContactHeight())
  54     {
  55       to_column = getContactHeight();
  56     }
  57     ContactRange cr = new ContactRange();
  58     cr.setFrom_column(from_column);
  59     cr.setTo_column(to_column);
  60     double tot = 0;
  61     for (int i = from_column; i <= to_column; i++)
  62     {
  63       double contact = getContactAt(i);
  64       tot += contact;
  65       if (i == from_column)
  66       {
  67         cr.setMin(contact);
  68         cr.setMax(contact);
  69         cr.setMinPos(i);
  70         cr.setMaxPos(i);
  71       }
  72       else
  73       {
  74         if (cr.getMax() < contact)
  75         {
  76           cr.setMax(contact);
  77           cr.setMaxPos(i);
  78         }
  79         if (cr.getMin() < contact)
  80         {
  81           cr.setMin(contact);
  82           cr.setMinPos(i);
  83         }
  84       }
  85     }
  86     if (tot > 0)
  87     {
  88       cr.setMean(tot / (1 + to_column - from_column));
  89     }
  90     else
  91     {
  92       cr.setMean(tot);
  93     }
  94     return cr;
  95   }
  96
  97 }