src/jalview/datamodel/FeatureProperties.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.datamodel;\r
  19 \r
  20 /**\r
  21  * A set of feature property constants used by jalview\r
  22  * \r
  23  * @author JimP\r
  24  * \r
  25  */\r
  26 public class FeatureProperties\r
  27 {\r
  28 \r
  29   public static final String EXONPOS = "exon number";\r
  30 \r
  31   public static final String EXONPRODUCT = "product";\r
  32 \r
  33   /**\r
  34    * lookup feature type for a particular database to see if its a coding region\r
  35    * feature\r
  36    * \r
  37    * @param dbrefsource\r
  38    * @param string\r
  39    * @return\r
  40    */\r
  41   public static boolean isCodingFeature(String dbrefsource, String type)\r
  42   {\r
  43     return ((dbrefsource == null\r
  44             || dbrefsource.equalsIgnoreCase(DBRefSource.EMBL) || dbrefsource\r
  45             .equalsIgnoreCase(DBRefSource.EMBLCDS)) && type\r
  46             .equalsIgnoreCase("CDS"));\r
  47   }\r
  48 }\r