src/jalview/datamodel/Sequence.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import java.util.ArrayList;
  24 import java.util.Enumeration;
  25 import java.util.List;
  26 import java.util.Vector;
  27
  28 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  29
  30 import jalview.analysis.AlignSeq;
  31 import jalview.util.StringUtils;
  32
  33 /**
  34  *
  35  * Implements the SequenceI interface for a char[] based sequence object.
  36  *
  37  * @author $author$
  38  * @version $Revision$
  39  */
  40 public class Sequence extends ASequence implements SequenceI
  41 {
  42   SequenceI datasetSequence;
  43
  44   String name;
  45
  46   private char[] sequence;
  47
  48   String description;
  49
  50   int start;
  51
  52   int end;
  53
  54   Vector<PDBEntry> pdbIds;
  55
  56   String vamsasId;
  57
  58   DBRefEntry[] dbrefs;
  59
  60   RNA rna;
  61
  62
  63   /**
  64    * This annotation is displayed below the alignment but the positions are tied
  65    * to the residues of this sequence
  66    *
  67    * TODO: change to List<>
  68    */
  69   Vector<AlignmentAnnotation> annotation;
  70
  71   /**
  72    * The index of the sequence in a MSA
  73    */
  74   int index = -1;
  75
  76   /** array of sequence features - may not be null for a valid sequence object */
  77   public SequenceFeature[] sequenceFeatures;
  78
  79   /**
  80    * Creates a new Sequence object.
  81    *
  82    * @param name
  83    *          display name string
  84    * @param sequence
  85    *          string to form a possibly gapped sequence out of
  86    * @param start
  87    *          first position of non-gap residue in the sequence
  88    * @param end
  89    *          last position of ungapped residues (nearly always only used for
  90    *          display purposes)
  91    */
  92   public Sequence(String name, String sequence, int start, int end)
  93   {
  94     initSeqAndName(name, sequence.toCharArray(), start, end);
  95   }
  96
  97   public Sequence(String name, char[] sequence, int start, int end)
  98   {
  99     initSeqAndName(name, sequence, start, end);
 100   }
 101
 102   /**
 103    * Stage 1 constructor - assign name, sequence, and set start and end fields.
 104    * start and end are updated values from name2 if it ends with /start-end
 105    *
 106    * @param name2
 107    * @param sequence2
 108    * @param start2
 109    * @param end2
 110    */
 111   protected void initSeqAndName(String name2, char[] sequence2, int start2,
 112           int end2)
 113   {
 114     this.name = name2;
 115     this.sequence = sequence2;
 116     this.start = start2;
 117     this.end = end2;
 118     parseId();
 119     checkValidRange();
 120   }
 121
 122   com.stevesoft.pat.Regex limitrx = new com.stevesoft.pat.Regex(
 123           "[/][0-9]{1,}[-][0-9]{1,}$");
 124
 125   com.stevesoft.pat.Regex endrx = new com.stevesoft.pat.Regex("[0-9]{1,}$");
 126
 127   void parseId()
 128   {
 129     if (name == null)
 130     {
 131       System.err
 132               .println("POSSIBLE IMPLEMENTATION ERROR: null sequence name passed to constructor.");
 133       name = "";
 134     }
 135     // Does sequence have the /start-end signature?
 136     if (limitrx.search(name))
 137     {
 138       name = limitrx.left();
 139       endrx.search(limitrx.stringMatched());
 140       setStart(Integer.parseInt(limitrx.stringMatched().substring(1,
 141               endrx.matchedFrom() - 1)));
 142       setEnd(Integer.parseInt(endrx.stringMatched()));
 143     }
 144   }
 145
 146   void checkValidRange()
 147   {
 148     // Note: JAL-774 :
 149     // http://issues.jalview.org/browse/JAL-774?focusedCommentId=11239&page=com.atlassian.jira.plugin.system.issuetabpanels:comment-tabpanel#comment-11239
 150     {
 151       int endRes = 0;
 152       for (int j = 0; j < sequence.length; j++)
 153       {
 154         if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence[j]))
 155         {
 156           endRes++;
 157         }
 158       }
 159       if (endRes > 0)
 160       {
 161         endRes += start - 1;
 162       }
 163
 164       if (end < endRes)
 165       {
 166         end = endRes;
 167       }
 168     }
 169
 170   }
 171
 172   /**
 173    * Creates a new Sequence object.
 174    *
 175    * @param name
 176    *          DOCUMENT ME!
 177    * @param sequence
 178    *          DOCUMENT ME!
