src/jalview/datamodel/DBRefEntry.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import jalview.api.DBRefEntryI;
  24
  25 public class DBRefEntry implements DBRefEntryI
  26 {
  27   String source = "", version = "", accessionId = "";
  28
  29   private int startRes, endRes;
  30   /**
  31    * maps from associated sequence to the database sequence's coordinate system
  32    */
  33   Mapping map = null;
  34
  35   public DBRefEntry()
  36   {
  37
  38   }
  39
  40   public DBRefEntry(String source, String version, String accessionId)
  41   {
  42     this(source, version, accessionId, null);
  43   }
  44
  45   /**
  46    *
  47    * @param source
  48    *          canonical source (uppercase only)
  49    * @param version
  50    *          (source dependent version string)
  51    * @param accessionId
  52    *          (source dependent accession number string)
  53    * @param map
  54    *          (mapping from local sequence numbering to source accession
  55    *          numbering)
  56    */
  57   public DBRefEntry(String source, String version, String accessionId,
  58           Mapping map)
  59   {
  60     this.source = source.toUpperCase();
  61     this.version = version;
  62     this.accessionId = accessionId;
  63     this.map = map;
  64   }
  65
  66   public DBRefEntry(DBRefEntry entry)
  67   {
  68     this(
  69             (entry.source == null ? "" : new String(entry.source)),
  70             (entry.version == null ? "" : new String(entry.version)),
  71             (entry.accessionId == null ? "" : new String(entry.accessionId)),
  72             (entry.map == null ? null : new Mapping(entry.map)));
  73   }
  74
  75   @Override
  76   public boolean equals(Object o)
  77   {
  78     // TODO should also override hashCode to ensure equal objects have equal
  79     // hashcodes
  80     if (o == null || !(o instanceof DBRefEntry))
  81     {
  82       return false;
  83     }
  84     DBRefEntry entry = (DBRefEntry) o;
  85     if (entry == this)
  86     {
  87       return true;
  88     }
  89     if (equalRef(entry)
  90             && ((map == null && entry.map == null) || (map != null
  91                     && entry.map != null && map.equals(entry.map))))
  92     {
  93       return true;
  94     }
  95     return false;
  96   }
  97
  98   /**
  99    * test for similar DBRef attributes, except for the map object.
 100    *
 101    * @param entry
 102    * @return true if source, accession and version are equal with those of entry
 103    */
 104   @Override
 105   public boolean equalRef(DBRefEntryI entry)
 106   {
 107     if (entry == null)
 108     {
 109       return false;
 110     }
 111     if (entry == this)
 112     {
 113       return true;
 114     }
 115     if (entry != null
 116             && (source != null && entry.getSource() != null && source
 117                     .equalsIgnoreCase(entry.getSource()))
 118             && (accessionId != null && entry.getAccessionId() != null && accessionId
 119                     .equalsIgnoreCase(entry.getAccessionId()))
 120             && (version != null && entry.getVersion() != null && version
 121                     .equalsIgnoreCase(entry.getVersion())))
 122     {
 123       return true;
 124     }
 125     return false;
 126   }
 127
 128   @Override
 129   public String getSource()
 130   {
 131     return source;
 132   }
 133
 134   @Override
 135   public String getVersion()
 136   {
 137     return version;
 138   }
 139
 140   @Override
 141   public String getAccessionId()
 142   {
 143     return accessionId;
 144   }
 145
 146
 147   @Override
 148   public void setAccessionId(String accessionId)
 149   {
 150     this.accessionId = accessionId;
 151   }
 152
 153
 154   @Override
 155   public void setSource(String source)
 156   {
 157     this.source = source;
 158   }
 159
 160
 161   @Override
 162   public void setVersion(String version)
 163   {
 164     this.version = version;
 165   }
 166
 167
 168   public Mapping getMap()
 169   {
 170     return map;
 171   }
 172
 173   /**
 174    * @param map
 175    *          the map to set
 176    */
 177   public void setMap(Mapping map)
 178   {
 179     this.map = map;
 180   }
 181
 182   public boolean hasMap()
 183   {
 184     return map != null;
 185   }
 186
 187   /**
 188    *
 189    * @return source+":"+accessionId
 190    */
 191   public String getSrcAccString()
 192   {
 193     return ((source != null) ? source : "") + ":"
 194             + ((accessionId != null) ? accessionId : "");
 195   }
 196
 197   @Override
 198   public String toString()
 199   {
 200     return getSrcAccString();
 201   }
 202
 203   @Override
 204   public int getStartRes()
 205   {
 206     return startRes;
 207   }
 208
 209   @Override
 210   public void setStartRes(int startRes)
 211   {
 212     this.startRes = startRes;
 213   }
 214
 215   @Override
 216   public int getEndRes()
 217   {
 218     return endRes;
 219   }
 220
 221   @Override
 222   public void setEndRes(int endRes)
 223   {
 224     this.endRes = endRes;
 225   }
 226 }