src/jalview/datamodel/DBRefEntry.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.datamodel;
  20
  21 public class DBRefEntry
  22 {
  23   String source="", version="", accessionId="";
  24   /**
  25    * maps from associated sequence to the database sequence's coordinate system
  26    */
  27   Mapping map=null;
  28   public DBRefEntry() {
  29
  30   }
  31   public DBRefEntry(String source, String version, String accessionId)
  32   {
  33     this(source, version, accessionId, null);
  34   }
  35   public DBRefEntry(String source, String version, String accessionId, Mapping map) {
  36     this.source = source;
  37     this.version = version;
  38     this.accessionId = accessionId;
  39     this.map = map;
  40   }
  41   public DBRefEntry(DBRefEntry entry)
  42   {
  43     this(new String(entry.source), new String(entry.version), new String(entry.accessionId), new Mapping(entry.map));
  44   }
  45   public boolean equals(DBRefEntry entry) {
  46       if (entry==this)
  47           return true;
  48       if (entry==null)
  49           return false;
  50       if (equalRef(entry)
  51               &&
  52           ((map==null && entry.map==null) || (map!=null && entry.map!=null && map.equals(entry.map)))) {
  53               return true;
  54           }
  55       return false;
  56   }
  57   /**
  58    * test for similar DBRef attributes, except for the map object.
  59    * @param entry
  60    * @return true if source, accession and version are equal with those of entry
  61    */
  62   public boolean equalRef(DBRefEntry entry)
  63   {
  64     if (entry==null)
  65     {
  66       return false;
  67     }
  68     if (entry==this)
  69       return true;
  70     if ((source!=null && entry.source!=null && source.equals(entry.source))
  71             &&
  72             (accessionId!=null && entry.accessionId!=null && accessionId.equals(entry.accessionId))
  73             &&
  74             (version!=null && entry.version!=null && version.equals(entry.version))
  75             )
  76     {
  77       return true;
  78     }
  79     return false;
  80   }
  81   public String getSource()
  82   {
  83     return source;
  84   }
  85
  86   public String getVersion()
  87   {
  88     return version;
  89   }
  90
  91   public String getAccessionId()
  92   {
  93     return accessionId;
  94   }
  95 /**
  96  * @param accessionId the accessionId to set
  97  */
  98 public void setAccessionId(String accessionId) {
  99     this.accessionId = accessionId;
 100 }
 101 /**
 102  * @param source the source to set
 103  */
 104 public void setSource(String source) {
 105     this.source = source;
 106 }
 107 /**
 108  * @param version the version to set
 109  */
 110 public void setVersion(String version) {
 111     this.version = version;
 112 }
 113 /**
 114  * @return the map
 115  */
 116 public Mapping getMap() {
 117     return map;
 118 }
 119 /**
 120  * @param map the map to set
 121  */
 122 public void setMap(Mapping map) {
 123     this.map = map;
 124 }
 125 public boolean hasMap()
 126 {
 127   return map!=null;
 128 }
 129 /**
 130  *
 131  * @return source+":"+accessionId
 132  */
 133 public String getSrcAccString()
 134 {
 135   return ((source!=null) ? source : "")
 136     + ":" + ((accessionId!=null) ? accessionId : "");
 137 }
 138 }