src/jalview/datamodel/FeatureProperties.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 /**
  24  * A set of feature property constants used by jalview
  25  *
  26  * @author JimP
  27  *
  28  */
  29 public class FeatureProperties
  30 {
  31
  32   private static final String EMBL_CODING_FEATURE = "CDS";
  33
  34   public static final String EXONPOS = "exon number";
  35
  36   public static final String EXONPRODUCT = "product";
  37
  38   /**
  39    * lookup feature type for a particular database to see if its a coding region
  40    * feature
  41    *
  42    * @param dbrefsource
  43    * @param string
  44    * @return
  45    */
  46   public static boolean isCodingFeature(String dbrefsource, String type)
  47   {
  48     if (type.equalsIgnoreCase(EMBL_CODING_FEATURE))
  49     {
  50       return (dbrefsource == null
  51               || dbrefsource.equalsIgnoreCase(DBRefSource.EMBL) || dbrefsource
  52                 .equalsIgnoreCase(DBRefSource.EMBLCDS));
  53     }
  54     return false;
  55   }
  56
  57   /**
  58    * Returns the coding feature name for a database source. Currently just
  59    * hard-coded to return CDS for EMBL/EMBLCDS, else null.
  60    *
  61    * @param dbrefsource
  62    * @return
  63    */
  64   public static String getCodingFeature(String dbrefsource)
  65   {
  66     if (DBRefSource.EMBL.equalsIgnoreCase(dbrefsource)
  67             || DBRefSource.EMBLCDS.equalsIgnoreCase(dbrefsource))
  68     {
  69       return EMBL_CODING_FEATURE;
  70     }
  71     return null;
  72   }
  73 }