src/jalview/datamodel/FeatureProperties.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.datamodel;
  19
  20 /**
  21  * A set of feature property constants used by jalview
  22  *
  23  * @author JimP
  24  *
  25  */
  26 public class FeatureProperties
  27 {
  28
  29   public static final String EXONPOS = "exon number";
  30
  31   public static final String EXONPRODUCT = "product";
  32
  33   /**
  34    * lookup feature type for a particular database to see if its a coding region
  35    * feature
  36    *
  37    * @param dbrefsource
  38    * @param string
  39    * @return
  40    */
  41   public static boolean isCodingFeature(String dbrefsource, String type)
  42   {
  43     return ((dbrefsource == null
  44             || dbrefsource.equalsIgnoreCase(DBRefSource.EMBL) || dbrefsource
  45               .equalsIgnoreCase(DBRefSource.EMBLCDS)) && type
  46             .equalsIgnoreCase("CDS"));
  47   }
  48 }