src/jalview/datamodel/ContactMapHolder.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import java.util.Collection;
   4 import java.util.Collections;
   5 import java.util.HashMap;
   6 import java.util.Map;
   7
   8 import jalview.ws.datamodel.MappableContactMatrixI;
   9
  10 public class ContactMapHolder implements ContactMapHolderI
  11 {
  12
  13   Map<Object, ContactMatrixI> contactmaps = new HashMap<>();
  14
  15   @Override
  16   public Collection<ContactMatrixI> getContactMaps()
  17   {
  18     if (contactmaps != null && contactmaps.size() > 0)
  19     {
  20       return contactmaps.values();
  21     }
  22     return Collections.EMPTY_LIST;
  23   }
  24
  25   @Override
  26   public ContactListI getContactListFor(AlignmentAnnotation _aa, int column)
  27   {
  28     ContactMatrixI cm = contactmaps.get(_aa.annotationId);
  29     if (cm == null)
  30     {
  31       return null;
  32     }
  33     if (cm instanceof MappableContactMatrixI)
  34     {
  35       if (_aa.sequenceRef!=null)
  36       {
  37         return ((MappableContactMatrixI)cm).getMappableContactList(_aa.sequenceRef, column);
  38       }
  39     }
  40     // TODO: could resolve sequence position to column position here
  41     // TODO: what about for complexes - where contactMatrix may involve two or
  42     // more sequences
  43     return cm.getContactList(column);
  44   }
  45
  46   @Override
  47   public AlignmentAnnotation addContactList(ContactMatrixI cm)
  48   {
  49
  50     AlignmentAnnotation aa = new AlignmentAnnotation(cm.getAnnotLabel(),
  51             cm.getAnnotDescr(), new Annotation[0]);
  52     aa.graph = AlignmentAnnotation.CONTACT_MAP;
  53     aa.graphMin = cm.getMin();
  54     aa.graphMax = cm.getMax();
  55     aa.editable = false;
  56     aa.calcId = cm.getType();
  57
  58     contactmaps.put(aa.annotationId, cm);
  59     // TODO: contact matrices could be intra or inter - more than one refseq
  60     // possible!
  61     if (cm instanceof MappableContactMatrixI)
  62     {
  63       aa.setSequenceRef(((MappableContactMatrixI) cm).getReferenceSeq());
  64     }
  65     return aa;
  66   }
  67
  68   @Override
  69   public ContactMatrixI getContactMatrixFor(AlignmentAnnotation ann)
  70   {
  71     return contactmaps == null ? null : contactmaps.get(ann.annotationId);
  72   }
  73
  74   @Override
  75   public void addContactListFor(AlignmentAnnotation annotation,
  76           ContactMatrixI cm)
  77   {
  78     // update annotation with data from contact map
  79     annotation.graphMin = cm.getMin();
  80     annotation.graphMax = cm.getMax();
  81     annotation.editable = false;
  82     annotation.graph = AlignmentAnnotation.CONTACT_MAP;
  83     annotation.calcId = cm.getType();
  84     if (annotation.label == null || "".equals(annotation.label))
  85     {
  86       annotation.label = cm.getAnnotLabel();
  87
  88     }
  89     if (annotation.description == null || "".equals(annotation.description))
  90     {
  91       annotation.description = cm.getAnnotDescr();
  92     }
  93     contactmaps.put(annotation.annotationId, cm);
  94   }
  95 }