src/jalview/datamodel/SearchResults.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import java.util.ArrayList;
  24 import java.util.BitSet;
  25 import java.util.List;
  26
  27 /**
  28  * Holds a list of search result matches, where each match is a contiguous
  29  * stretch of a single sequence.
  30  *
  31  * @author gmcarstairs amwaterhouse
  32  *
  33  */
  34 public class SearchResults implements SearchResultsI
  35 {
  36   private int count;
  37
  38   private List<SearchResultMatchI> matches = new ArrayList<>();
  39
  40   /**
  41    * One match consists of a sequence reference, start and end positions.
  42    * Discontiguous ranges in a sequence require two or more Match objects.
  43    */
  44   public class Match implements SearchResultMatchI
  45   {
  46     final SequenceI sequence;
  47
  48     /**
  49      * Start position of match in sequence (base 1)
  50      */
  51     final int start;
  52
  53     /**
  54      * End position (inclusive) (base 1)
  55      */
  56     final int end;
  57
  58     /**
  59      * create a Match on a range of sequence. Match always holds region in
  60      * forwards order, even if given in reverse order (such as from a mapping to
  61      * a reverse strand); this avoids trouble for routines that highlight search
  62      * results etc
  63      *
  64      * @param seq
  65      *          a sequence
  66      * @param start
  67      *          start position of matched range (base 1)
  68      * @param end
  69      *          end of matched range (inclusive, base 1)
  70      */
  71     public Match(SequenceI seq, int start, int end)
  72     {
  73       sequence = seq;
  74
  75       /*
  76        * always hold in forwards order, even if given in reverse order
  77        * (such as from a mapping to a reverse strand); this avoids
  78        * trouble for routines that highlight search results etc
  79        */
  80       if (start <= end)
  81       {
  82         this.start = start;
  83         this.end = end;
  84       }
  85       else
  86       {
  87         // TODO: JBP could mark match as being specified in reverse direction
  88         // for use
  89         // by caller ? e.g. visualizing reverse strand highlight
  90         this.start = end;
  91         this.end = start;
  92       }
  93     }
  94
  95     @Override
  96     public SequenceI getSequence()
  97     {
  98       return sequence;
  99     }
 100
 101     @Override
 102     public int getStart()
 103     {
 104       return start;
 105     }
 106
 107     @Override
 108     public int getEnd()
 109     {
 110       return end;
 111     }
 112
 113     /**
 114      * Returns a representation as "seqid/start-end"
 115      */
 116     @Override
 117     public String toString()
 118     {
 119       StringBuilder sb = new StringBuilder();
 120       if (sequence != null)
 121       {
 122         sb.append(sequence.getName()).append("/");
 123       }
 124       sb.append(start).append("-").append(end);
 125       return sb.toString();
 126     }
 127
 128     /**
 129      * Hashcode is the hashcode of the matched sequence plus a hash of start and
 130      * end positions. Match objects that pass the test for equals are guaranteed
 131      * to have the same hashcode.
 132      */
 133     @Override
 134     public int hashCode()
 135     {
 136       int hash = sequence == null ? 0 : sequence.hashCode();
 137       hash += 31 * start;
 138       hash += 67 * end;
 139       return hash;
 140     }
 141
 142     /**
 143      * Two Match objects are equal if they are for the same sequence, start and
 144      * end positions
 145      */
 146     @Override
 147     public boolean equals(Object obj)
 148     {
 149       if (obj == null || !(obj instanceof SearchResultMatchI))
 150       {
 151         return false;
 152       }
 153       SearchResultMatchI m = (SearchResultMatchI) obj;
 154       return (sequence == m.getSequence() && start == m.getStart()
 155               && end == m.getEnd());
 156     }
 157
 158     @Override
 159     public boolean contains(SequenceI seq, int from, int to)
 160     {
 161       return (sequence == seq && start <= from && end >= to);
 162     }
 163   }
 164
 165   @Override
 166   public SearchResultMatchI addResult(SequenceI seq, int start, int end)
 167   {
 168     Match m = new Match(seq, start, end);
 169     if (!matches.contains(m))
 170     {
 171       matches.add(m);
 172       count++;
 173     }
 174     return m;
 175   }
 176
 177   @Override
 178   public void addResult(SequenceI seq, int[] positions)
 179   {
 180     /*
 181      * we only increment the match count by 1 - or not at all,
 182      * if the matches are all duplicates of existing
 183      */
 184     int beforeCount = count;
 185     for (int i = 0; i < positions.length - 1; i += 2)
 186     {
 187       addResult(seq, positions[i], positions[i + 1]);
 188     }
 189     if (count > beforeCount)
