src/jalview/datamodel/ContactMatrix.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import java.util.ArrayList;
   4 import java.util.List;
   5
   6 public class ContactMatrix implements ContactMatrixI
   7 {
   8   /**
   9    * are contacts reflexive ?
  10    */
  11   boolean symmetric = true;
  12
  13   public ContactMatrix(boolean symmetric)
  14   {
  15     this.symmetric = symmetric;
  16   }
  17
  18   List<List<Float>> contacts = null;
  19
  20   int width = 0, numcontacts = 0;
  21
  22   float min = 0f, max = 0f;
  23
  24   public void addContact(int left, int right, float strength)
  25   {
  26     if (left < 0 || right < 0)
  27     {
  28       throw new Error(new RuntimeException(
  29               "Cannot have negative indices for contact left=" + left
  30                       + " right=" + right + " strength=" + strength));
  31     }
  32     if (symmetric)
  33     {
  34       if (left > right)
  35       {
  36         // swap
  37         int r = right;
  38         right = left;
  39         left = r;
  40       }
  41     }
  42     if (contacts == null)
  43     {
  44       // TODO: use sparse list for efficiency ?
  45       contacts = new ArrayList<List<Float>>();
  46     }
  47     List<Float> clist = contacts.get(left);
  48     if (clist == null)
  49     {
  50       clist = new ArrayList<Float>();
  51       contacts.set(left, clist);
  52     }
  53     Float last = clist.set(right, strength);
  54     // TODO: if last is non null, may need to recompute range
  55     checkBounds(strength);
  56     if (last == null)
  57     {
  58       numcontacts++;
  59     }
  60   }
  61
  62   private void checkBounds(float strength)
  63   {
  64     if (min > strength)
  65     {
  66       min = strength;
  67     }
  68     if (max < strength)
  69     {
  70       max = strength;
  71     }
  72   }
  73
  74   @Override
  75   public ContactListI getContactList(final int column)
  76   {
  77     if (column < 0 || column >= width)
  78     {
  79       return null;
  80     }
  81
  82     return new ContactListImpl(new ContactListProviderI()
  83     {
  84       int p = column;
  85
  86       @Override
  87       public int getPosition()
  88       {
  89         return p;
  90       }
  91
  92       @Override
  93       public int getContactHeight()
  94       {
  95         return width;
  96
  97       }
  98
  99       @Override
 100       public double getContactAt(int column)
 101       {
 102         List<Float> clist;
 103         Float cl = null;
 104         if (symmetric)
 105         {
 106           if (p < column)
 107           {
 108             clist = contacts.get(p);
 109             cl = clist.get(column);
 110           }
 111           else
 112           {
 113             clist = contacts.get(column);
 114             cl = clist.get(p);
 115           }
 116         }
 117         else
 118         {
 119           clist = contacts.get(p);
 120           cl = clist.get(column);
 121         }
 122         if (cl == null)
 123         {
 124           // return 0 not NaN ?
 125           return Double.NaN;
 126         }
 127         return cl.doubleValue();
 128       }
 129     });
 130   }
 131
 132   @Override
 133   public float getMin()
 134   {
 135     return min;
 136   }
 137
 138   @Override
 139   public float getMax()
 140   {
 141     return max;
 142   }
 143
 144   @Override
 145   public boolean hasReferenceSeq()
 146   {
 147     // TODO Auto-generated method stub
 148     return false;
 149   }
 150
 151   @Override
 152   public SequenceI getReferenceSeq()
 153   {
 154     // TODO Auto-generated method stub
 155     return null;
 156   }
 157
 158   @Override
 159   public String getAnnotLabel()
 160   {
 161     return "Contact Matrix";
 162   }
 163
 164   @Override
 165   public String getAnnotDescr()
 166   {
 167     return "Contact Matrix";
 168   }
 169 }