src/jalview/datamodel/SecondaryStructureAnnotation.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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   4  *
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  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  24
  25 public class SecondaryStructureAnnotation extends AlignmentAnnotation
  26 {
  27
  28   // was static, but that cannot work here
  29
  30   private RNA _rna = null;
  31
  32   public SecondaryStructureAnnotation(RNA rna)
  33   {
  34     super("Secondary Structure", "Un truc trop cool", getAnnotation(rna));
  35
  36     _rna = rna;
  37   }
  38
  39   public RNA getRNA()
  40   {
  41     return _rna;
  42   }
  43
  44   public static Annotation[] getAnnotation(RNA rna)
  45   {
  46     Annotation[] ann = new Annotation[rna.getSize()];
  47     for (int i = 0; i < ann.length; i++)
  48     {
  49       ann[i] = new Annotation(rna.getStructDBN(true), "", ' ', 0f);
  50       ;
  51     }
  52     return ann;
  53   }
  54 }