src/jalview/datamodel/SearchResults.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import java.util.ArrayList;
  24 import java.util.BitSet;
  25 import java.util.List;
  26
  27 /**
  28  * Holds a list of search result matches, where each match is a contiguous
  29  * stretch of a single sequence.
  30  *
  31  * @author gmcarstairs amwaterhouse
  32  *
  33  */
  34 public class SearchResults implements SearchResultsI
  35 {
  36
  37   private List<SearchResultMatchI> matches = new ArrayList<>();
  38
  39   /**
  40    * One match consists of a sequence reference, start and end positions.
  41    * Discontiguous ranges in a sequence require two or more Match objects.
  42    */
  43   public class Match implements SearchResultMatchI
  44   {
  45     final SequenceI sequence;
  46
  47     /**
  48      * Start position of match in sequence (base 1)
  49      */
  50     final int start;
  51
  52     /**
  53      * End position (inclusive) (base 1)
  54      */
  55     final int end;
  56
  57     /**
  58      * create a Match on a range of sequence. Match always holds region in
  59      * forwards order, even if given in reverse order (such as from a mapping to
  60      * a reverse strand); this avoids trouble for routines that highlight search
  61      * results etc
  62      *
  63      * @param seq
  64      *          a sequence
  65      * @param start
  66      *          start position of matched range (base 1)
  67      * @param end
  68      *          end of matched range (inclusive, base 1)
  69      */
  70     public Match(SequenceI seq, int start, int end)
  71     {
  72       sequence = seq;
  73
  74       /*
  75        * always hold in forwards order, even if given in reverse order
  76        * (such as from a mapping to a reverse strand); this avoids
  77        * trouble for routines that highlight search results etc
  78        */
  79       if (start <= end)
  80       {
  81         this.start = start;
  82         this.end = end;
  83       }
  84       else
  85       {
  86         // TODO: JBP could mark match as being specified in reverse direction
  87         // for use
  88         // by caller ? e.g. visualizing reverse strand highlight
  89         this.start = end;
  90         this.end = start;
  91       }
  92     }
  93
  94     @Override
  95     public SequenceI getSequence()
  96     {
  97       return sequence;
  98     }
  99
 100     @Override
 101     public int getStart()
 102     {
 103       return start;
 104     }
 105
 106     @Override
 107     public int getEnd()
 108     {
 109       return end;
 110     }
 111
 112     /**
 113      * Returns a representation as "seqid/start-end"
 114      */
 115     @Override
 116     public String toString()
 117     {
 118       StringBuilder sb = new StringBuilder();
 119       if (sequence != null)
 120       {
 121         sb.append(sequence.getName()).append("/");
 122       }
 123       sb.append(start).append("-").append(end);
 124       return sb.toString();
 125     }
 126
 127     /**
 128      * Hashcode is the hashcode of the matched sequence plus a hash of start and
 129      * end positions. Match objects that pass the test for equals are guaranteed
 130      * to have the same hashcode.
 131      */
 132     @Override
 133     public int hashCode()
 134     {
 135       int hash = sequence == null ? 0 : sequence.hashCode();
 136       hash += 31 * start;
 137       hash += 67 * end;
 138       return hash;
 139     }
 140
 141     /**
 142      * Two Match objects are equal if they are for the same sequence, start and
 143      * end positions
 144      */
 145     @Override
 146     public boolean equals(Object obj)
 147     {
 148       if (obj == null || !(obj instanceof SearchResultMatchI))
 149       {
 150         return false;
 151       }
 152       SearchResultMatchI m = (SearchResultMatchI) obj;
 153       return (sequence == m.getSequence() && start == m.getStart()
 154               && end == m.getEnd());
 155     }
 156
 157     @Override
 158     public boolean contains(SequenceI seq, int from, int to)
 159     {
 160       return (sequence == seq && start <= from && end >= to);
 161     }
 162   }
 163
 164   @Override
 165   public SearchResultMatchI addResult(SequenceI seq, int start, int end)
 166   {
 167     Match m = new Match(seq, start, end);
 168     if (!matches.contains(m))
 169     {
 170       matches.add(m);
 171     }
 172     return m;
 173   }
 174
 175   @Override
 176   public boolean involvesSequence(SequenceI sequence)
 177   {
 178     final int start = sequence.getStart();
 179     final int end = sequence.getEnd();
 180