 190     {
 191       count = beforeCount + 1;
 192     }
 193   }
 194
 195   @Override
 196   public boolean involvesSequence(SequenceI sequence)
 197   {
 198     final int start = sequence.getStart();
 199     final int end = sequence.getEnd();
 200
 201     SequenceI ds = sequence.getDatasetSequence();
 202     for (SearchResultMatchI m : matches)
 203     {
 204       SequenceI matched = m.getSequence();
 205       if (matched != null && (matched == sequence || matched == ds)
 206               && (m.getEnd() >= start) && (m.getStart() <= end))
 207       {
 208         return true;
 209       }
 210     }
 211     return false;
 212   }
 213
 214   @Override
 215   public int[] getResults(SequenceI sequence, int start, int end)
 216   {
 217     if (matches.isEmpty())
 218     {
 219       return null;
 220     }
 221
 222     int[] result = null;
 223     int[] tmp = null;
 224     int resultLength, matchStart = 0, matchEnd = 0;
 225     boolean mfound;
 226     Match m;
 227     for (SearchResultMatchI _m : matches)
 228     {
 229       m = (Match) _m;
 230
 231       mfound = false;
 232       if (m.sequence == sequence
 233               || m.sequence == sequence.getDatasetSequence())
 234       {
 235         mfound = true;
 236         matchStart = sequence.findIndex(m.start) - 1;
 237         matchEnd = m.start == m.end ? matchStart : sequence
 238                 .findIndex(m.end) - 1;
 239       }
 240
 241       if (mfound)
 242       {
 243         if (matchStart <= end && matchEnd >= start)
 244         {
 245           if (matchStart < start)
 246           {
 247             matchStart = start;
 248           }
 249
 250           if (matchEnd > end)
 251           {
 252             matchEnd = end;
 253           }
 254
 255           if (result == null)
 256           {
 257             result = new int[] { matchStart, matchEnd };
 258           }
 259           else
 260           {
 261             resultLength = result.length;
 262             tmp = new int[resultLength + 2];
 263             System.arraycopy(result, 0, tmp, 0, resultLength);
 264             result = tmp;
 265             result[resultLength] = matchStart;
 266             result[resultLength + 1] = matchEnd;
 267           }
 268         }
 269         else
 270         {
 271           // debug
 272           // System.err.println("Outwith bounds!" + matchStart+">"+end +" or "
 273           // + matchEnd+"<"+start);
 274         }
 275       }
 276     }
 277     return result;
 278   }
 279
 280   @Override
 281   public int markColumns(SequenceCollectionI sqcol, BitSet bs)
 282   {
 283     int count = 0;
 284     BitSet mask = new BitSet();
 285     int startRes = sqcol.getStartRes();
 286     int endRes = sqcol.getEndRes();
 287
 288     for (SequenceI s : sqcol.getSequences())
 289     {
 290       int[] cols = getResults(s, startRes, endRes);
 291       if (cols != null)
 292       {
 293         for (int pair = 0; pair < cols.length; pair += 2)
 294         {
 295           mask.set(cols[pair], cols[pair + 1] + 1);
 296         }
 297       }
 298     }
 299     // compute columns that were newly selected
 300     BitSet original = (BitSet) bs.clone();
 301     original.and(mask);
 302     count = mask.cardinality() - original.cardinality();
 303     // and mark ranges not already marked
 304     bs.or(mask);
 305     return count;
 306   }
 307
 308   @Override
 309   public int getCount()
 310   {
 311     return count;
 312   }
 313
 314   @Override
 315   public boolean isEmpty()
 316   {
 317     return matches.isEmpty();
 318   }
 319
 320   @Override
 321   public List<SearchResultMatchI> getResults()
 322   {
 323     return matches;
 324   }
 325
 326   /**
 327    * Return the results as a list of matches [seq1/from-to, seq2/from-to, ...]
 328    *
 329    * @return
 330    */
 331   @Override
 332   public String toString()
 333   {
 334     return matches == null ? "" : matches.toString();
 335   }
 336
 337   /**
 338    * Hashcode is derived from the list of matches. This ensures that when two
 339    * SearchResults objects satisfy the test for equals(), then they have the
 340    * same hashcode.
 341    *
 342    * @see Match#hashCode()
 343    * @see java.util.AbstractList#hashCode()
 344    */
 345   @Override
 346   public int hashCode()
 347   {
 348     return matches.hashCode();
 349   }
 350
 351   /**
 352    * Two SearchResults are considered equal if they contain the same matches in
 353    * the same order.
 354    */
 355   @Override
 356   public boolean equals(Object obj)
 357   {
 358     if (obj == null || !(obj instanceof SearchResultsI))
 359     {
 360       return false;
 361     }
 362     SearchResultsI sr = (SearchResultsI) obj;
 363     return matches.equals(sr.getResults());
 364   }
 365
 366   @Override
 367   public void addSearchResults(SearchResultsI toAdd)
 368   {
 369     matches.addAll(toAdd.getResults());
 370   }
 371 }