 179    */
 180   public Sequence(String name, String sequence)
 181   {
 182     this(name, sequence, 1, -1);
 183   }
 184
 185   /**
 186    * Creates a new Sequence object with new features, DBRefEntries,
 187    * AlignmentAnnotations, and PDBIds but inherits any existing dataset sequence
 188    * reference.
 189    *
 190    * @param seq
 191    *          DOCUMENT ME!
 192    */
 193   public Sequence(SequenceI seq)
 194   {
 195     this(seq, seq.getAnnotation());
 196   }
 197
 198   /**
 199    * Create a new sequence object with new features, DBRefEntries, and PDBIds
 200    * but inherits any existing dataset sequence reference, and duplicate of any
 201    * annotation that is present in the given annotation array.
 202    *
 203    * @param seq
 204    *          the sequence to be copied
 205    * @param alAnnotation
 206    *          an array of annotation including some associated with seq
 207    */
 208   public Sequence(SequenceI seq, AlignmentAnnotation[] alAnnotation)
 209   {
 210     initSeqFrom(seq, alAnnotation);
 211
 212   }
 213
 214   protected void initSeqFrom(SequenceI seq,
 215           AlignmentAnnotation[] alAnnotation)
 216   {
 217     initSeqAndName(seq.getName(), seq.getSequence(), seq.getStart(),
 218             seq.getEnd());
 219     description = seq.getDescription();
 220     if (seq.getSequenceFeatures() != null)
 221     {
 222       SequenceFeature[] sf = seq.getSequenceFeatures();
 223       for (int i = 0; i < sf.length; i++)
 224       {
 225         addSequenceFeature(new SequenceFeature(sf[i]));
 226       }
 227     }
 228     setDatasetSequence(seq.getDatasetSequence());
 229     if (datasetSequence == null && seq.getDBRef() != null)
 230     {
 231       // only copy DBRefs if we really are a dataset sequence
 232       DBRefEntry[] dbr = seq.getDBRef();
 233       for (int i = 0; i < dbr.length; i++)
 234       {
 235         addDBRef(new DBRefEntry(dbr[i]));
 236       }
 237     }
 238     if (seq.getAnnotation() != null)
 239     {
 240       AlignmentAnnotation[] sqann = seq.getAnnotation();
 241       for (int i = 0; i < sqann.length; i++)
 242       {
 243         if (sqann[i] == null)
 244         {
 245           continue;
 246         }
 247         boolean found = (alAnnotation == null);
 248         if (!found)
 249         {
 250           for (int apos = 0; !found && apos < alAnnotation.length; apos++)
 251           {
 252             found = (alAnnotation[apos] == sqann[i]);
 253           }
 254         }
 255         if (found)
 256         {
 257           // only copy the given annotation
 258           AlignmentAnnotation newann = new AlignmentAnnotation(sqann[i]);
 259           addAlignmentAnnotation(newann);
 260         }
 261       }
 262     }
 263     if (seq.getPDBId() != null)
 264     {
 265       Vector ids = seq.getPDBId();
 266       Enumeration e = ids.elements();
 267       while (e.hasMoreElements())
 268       {
 269         this.addPDBId(new PDBEntry((PDBEntry) e.nextElement()));
 270       }
 271     }
 272   }
 273
 274   /**
 275    * DOCUMENT ME!
 276    *
 277    * @param v
 278    *          DOCUMENT ME!
