src/jalview/datamodel/DBRefSource.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.datamodel;
  20 /**
  21  * Defines internal constants for unambiguous annotation
  22  * of DbRefEntry source strings and describing the data
  23  * retrieved from external database sources (see jalview.ws.DbSourcProxy)
  24  * @author JimP
  25  *
  26  */
  27 public class DBRefSource
  28 {
  29   /**
  30    * UNIPROT Accession Number
  31    */
  32   public static String UNIPROT = "UNIPROT";
  33   /**
  34    * UNIPROT Entry Name
  35    */
  36   public static String UP_NAME = "UNIPROT_NAME";
  37   /**
  38    * Uniprot Knowledgebase/TrEMBL
  39    * as served from EMBL protein products.
  40    */
  41   public static final String UNIPROTKB = "UniProtKB/TrEMBL";
  42   /**
  43    * PDB Entry Code
  44    */
  45   public static String PDB = "PDB";
  46   /**
  47    * EMBL ID
  48    */
  49   public static String EMBL = "EMBL";
  50   /**
  51    * EMBLCDS ID
  52    */
  53   public static String EMBLCDS = "EMBLCDS";
  54   /**
  55    * PFAM ID
  56    */
  57   public static String PFAM = "PFAM";
  58   /**
  59    * GeneDB ID
  60    */
  61   public static final String GENEDB = "GeneDB";
  62
  63   /**
  64    * List of databases whose sequences might have coding regions annotated
  65    */
  66   public static final String[] DNACODINGDBS = { EMBL, EMBLCDS, GENEDB};
  67   public static final String[] CODINGDBS = { EMBLCDS, GENEDB};
  68   public static final String[] PROTEINDBS = { UNIPROT, PDB, UNIPROTKB};
  69   public static final String[] PROTEINSEQ = { UNIPROT, UNIPROTKB};
  70   public static final String[] PROTEINSTR = { PDB };
  71   public static final String[] DOMAINDBS = { PFAM };
  72   /**
  73    * set of unique DBRefSource property constants.
  74    * These could be used to reconstruct the above groupings
  75    */
  76   public static final Object SEQDB = "SQ";
  77   /**
  78    * database of nucleic acid sequences
  79    */
  80   public static final Object DNASEQDB = "NASQ";
  81   /**
  82    * database of amino acid sequences
  83    */
  84   public static final Object PROTSEQDB = "PROTSQ";
  85   /**
  86    * database of cDNA sequences
  87    */
  88   public static final Object CODINGSEQDB = "CODING";
  89   /**
  90    * database of na sequences with exon annotation
  91    */
  92   public static final Object DNACODINGSEQDB = "XONCODING";
  93   /**
  94    * DB returns several sequences associated with a protein domain
  95    */
  96   public static final Object DOMAINDB = "DOMAIN";
  97   /**
  98    * DB query can take multiple accession codes concatenated
  99    * by a separator. Value of property indicates maximum number of accession codes to send at a time.
 100    */
 101   public static final Object MULTIACC = "MULTIACC";
 102 }