src/jalview/datamodel/DBRefEntry.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.datamodel;
  20
  21 public class DBRefEntry
  22 {
  23   String source="", version="", accessionId="";
  24   /**
  25    * maps from associated sequence to the database sequence's coordinate system
  26    */
  27   Mapping map=null;
  28   public DBRefEntry() {
  29
  30   }
  31   public DBRefEntry(String source, String version, String accessionId)
  32   {
  33     this(source, version, accessionId, null);
  34   }
  35   public DBRefEntry(String source, String version, String accessionId, Mapping map) {
  36     this.source = source;
  37     this.version = version;
  38     this.accessionId = accessionId;
  39     this.map = map;
  40   }
  41   public DBRefEntry(DBRefEntry entry)
  42   {
  43     this(new String(entry.source), new String(entry.version), new String(entry.accessionId), new Mapping(entry.map));
  44   }
  45   public boolean equals(DBRefEntry entry) {
  46       if (entry==this)
  47           return true;
  48       if (entry==null)
  49           return false;
  50       if ((source!=null && entry.source!=null && source.equals(entry.source))
  51           &&
  52           (accessionId!=null && entry.accessionId!=null && accessionId.equals(entry.accessionId))
  53           &&
  54           (version!=null && entry.version!=null && version.equals(entry.version))
  55           &&
  56           ((map==null && entry.map==null) || (map!=null && entry.map!=null && map.equals(entry.map)))) {
  57               return true;
  58           }
  59       return false;
  60   }
  61   public String getSource()
  62   {
  63     return source;
  64   }
  65
  66   public String getVersion()
  67   {
  68     return version;
  69   }
  70
  71   public String getAccessionId()
  72   {
  73     return accessionId;
  74   }
  75 /**
  76  * @param accessionId the accessionId to set
  77  */
  78 public void setAccessionId(String accessionId) {
  79     this.accessionId = accessionId;
  80 }
  81 /**
  82  * @param source the source to set
  83  */
  84 public void setSource(String source) {
  85     this.source = source;
  86 }
  87 /**
  88  * @param version the version to set
  89  */
  90 public void setVersion(String version) {
  91     this.version = version;
  92 }
  93 /**
  94  * @return the map
  95  */
  96 public Mapping getMap() {
  97     return map;
  98 }
  99 /**
 100  * @param map the map to set
 101  */
 102 public void setMap(Mapping map) {
 103     this.map = map;
 104 }
 105 public boolean hasMap()
 106 {
 107   // TODO Auto-generated method stub
 108   return map!=null;
 109 }
 110 /**
 111  *
 112  * @return source+":"+accessionId
 113  */
 114 public String getSrcAccString()
 115 {
 116   return ((source!=null) ? source : "")
 117     + ":" + ((accessionId!=null) ? accessionId : "");
 118 }
 119 }