 279    */
 280   public void setSequenceFeatures(SequenceFeature[] features)
 281   {
 282     sequenceFeatures = features;
 283   }
 284
 285   public synchronized void addSequenceFeature(SequenceFeature sf)
 286   {
 287     if (sequenceFeatures == null)
 288     {
 289       sequenceFeatures = new SequenceFeature[0];
 290     }
 291
 292     for (int i = 0; i < sequenceFeatures.length; i++)
 293     {
 294       if (sequenceFeatures[i].equals(sf))
 295       {
 296         return;
 297       }
 298     }
 299
 300     SequenceFeature[] temp = new SequenceFeature[sequenceFeatures.length + 1];
 301     System.arraycopy(sequenceFeatures, 0, temp, 0, sequenceFeatures.length);
 302     temp[sequenceFeatures.length] = sf;
 303
 304     sequenceFeatures = temp;
 305   }
 306
 307   public void deleteFeature(SequenceFeature sf)
 308   {
 309     if (sequenceFeatures == null)
 310     {
 311       return;
 312     }
 313
 314     int index = 0;
 315     for (index = 0; index < sequenceFeatures.length; index++)
 316     {
 317       if (sequenceFeatures[index].equals(sf))
 318       {
 319         break;
 320       }
 321     }
 322
 323     if (index == sequenceFeatures.length)
 324     {
 325       return;
 326     }
 327
 328     int sfLength = sequenceFeatures.length;
 329     if (sfLength < 2)
 330     {
 331       sequenceFeatures = null;
 332     }
 333     else
 334     {
 335       SequenceFeature[] temp = new SequenceFeature[sfLength - 1];
 336       System.arraycopy(sequenceFeatures, 0, temp, 0, index);
 337
 338       if (index < sfLength)
 339       {
 340         System.arraycopy(sequenceFeatures, index + 1, temp, index,
 341                 sequenceFeatures.length - index - 1);
 342       }
 343
 344       sequenceFeatures = temp;
 345     }
 346   }
 347
 348   /**
 349    * Returns the sequence features (if any), looking first on the sequence, then
 350    * on its dataset sequence, and so on until a non-null value is found (or
 351    * none). This supports retrieval of sequence features stored on the sequence
 352    * (as in the applet) or on the dataset sequence (as in the Desktop version).
 353    *
 354    * @return
 355    */
 356   public SequenceFeature[] getSequenceFeatures()
 357   {
 358     SequenceFeature[] features = sequenceFeatures;
 359
 360     SequenceI seq = this;
 361     int count = 0; // failsafe against loop in sequence.datasetsequence...
 362     while (features == null && seq.getDatasetSequence() != null
 363             && count++ < 10)
 364     {
 365       seq = seq.getDatasetSequence();
 366       features = ((Sequence) seq).sequenceFeatures;
 367     }
 368     return features;
 369   }
 370
 371   public void addPDBId(PDBEntry entry)
 372   {
 373     if (pdbIds == null)
 374     {
 375       pdbIds = new Vector<PDBEntry>();
 376     }
 377     if (pdbIds.contains(entry))
 378     {
 379       updatePDBEntry(pdbIds.get(pdbIds.indexOf(entry)), entry);
 380     }
 381     else
 382     {
 383       pdbIds.addElement(entry);
 384     }
 385   }
 386
 387   private static void updatePDBEntry(PDBEntry oldEntry, PDBEntry newEntry)
 388   {
 389     if (newEntry.getFile() != null)
 390     {
 391       oldEntry.setFile(newEntry.getFile());
 392     }
 393   }
 394
 395   /**
 396    * DOCUMENT ME!
 397    *
 398    * @param id
 399    *          DOCUMENT ME!
 400    */
 401   @Override
 402   public void setPDBId(Vector<PDBEntry> id)
 403   {
 404     pdbIds = id;
 405   }
 406
 407   /**
 408    * DOCUMENT ME!
 409    *
 410    * @return DOCUMENT ME!
 411    */
 412   @Override
 413   public Vector<PDBEntry> getPDBId()
 414   {
 415     return pdbIds;
 416   }
 417
 418   /**
 419    * DOCUMENT ME!
 420    *
 421    * @return DOCUMENT ME!
 422    */
 423   public String getDisplayId(boolean jvsuffix)
 424   {
 425     StringBuffer result = new StringBuffer(name);
 426     if (jvsuffix)
 427     {
 428       result.append("/" + start + "-" + end);
 429     }
 430
 431     return result.toString();
 432   }
 433
 434   /**
 435    * DOCUMENT ME!
 436    *
 437    * @param name
 438    *          DOCUMENT ME!
 439    */
 440   public void setName(String name)
 441   {
 442     this.name = name;
 443     this.parseId();
 444   }
 445
 446   /**
 447    * DOCUMENT ME!
 448    *
 449    * @return DOCUMENT ME!
 450    */
 451   public String getName()
 452   {
 453     return this.name;
 454   }
 455
 456   /**
 457    * DOCUMENT ME!
 458    *
 459    * @param start
 460    *          DOCUMENT ME!
 461    */
 462   public void setStart(int start)
 463   {
 464     this.start = start;
 465   }
 466
 467   /**
 468    * DOCUMENT ME!
 469    *
 470    * @return DOCUMENT ME!
 471    */
 472   public int getStart()
 473   {
 474     return this.start;
 475   }
 476
 477   /**
 478    * DOCUMENT ME!
 479    *
 480    * @param end
 481    *          DOCUMENT ME!