 181     SequenceI ds = sequence.getDatasetSequence();
 182     for (SearchResultMatchI m : matches)
 183     {
 184       SequenceI matched = m.getSequence();
 185       if (matched != null && (matched == sequence || matched == ds)
 186               && (m.getEnd() >= start) && (m.getStart() <= end))
 187       {
 188         return true;
 189       }
 190     }
 191     return false;
 192   }
 193
 194   @Override
 195   public int[] getResults(SequenceI sequence, int start, int end)
 196   {
 197     if (matches.isEmpty())
 198     {
 199       return null;
 200     }
 201
 202     int[] result = null;
 203     int[] tmp = null;
 204     int resultLength, matchStart = 0, matchEnd = 0;
 205     boolean mfound;
 206     Match m;
 207     for (SearchResultMatchI _m : matches)
 208     {
 209       m = (Match) _m;
 210
 211       mfound = false;
 212       if (m.sequence == sequence
 213               || m.sequence == sequence.getDatasetSequence())
 214       {
 215         mfound = true;
 216         matchStart = sequence.findIndex(m.start) - 1;
 217         matchEnd = m.start == m.end ? matchStart : sequence
 218                 .findIndex(m.end) - 1;
 219       }
 220
 221       if (mfound)
 222       {
 223         if (matchStart <= end && matchEnd >= start)
 224         {
 225           if (matchStart < start)
 226           {
 227             matchStart = start;
 228           }
 229
 230           if (matchEnd > end)
 231           {
 232             matchEnd = end;
 233           }
 234
 235           if (result == null)
 236           {
 237             result = new int[] { matchStart, matchEnd };
 238           }
 239           else
 240           {
 241             resultLength = result.length;
 242             tmp = new int[resultLength + 2];
 243             System.arraycopy(result, 0, tmp, 0, resultLength);
 244             result = tmp;
 245             result[resultLength] = matchStart;
 246             result[resultLength + 1] = matchEnd;
 247           }
 248         }
 249         else
 250         {
 251           // debug
 252           // System.err.println("Outwith bounds!" + matchStart+">"+end +" or "
 253           // + matchEnd+"<"+start);
 254         }
 255       }
 256     }
 257     return result;
 258   }
 259
 260   @Override
 261   public int markColumns(SequenceCollectionI sqcol, BitSet bs)
 262   {
 263     int count = 0;
 264     BitSet mask = new BitSet();
 265     int startRes = sqcol.getStartRes();
 266     int endRes = sqcol.getEndRes();
 267
 268     for (SequenceI s : sqcol.getSequences())
 269     {
 270       int[] cols = getResults(s, startRes, endRes);
 271       if (cols != null)
 272       {
 273         for (int pair = 0; pair < cols.length; pair += 2)
 274         {
 275           mask.set(cols[pair], cols[pair + 1] + 1);
 276         }
 277       }
 278     }
 279     // compute columns that were newly selected
 280     BitSet original = (BitSet) bs.clone();
 281     original.and(mask);
 282     count = mask.cardinality() - original.cardinality();
 283     // and mark ranges not already marked
 284     bs.or(mask);
 285     return count;
 286   }
 287
 288   @Override
 289   public int getSize()
 290   {
 291     return matches.size();
 292   }
 293
 294   @Override
 295   public boolean isEmpty()
 296   {
 297     return matches.isEmpty();
 298   }
 299
 300   @Override
 301   public List<SearchResultMatchI> getResults()
 302   {
 303     return matches;
 304   }
 305
 306   /**
 307    * Return the results as a list of matches [seq1/from-to, seq2/from-to, ...]
 308    *
 309    * @return
 310    */
 311   @Override
 312   public String toString()
 313   {
 314     return matches == null ? "" : matches.toString();
 315   }
 316
 317   /**
 318    * Hashcode is derived from the list of matches. This ensures that when two
 319    * SearchResults objects satisfy the test for equals(), then they have the
 320    * same hashcode.
 321    *
 322    * @see Match#hashCode()
 323    * @see java.util.AbstractList#hashCode()
 324    */
 325   @Override
 326   public int hashCode()
 327   {
 328     return matches.hashCode();
 329   }
 330
 331   /**
 332    * Two SearchResults are considered equal if they contain the same matches in
 333    * the same order.
 334    */
 335   @Override
 336   public boolean equals(Object obj)
 337   {
 338     if (obj == null || !(obj instanceof SearchResultsI))
 339     {
 340       return false;
 341     }
 342     SearchResultsI sr = (SearchResultsI) obj;
 343     return matches.equals(sr.getResults());
 344   }
 345
 346   @Override
 347   public void addSearchResults(SearchResultsI toAdd)
 348   {
 349     matches.addAll(toAdd.getResults());
 350   }
 351 }