src/jalview/datamodel/SecondaryStructureAnnotation.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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   4  *
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  16  *
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  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  24
  25 public class SecondaryStructureAnnotation extends AlignmentAnnotation
  26 {
  27
  28
  29         private static RNA _rna = null;
  30           public SecondaryStructureAnnotation (RNA rna)
  31           {
  32                  super("Secondary Structure", "Un truc trop cool",getAnnotation(rna));
  33
  34
  35             _rna = rna;
  36           }
  37
  38           public RNA getRNA()
  39          {
  40                   return _rna;
  41          }
  42           public static Annotation[] getAnnotation(RNA rna)
  43           {
  44                   Annotation[] ann =  new Annotation[rna.getSize()];
  45                          for(int i=0;i<ann.length;i++)
  46                          {
  47                                  ann[i] = new Annotation(_rna.getStructDBN(true), "", ' ', 0f);;
  48                          }
  49                   return ann;
  50           }
  51 }