 482    */
 483   public void setEnd(int end)
 484   {
 485     this.end = end;
 486   }
 487
 488   /**
 489    * DOCUMENT ME!
 490    *
 491    * @return DOCUMENT ME!
 492    */
 493   public int getEnd()
 494   {
 495     return this.end;
 496   }
 497
 498   /**
 499    * DOCUMENT ME!
 500    *
 501    * @return DOCUMENT ME!
 502    */
 503   public int getLength()
 504   {
 505     return this.sequence.length;
 506   }
 507
 508   /**
 509    * DOCUMENT ME!
 510    *
 511    * @param seq
 512    *          DOCUMENT ME!
 513    */
 514   public void setSequence(String seq)
 515   {
 516     this.sequence = seq.toCharArray();
 517     checkValidRange();
 518   }
 519
 520   public String getSequenceAsString()
 521   {
 522     return new String(sequence);
 523   }
 524
 525   public String getSequenceAsString(int start, int end)
 526   {
 527     return new String(getSequence(start, end));
 528   }
 529
 530   public char[] getSequence()
 531   {
 532     return sequence;
 533   }
 534
 535   /*
 536    * (non-Javadoc)
 537    *
 538    * @see jalview.datamodel.SequenceI#getSequence(int, int)
 539    */
 540   public char[] getSequence(int start, int end)
 541   {
 542     if (start < 0)
 543     {
 544       start = 0;
 545     }
 546     // JBPNote - left to user to pad the result here (TODO:Decide on this
 547     // policy)
 548     if (start >= sequence.length)
 549     {
 550       return new char[0];
 551     }
 552
 553     if (end >= sequence.length)
 554     {
 555       end = sequence.length;
 556     }
 557
 558     char[] reply = new char[end - start];
 559     System.arraycopy(sequence, start, reply, 0, end - start);
 560
 561     return reply;
 562   }
 563
 564   @Override
 565   public SequenceI getSubSequence(int start, int end)
 566   {
 567     if (start < 0)
 568     {
 569       start = 0;
 570     }
 571     char[] seq = getSequence(start, end);
 572     if (seq.length == 0)
 573     {
 574       return null;
 575     }
 576     int nstart = findPosition(start);
 577     int nend = findPosition(end) - 1;
 578     // JBPNote - this is an incomplete copy.
 579     SequenceI nseq = new Sequence(this.getName(), seq, nstart, nend);
 580     nseq.setDescription(description);
 581     if (datasetSequence != null)
 582     {
 583       nseq.setDatasetSequence(datasetSequence);
 584     }
 585     else
 586     {
 587       nseq.setDatasetSequence(this);
 588     }
 589     return nseq;
 590   }
 591
 592   /**
 593    * DOCUMENT ME!
 594    *
 595    * @param i
 596    *          DOCUMENT ME!
 597    *
 598    * @return DOCUMENT ME!
 599    */
 600   public char getCharAt(int i)
 601   {
 602     if (i < sequence.length)
 603     {
 604       return sequence[i];
 605     }
 606     else
 607     {
 608       return ' ';
 609     }
 610   }
 611
 612   /**
 613    * DOCUMENT ME!
 614    *
 615    * @param desc
 616    *          DOCUMENT ME!
 617    */
 618   public void setDescription(String desc)
 619   {
 620     this.description = desc;
 621   }
 622
 623   /**
 624    * DOCUMENT ME!
 625    *
 626    * @return DOCUMENT ME!
 627    */
 628   public String getDescription()
 629   {
 630     return this.description;
 631   }
 632
 633   /*
 634    * (non-Javadoc)
 635    *
 636    * @see jalview.datamodel.SequenceI#findIndex(int)
 637    */
 638   public int findIndex(int pos)
 639   {
 640     // returns the alignment position for a residue
 641     int j = start;
 642     int i = 0;
 643     // Rely on end being at least as long as the length of the sequence.
