src/jalview/datamodel/GeneLoci.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import jalview.util.MapList;
   4
   5 /**
   6  * A data bean to model one or more contiguous regions on one chromosome
   7  */
   8 public class GeneLoci
   9 {
  10   /*
  11    * an identifier for the species
  12    */
  13   public final String species;
  14
  15   /*
  16    * an identifier for a genome assembly, e.g. GRCh38
  17    */
  18   public final String assembly;
  19
  20   /*
  21    * a chromosome identifier, e.g. "5" or "X"
  22    */
  23   public final String chromosome;
  24
  25   /*
  26    * mapping from sequence positions to chromosome locations;
  27    * any regions with start > end are on the reverse strand
  28    */
  29   public final MapList mapping;
  30
  31   /**
  32    * Constructor
  33    *
  34    * @param taxon
  35    * @param ref
  36    * @param chrId
  37    * @param map
  38    */
  39   public GeneLoci(String taxon, String ref, String chrId, MapList map)
  40   {
  41     species = taxon;
  42     assembly = ref;
  43     chromosome = chrId;
  44     mapping = map;
  45   }
  46 }