src/jalview/datamodel/SeqDistanceContactMatrix.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 /**
   4  * Dummy contact matrix based on sequence distance
   5  *
   6  * @author jprocter
   7  *
   8  */
   9 public class SeqDistanceContactMatrix implements ContactMatrixI
  10 {
  11   private int width = 0;
  12
  13   public SeqDistanceContactMatrix(int width)
  14   {
  15     this.width = width;
  16   }
  17
  18   @Override
  19   public float getMin()
  20   {
  21     return 0f;
  22   }
  23
  24   @Override
  25   public float getMax()
  26   {
  27     return width;
  28   }
  29
  30   @Override
  31   public ContactListI getContactList(final int column)
  32   {
  33     if (column < 0 || column >= width)
  34     {
  35       return null;
  36     }
  37     return new ContactListImpl(new ContactListProviderI()
  38     {
  39
  40       int p = column;
  41
  42       // @Override
  43       // public Color getColorForScore(int column)
  44       // {
  45       // return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour(Math.abs(column-p),
  46       // 0, Color.white, width, Color.magenta);
  47       // }
  48       // @Override
  49       // public Color getColorForRange(int from_column, int to_column)
  50       // {
  51       // return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour(
  52       // Math.abs(to_column + from_column - 2 * p) / 2, 0, Color.white, width,
  53       // Color.magenta);
  54       // }
  55
  56       @Override
  57       public int getContactHeight()
  58       {
  59         return width;
  60
  61       }
  62
  63       @Override
  64       public int getPosition()
  65       {
  66         return p;
  67       }
  68
  69       @Override
  70       public double getContactAt(int column)
  71       {
  72         return Math.abs(column - p);
  73       }
  74     });
  75   }
  76
  77   @Override
  78   public boolean hasReferenceSeq()
  79   {
  80     // TODO Auto-generated method stub
  81     return false;
  82   }
  83
  84   @Override
  85   public SequenceI getReferenceSeq()
  86   {
  87     // TODO Auto-generated method stub
  88     return null;
  89   }
  90
  91 }