 644     while ((i < sequence.length) && (j <= end) && (j <= pos))
 645     {
 646       if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence[i]))
 647       {
 648         j++;
 649       }
 650
 651       i++;
 652     }
 653
 654     if ((j == end) && (j < pos))
 655     {
 656       return end + 1;
 657     }
 658     else
 659     {
 660       return i;
 661     }
 662   }
 663
 664   @Override
 665   public int findPosition(int i)
 666   {
 667     int j = 0;
 668     int pos = start;
 669     int seqlen = sequence.length;
 670     while ((j < i) && (j < seqlen))
 671     {
 672       if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence[j]))
 673       {
 674         pos++;
 675       }
 676
 677       j++;
 678     }
 679
 680     return pos;
 681   }
 682
 683   /**
 684    * Returns an int array where indices correspond to each residue in the
 685    * sequence and the element value gives its position in the alignment
 686    *
 687    * @return int[SequenceI.getEnd()-SequenceI.getStart()+1] or null if no
 688    *         residues in SequenceI object
 689    */
 690   public int[] gapMap()
 691   {
 692     String seq = jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps(
 693             jalview.util.Comparison.GapChars, new String(sequence));
 694     int[] map = new int[seq.length()];
 695     int j = 0;
 696     int p = 0;
 697
 698     while (j < sequence.length)
 699     {
 700       if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence[j]))
 701       {
 702         map[p++] = j;
 703       }
 704
 705       j++;
 706     }
 707
 708     return map;
 709   }
 710
 711   @Override
 712   public int[] findPositionMap()
 713   {
 714     int map[] = new int[sequence.length];
 715     int j = 0;
 716     int pos = start;
 717     int seqlen = sequence.length;
 718     while ((j < seqlen))
 719     {
 720       map[j] = pos;
 721       if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence[j]))
 722       {
 723         pos++;
 724       }
 725
 726       j++;
 727     }
 728     return map;
 729   }
 730
 731   @Override
 732   public List<int[]> getInsertions()
 733   {
 734     ArrayList<int[]> map = new ArrayList<int[]>();
 735     int lastj = -1, j = 0;
 736     int pos = start;
 737     int seqlen = sequence.length;
 738     while ((j < seqlen))
 739     {
 740       if (jalview.util.Comparison.isGap(sequence[j]))
 741       {
 742         if (lastj == -1)
 743         {
 744           lastj = j;
 745         }
 746       }
 747       else
 748       {
 749         if (lastj != -1)
 750         {
 751           map.add(new int[]
 752           { lastj, j - 1 });
 753           lastj = -1;
 754         }
 755       }
 756       j++;
 757     }
 758     if (lastj != -1)
 759     {
 760       map.add(new int[]
 761       { lastj, j - 1 });
 762       lastj = -1;
 763     }
 764     return map;
 765   }
 766
 767   @Override
 768   public void deleteChars(int i, int j)
 769   {
 770     int newstart = start, newend = end;
 771     if (i >= sequence.length)
 772     {
 773       return;
 774     }
 775
 776     char[] tmp = StringUtils.deleteChars(sequence, i, j);
 777     boolean createNewDs = false;
 778     // TODO: take a (second look) at the dataset creation validation method for
 779     // the very large sequence case
 780     int eindex = -1, sindex = -1;
 781     boolean ecalc = false, scalc = false;
 782     for (int s = i; s < j; s++)
 783     {
 784       if (jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex[sequence[s]] != 23)
 785       {
 786         if (createNewDs)
 787         {
 788           newend--;
 789         }
 790         else
 791         {
 792           if (!scalc)
 793           {
 794             sindex = findIndex(start) - 1;
 795             scalc = true;
 796           }
 797           if (sindex == s)
 798           {
 799             // delete characters including start of sequence
 800             newstart = findPosition(j);
 801             break; // don't need to search for any more residue characters.
 802           }
 803           else
 804           {
 805             // delete characters after start.
 806             if (!ecalc)
 807             {
 808               eindex = findIndex(end) - 1;
 809               ecalc = true;
 810             }
 811             if (eindex < j)
 812             {
 813               // delete characters at end of sequence
 814               newend = findPosition(i - 1);
 815               break; // don't need to search for any more residue characters.
 816             }
 817             else
 818             {
 819               createNewDs = true;
 820               newend--; // decrease end position by one for the deleted residue
 821               // and search further
 822             }
 823           }
 824         }
 825       }
 826     }
 827     // deletion occured in the middle of the sequence
 828     if (createNewDs && this.datasetSequence != null)
 829     {
 830       // construct a new sequence
 831       Sequence ds = new Sequence(datasetSequence);
 832       // TODO: remove any non-inheritable properties ?
 833       // TODO: create a sequence mapping (since there is a relation here ?)
