src/jalview/datamodel/FeatureProperties.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
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  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 /**
  24  * A set of feature property constants used by jalview
  25  *
  26  * @author JimP
  27  *
  28  */
  29 public class FeatureProperties
  30 {
  31
  32   public static final String EXONPOS = "exon number";
  33
  34   public static final String EXONPRODUCT = "product";
  35
  36   /**
  37    * lookup feature type for a particular database to see if its a coding region
  38    * feature
  39    *
  40    * @param dbrefsource
  41    * @param string
  42    * @return
  43    */
  44   public static boolean isCodingFeature(String dbrefsource, String type)
  45   {
  46     return ((dbrefsource == null
  47             || dbrefsource.equalsIgnoreCase(DBRefSource.EMBL) || dbrefsource
  48               .equalsIgnoreCase(DBRefSource.EMBLCDS)) && type
  49             .equalsIgnoreCase("CDS"));
  50   }
  51 }