src/jalview/datamodel/FeatureProperties.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)\r
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.datamodel;\r
  20 \r
  21 /**\r
  22  * A set of feature property constants used by jalview\r
  23  * \r
  24  * @author JimP\r
  25  * \r
  26  */\r
  27 public class FeatureProperties\r
  28 {\r
  29 \r
  30   public static final String EXONPOS = "exon number";\r
  31 \r
  32   public static final String EXONPRODUCT = "product";\r
  33 \r
  34   /**\r
  35    * lookup feature type for a particular database to see if its a coding region\r
  36    * feature\r
  37    * \r
  38    * @param dbrefsource\r
  39    * @param string\r
  40    * @return\r
  41    */\r
  42   public static boolean isCodingFeature(String dbrefsource, String type)\r
  43   {\r
  44     return ((dbrefsource == null\r
  45             || dbrefsource.equalsIgnoreCase(DBRefSource.EMBL) || dbrefsource\r
  46             .equalsIgnoreCase(DBRefSource.EMBLCDS)) && type\r
  47             .equalsIgnoreCase("CDS"));\r
  48   }\r
  49 }\r