 834       ds.deleteChars(i, j);
 835       datasetSequence = ds;
 836     }
 837     start = newstart;
 838     end = newend;
 839     sequence = tmp;
 840   }
 841
 842   @Override
 843   public void insertCharAt(int i, int length, char c)
 844   {
 845     char[] tmp = new char[sequence.length + length];
 846
 847     if (i >= sequence.length)
 848     {
 849       System.arraycopy(sequence, 0, tmp, 0, sequence.length);
 850       i = sequence.length;
 851     }
 852     else
 853     {
 854       System.arraycopy(sequence, 0, tmp, 0, i);
 855     }
 856
 857     int index = i;
 858     while (length > 0)
 859     {
 860       tmp[index++] = c;
 861       length--;
 862     }
 863
 864     if (i < sequence.length)
 865     {
 866       System.arraycopy(sequence, i, tmp, index, sequence.length - i);
 867     }
 868
 869     sequence = tmp;
 870   }
 871
 872   @Override
 873   public void insertCharAt(int i, char c)
 874   {
 875     insertCharAt(i, 1, c);
 876   }
 877
 878   @Override
 879   public String getVamsasId()
 880   {
 881     return vamsasId;
 882   }
 883
 884   @Override
 885   public void setVamsasId(String id)
 886   {
 887     vamsasId = id;
 888   }
 889
 890   @Override
 891   public void setDBRef(DBRefEntry[] dbref)
 892   {
 893     dbrefs = dbref;
 894   }
 895
 896   @Override
 897   public DBRefEntry[] getDBRef()
 898   {
 899     if (dbrefs == null && datasetSequence != null
 900             && this != datasetSequence)
 901     {
 902       return datasetSequence.getDBRef();
 903     }
 904     return dbrefs;
 905   }
 906
 907   @Override
 908   public void addDBRef(DBRefEntry entry)
 909   {
 910     if (dbrefs == null)
 911     {
 912       dbrefs = new DBRefEntry[0];
 913     }
 914
 915     int i, iSize = dbrefs.length;
 916
 917     for (i = 0; i < iSize; i++)
 918     {
 919       if (dbrefs[i].equalRef(entry))
 920       {
 921         if (entry.getMap() != null)
 922         {
 923           if (dbrefs[i].getMap() == null)
 924           {
 925             // overwrite with 'superior' entry that contains a mapping.
 926             dbrefs[i] = entry;
 927           }
 928         }
 929         return;
 930       }
 931     }
 932
 933     DBRefEntry[] temp = new DBRefEntry[iSize + 1];
 934     System.arraycopy(dbrefs, 0, temp, 0, iSize);
 935     temp[temp.length - 1] = entry;
 936
 937     dbrefs = temp;
 938   }
 939
 940   @Override
 941   public void setDatasetSequence(SequenceI seq)
 942   {
 943     datasetSequence = seq;
 944   }
 945
 946   @Override
 947   public SequenceI getDatasetSequence()
 948   {
 949     return datasetSequence;
 950   }
 951
 952   @Override
 953   public AlignmentAnnotation[] getAnnotation()
 954   {
 955     return annotation == null ? null : annotation
 956             .toArray(new AlignmentAnnotation[annotation.size()]);
 957   }
 958
 959
 960   @Override
 961   public boolean hasAnnotation(AlignmentAnnotation ann)
 962   {
 963     return annotation == null ? false : annotation.contains(ann);
 964   }
 965
 966   @Override
 967   public void addAlignmentAnnotation(AlignmentAnnotation annotation)
 968   {
 969     if (this.annotation == null)
 970     {
 971       this.annotation = new Vector<AlignmentAnnotation>();
 972     }
 973     if (!this.annotation.contains(annotation))
 974     {
 975       this.annotation.addElement(annotation);
 976     }
 977     annotation.setSequenceRef(this);
 978   }
 979
 980   public void removeAlignmentAnnotation(AlignmentAnnotation annotation)
 981   {
 982     if (this.annotation != null)
 983     {
 984       this.annotation.removeElement(annotation);
 985       if (this.annotation.size() == 0)
 986       {
 987         this.annotation = null;
 988       }
 989     }
 990   }
 991
 992   /**
 993    * test if this is a valid candidate for another sequence's dataset sequence.
