src/jalview/datamodel/Sequence.java

   1 package jalview.datamodel;\r
   2 \r
   3 import jalview.analysis.*;\r
   4 import java.awt.*;\r
   5 import java.util.*;\r
   6 import MCview.*;\r
   7 \r
   8 \r
   9 public class Sequence implements SequenceI\r
  10 {\r
  11   protected String   name;\r
  12   protected String   sequence;\r
  13   protected String description;\r
  14   protected int      start;\r
  15   protected int      end;\r
  16   protected String   displayId;\r
  17   protected Color    color = Color.white;\r
  18   String pdbId;\r
  19   PDBfile pdb;\r
  20 \r
  21    public int maxchain = -1;\r
  22    public int pdbstart;\r
  23    public int pdbend;\r
  24    public int seqstart;\r
  25    public int seqend;\r
  26 \r
  27    public Vector sequenceFeatures = new Vector();\r
  28    public void setSequenceFeatures(Vector v)\r
  29    {\r
  30      sequenceFeatures = v;\r
  31    }\r
  32 \r
  33    public Vector getSequenceFeatures()\r
  34    {return sequenceFeatures; }\r
  35 \r
  36    public void setPDBId(String id)\r
  37    {\r
  38      pdbId = id;\r
  39    }\r
  40    public String getPDBId()\r
  41    {\r
  42      return pdbId;\r
  43    }\r
  44 \r
  45    public void setPDBfile(PDBfile pdb)\r
  46    {\r
  47      this.pdb = pdb;\r
  48      int max = -10;\r
  49      maxchain = -1;\r
  50 \r
  51      for (int i=0; i < pdb.chains.size(); i++) {\r
  52 \r
  53        System.out.println("PDB sequence = " + ((PDBChain)pdb.chains.elementAt(i)).sequence);\r
  54        // Now lets compare the sequences to get\r
  55        // the start and end points.\r
  56 \r
  57 \r
  58      StringTokenizer str = new StringTokenizer(sequence, ".");\r
  59      String newString = "";\r
  60 \r
  61      while (str.hasMoreTokens()) {\r
  62          newString += str.nextToken();\r
  63      }\r
  64        // Align the sequence to the pdb\r
  65        AlignSeq as = new AlignSeq(this,((PDBChain)pdb.chains.elementAt(i)).sequence,"pep");\r
  66        as.calcScoreMatrix();\r
  67        as.traceAlignment();\r
  68        as.printAlignment();\r
  69 \r
  70        System.out.println("Score = " + as.maxscore);\r
  71        if (as.maxscore > max) {\r
  72          System.out.println("New max score");\r
  73          max = as.maxscore;\r
  74          maxchain = i;\r
  75 \r
  76          pdbstart = as.seq2start;\r
  77          pdbend = as.seq2end;\r
  78          seqstart = as.seq1start  - 1 ;\r
  79          seqend = as.seq1end  -1;\r
  80        }\r
  81 \r
  82        System.out.println("PDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);\r
  83        System.out.println("SEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);\r
  84      }\r
  85    }\r
  86 \r
  87   public Sequence(String name, String sequence, int start, int end)\r
  88   {\r
  89 \r
  90     this.name     = name;\r
  91     this.sequence = sequence;\r
  92     this.start    = start;\r
  93     this.end      = end;\r
  94 \r
  95     setDisplayId();\r
  96 \r
  97   }\r
  98 \r
  99   public Sequence(String name,String sequence) {\r
 100     this(name,sequence,1,sequence.length());\r
 101   }\r
 102   public Sequence(SequenceI seq) {\r
 103     this(seq.getName(),seq.getSequence(),seq.getStart(),seq.getEnd());\r
 104   }\r
 105   public String getDisplayId() {\r
 106     return displayId;\r
 107   }\r
 108   public void setDisplayId() {\r
 109     displayId = name + "/" + start + "-" + end;\r
 110   }\r
 111   public void setName(String name) {\r
 112     this.name = name;\r
 113     setDisplayId();\r
 114   }\r
 115   public String getName() {\r
 116     return this.name;\r
 117   }\r
 118   public void setStart(int start) {\r
 119     this.start = start;\r
 120     setDisplayId();\r
 121   }\r
 122   public int getStart() {\r
 123     return this.start;\r
 124   }\r
 125   public void setEnd(int end) {\r
 126     this.end = end;\r
 127     setDisplayId();\r
 128   }\r
 129   public int getEnd() {\r
 130     return this.end;\r
 131   }\r
 132   public int getLength() {\r
 133     return this.sequence.length();\r
 134   }\r
 135   public void setSequence(String seq) {\r
 136     this.sequence = seq;\r
 137   }\r
 138   public String getSequence() {\r
 139     return this.sequence;\r
 140   }\r
 141   public String getSequence(int start,int end) {\r
 142     if(end>=sequence.length())\r
 143       end = sequence.length()-1;\r
 144     return this.sequence.substring(start,end);\r
 145   }\r
 146 \r
 147   public char getCharAt(int i) {\r
 148     if (i < sequence.length()) {\r
 149       return sequence.charAt(i);\r
 150     } else {\r
 151       return ' ';\r
 152     }\r
 153   }\r
 154   public void setDescription(String desc) {\r
 155     this.description = desc;\r
 156   }\r
 157   public String getDescription() {\r
 158     return this.description;\r
 159   }\r
 160 \r
 161   public int findIndex(int pos) {\r
 162     // returns the alignment position for a residue\r
 163     int j = start;\r
 164     int i = 0;\r
 165 \r
 166     while (i< sequence.length() && j <= end && j <= pos) {\r
 167 \r
 168       char c = sequence.charAt(i);\r
 169 \r
 170       if (!jalview.util.Comparison.isGap((c)))\r
 171         j++;\r
 172 \r
 173       i++;\r
 174     }\r
 175     if (j == end && j < pos)\r
 176       return end+1;\r
 177     else\r
 178       return i;\r
 179 \r
 180   }\r
 181 \r
 182   public int findPosition(int i) {\r
 183     // