src/jalview/datamodel/DBRefEntry.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 public class DBRefEntry
  24 {
  25   String source = "", version = "", accessionId = "";
  26
  27   /**
  28    * maps from associated sequence to the database sequence's coordinate system
  29    */
  30   Mapping map = null;
  31
  32   public DBRefEntry()
  33   {
  34
  35   }
  36
  37   public DBRefEntry(String source, String version, String accessionId)
  38   {
  39     this(source, version, accessionId, null);
  40   }
  41
  42   /**
  43    *
  44    * @param source
  45    *          canonical source (uppercase only)
  46    * @param version
  47    *          (source dependent version string)
  48    * @param accessionId
  49    *          (source dependent accession number string)
  50    * @param map
  51    *          (mapping from local sequence numbering to source accession
  52    *          numbering)
  53    */
  54   public DBRefEntry(String source, String version, String accessionId,
  55           Mapping map)
  56   {
  57     this.source = source.toUpperCase();
  58     this.version = version;
  59     this.accessionId = accessionId;
  60     this.map = map;
  61   }
  62
  63   public DBRefEntry(DBRefEntry entry)
  64   {
  65     this(
  66             (entry.source == null ? "" : new String(entry.source)),
  67             (entry.version == null ? "" : new String(entry.version)),
  68             (entry.accessionId == null ? "" : new String(entry.accessionId)),
  69             (entry.map == null ? null : new Mapping(entry.map)));
  70   }
  71
  72   @Override
  73   public boolean equals(Object o)
  74   {
  75     // TODO should also override hashCode to ensure equal objects have equal
  76     // hashcodes
  77     if (o == null || !(o instanceof DBRefEntry))
  78     {
  79       return false;
  80     }
  81     DBRefEntry entry = (DBRefEntry) o;
  82     if (entry == this)
  83     {
  84       return true;
  85     }
  86     if (equalRef(entry)
  87             && ((map == null && entry.map == null) || (map != null
  88                     && entry.map != null && map.equals(entry.map))))
  89     {
  90       return true;
  91     }
  92     return false;
  93   }
  94
  95   /**
  96    * test for similar DBRef attributes, except for the map object.
  97    *
  98    * @param entry
  99    * @return true if source, accession and version are equal with those of entry
 100    */
 101   public boolean equalRef(DBRefEntry entry)
 102   {
 103     if (entry == null)
 104     {
 105       return false;
 106     }
 107     if (entry == this)
 108     {
 109       return true;
 110     }
 111     if ((source != null && entry.source != null && source
 112             .equalsIgnoreCase(entry.source))
 113             && (accessionId != null && entry.accessionId != null && accessionId
 114                     .equalsIgnoreCase(entry.accessionId))
 115             && (version != null && entry.version != null && version
 116                     .equalsIgnoreCase(entry.version)))
 117     {
 118       return true;
 119     }
 120     return false;
 121   }
 122
 123   public String getSource()
 124   {
 125     return source;
 126   }
 127
 128   public String getVersion()
 129   {
 130     return version;
 131   }
 132
 133   public String getAccessionId()
 134   {
 135     return accessionId;
 136   }
 137
 138   /**
 139    * @param accessionId
 140    *          the accessionId to set
 141    */
 142   public void setAccessionId(String accessionId)
 143   {
 144     this.accessionId = accessionId;
 145   }
 146
 147   /**
 148    * @param source
 149    *          the source to set
 150    */
 151   public void setSource(String source)
 152   {
 153     this.source = source;
 154   }
 155
 156   /**
 157    * @param version
 158    *          the version to set
 159    */
 160   public void setVersion(String version)
 161   {
 162     this.version = version;
 163   }
 164
 165   /**
 166    * @return the map
 167    */
 168   public Mapping getMap()
 169   {
 170     return map;
 171   }
 172
 173   /**
 174    * @param map
 175    *          the map to set
 176    */
 177   public void setMap(Mapping map)
 178   {
 179     this.map = map;
 180   }
 181
 182   public boolean hasMap()
 183   {
 184     return map != null;
 185   }
 186
 187   /**
 188    *
 189    * @return source+":"+accessionId
 190    */
 191   public String getSrcAccString()
 192   {
 193     return ((source != null) ? source : "") + ":"
 194             + ((accessionId != null) ? accessionId : "");
 195   }
 196
 197   public String toString()
 198   {
 199     return getSrcAccString();
 200   }
 201 }