 994    *
 995    */
 996   private boolean isValidDatasetSequence()
 997   {
 998     if (datasetSequence != null)
 999     {
1000       return false;
1001     }
1002     for (int i = 0; i < sequence.length; i++)
1003     {
1004       if (jalview.util.Comparison.isGap(sequence[i]))
1005       {
1006         return false;
1007       }
1008     }
1009     return true;
1010   }
1011
1012   @Override
1013   public SequenceI deriveSequence()
1014   {
1015     SequenceI seq = new Sequence(this);
1016     if (datasetSequence != null)
1017     {
1018       // duplicate current sequence with same dataset
1019       seq.setDatasetSequence(datasetSequence);
1020     }
1021     else
1022     {
1023       if (isValidDatasetSequence())
1024       {
1025         // Use this as dataset sequence
1026         seq.setDatasetSequence(this);
1027       }
1028       else
1029       {
1030         // Create a new, valid dataset sequence
1031         SequenceI ds = seq;
1032         ds.setSequence(AlignSeq.extractGaps(
1033                 jalview.util.Comparison.GapChars, new String(sequence)));
1034         setDatasetSequence(ds);
1035         ds.setSequenceFeatures(getSequenceFeatures());
1036         seq = this; // and return this sequence as the derived sequence.
1037       }
1038     }
1039     return seq;
1040   }
1041
1042   /*
1043    * (non-Javadoc)
1044    *
1045    * @see jalview.datamodel.SequenceI#createDatasetSequence()
1046    */
1047   public SequenceI createDatasetSequence()
1048   {
1049     if (datasetSequence == null)
1050     {
1051       datasetSequence = new Sequence(getName(), AlignSeq.extractGaps(
1052               jalview.util.Comparison.GapChars, getSequenceAsString()),
1053               getStart(), getEnd());
1054       datasetSequence.setSequenceFeatures(getSequenceFeatures());
1055       datasetSequence.setDescription(getDescription());
1056       setSequenceFeatures(null);
1057       // move database references onto dataset sequence
1058       datasetSequence.setDBRef(getDBRef());
1059       setDBRef(null);
1060       datasetSequence.setPDBId(getPDBId());
1061       setPDBId(null);
1062       datasetSequence.updatePDBIds();
1063       if (annotation != null)
1064       {
1065         for (AlignmentAnnotation aa : annotation)
1066         {
1067           AlignmentAnnotation _aa = new AlignmentAnnotation(aa);
1068           _aa.sequenceRef = datasetSequence;
1069           _aa.adjustForAlignment(); // uses annotation's own record of
1070                                     // sequence-column mapping
1071           datasetSequence.addAlignmentAnnotation(_aa);
1072         }
1073       }
1074     }
1075     return datasetSequence;
1076   }
1077
1078   /*
1079    * (non-Javadoc)
1080    *
1081    * @see
1082    * jalview.datamodel.SequenceI#setAlignmentAnnotation(AlignmmentAnnotation[]
1083    * annotations)
1084    */
1085   public void setAlignmentAnnotation(AlignmentAnnotation[] annotations)
1086   {
1087     if (annotation != null)
1088     {
1089       annotation.removeAllElements();
1090     }
1091     if (annotations != null)
1092     {
1093       for (int i = 0; i < annotations.length; i++)
1094       {
1095         if (annotations[i] != null)
1096         {
1097           addAlignmentAnnotation(annotations[i]);
1098         }
1099       }
1100     }
1101   }
1102
1103   @Override
1104   public AlignmentAnnotation[] getAnnotation(String label)
1105   {
1106     if (annotation == null || annotation.size() == 0)
1107     {
1108       return null;
1109     }
1110
1111     Vector subset = new Vector();
1112     Enumeration e = annotation.elements();
1113     while (e.hasMoreElements())
1114     {
1115       AlignmentAnnotation ann = (AlignmentAnnotation) e.nextElement();
1116       if (ann.label != null && ann.label.equals(label))
1117       {
1118         subset.addElement(ann);
1119       }
1120     }
1121     if (subset.size() == 0)
1122     {
1123       return null;
1124     }
1125     AlignmentAnnotation[] anns = new AlignmentAnnotation[subset.size()];
1126     int i = 0;
1127     e = subset.elements();
1128     while (e.hasMoreElements())
1129     {
1130       anns[i++] = (AlignmentAnnotation) e.nextElement();
1131     }
1132     subset.removeAllElements();
1133     return anns;
1134   }
1135
1136   @Override
1137   public boolean updatePDBIds()
1138   {
1139     if (datasetSequence != null)
1140     {
1141       // TODO: could merge DBRefs
1142       return datasetSequence.updatePDBIds();
1143     }
1144     if (dbrefs == null || dbrefs.length == 0)
1145     {
1146       return false;
1147     }
1148     Vector newpdb = new Vector();
1149     for (int i = 0; i < dbrefs.length; i++)
1150     {
1151       if (DBRefSource.PDB.equals(dbrefs[i].getSource()))
1152       {
1153         PDBEntry pdbe = new PDBEntry();
1154         pdbe.setId(dbrefs[i].getAccessionId());
1155         if (pdbIds == null || pdbIds.size() == 0)
1156         {
1157           newpdb.addElement(pdbe);
1158         }
1159         else
1160         {
1161           Enumeration en = pdbIds.elements();
1162           boolean matched = false;
1163           while (!matched && en.hasMoreElements())
1164           {
1165             PDBEntry anentry = (PDBEntry) en.nextElement();
1166             if (anentry.getId().equals(pdbe.getId()))
1167             {
1168               matched = true;
1169             }
1170           }
1171           if (!matched)
1172           {
1173             newpdb.addElement(pdbe);
1174           }
1175         }
1176       }
1177     }
1178     if (newpdb.size() > 0)
1179     {
1180       Enumeration en = newpdb.elements();
1181       while (en.hasMoreElements())
1182       {
1183         addPDBId((PDBEntry) en.nextElement());
1184       }
1185       return true;
1186     }
1187     return false;
1188   }
1189
1190   @Override
1191   public void transferAnnotation(SequenceI entry, Mapping mp)
1192   {
1193     if (datasetSequence != null)
1194     {
1195       datasetSequence.transferAnnotation(entry, mp);
1196       return;
1197     }
1198     if (entry.getDatasetSequence() != null)
1199     {
1200       transferAnnotation(entry.getDatasetSequence(), mp);
1201       return;
1202     }
1203     // transfer any new features from entry onto sequence
1204     if (entry.getSequenceFeatures() != null)
1205     {
1206
1207       SequenceFeature[] sfs = entry.getSequenceFeatures();
1208       for (int si = 0; si < sfs.length; si++)
1209       {
1210         SequenceFeature sf[] = (mp != null) ? mp.locateFeature(sfs[si])
1211                 : new SequenceFeature[]
1212                 { new SequenceFeature(sfs[si]) };
1213         if (sf != null && sf.length > 0)
1214         {
1215           for (int sfi = 0; sfi < sf.length; sfi++)
1216           {
1217             addSequenceFeature(sf[sfi]);
1218           }
1219         }
1220       }
1221     }
1222
1223     // transfer PDB entries
1224     if (entry.getPDBId() != null)
1225     {
1226       Enumeration e = entry.getPDBId().elements();
1227       while (e.hasMoreElements())
1228       {
1229         PDBEntry pdb = (PDBEntry) e.nextElement();
1230         addPDBId(pdb);
1231       }
1232     }
1233     // transfer database references
1234     DBRefEntry[] entryRefs = entry.getDBRef();
1235     if (entryRefs != null)
1236     {
1237       for (int r = 0; r < entryRefs.length; r++)
1238       {
1239         DBRefEntry newref = new DBRefEntry(entryRefs[r]);
1240         if (newref.getMap() != null && mp != null)
1241         {
1242           // remap ref using our local mapping
1243         }
1244         // we also assume all version string setting is done by dbSourceProxy
1245         /*
1246          * if (!newref.getSource().equalsIgnoreCase(dbSource)) {
1247          * newref.setSource(dbSource); }
1248          */
1249         addDBRef(newref);
1250       }
1251     }
1252   }
1253
1254   /**
1255    * @return The index (zero-based) on this sequence in the MSA. It returns
1256    *         {@code -1} if this information is not available.
1257    */
1258   public int getIndex()
1259   {
1260     return index;
1261   }
1262
1263   /**
1264    * Defines the position of this sequence in the MSA. Use the value {@code -1}
1265    * if this information is undefined.
1266    *
1267    * @param The
1268    *          position for this sequence. This value is zero-based (zero for
1269    *          this first sequence)
1270    */
1271   public void setIndex(int value)
1272   {
1273     index = value;
1274   }
1275
1276   public void setRNA(RNA r)
1277   {
1278     rna = r;
1279   }
1280
1281   public RNA getRNA()
1282   {
1283     return rna;
1284   }
1285
1286   @Override
1287   public List<AlignmentAnnotation> getAlignmentAnnotations(String calcId,
1288           String label)
1289   {
1290     List<AlignmentAnnotation> result = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
1291     if (this.annotation != null)
1292     {
1293       for (AlignmentAnnotation ann : annotation)
1294       {
1295         if (ann.calcId != null && ann.calcId.equals(calcId)
1296                 && ann.label != null && ann.label.equals(label))
1297         {
1298           result.add(ann);
1299         }
1300       }
1301     }
1302     return result;
1303   }
1304
1305
1306 }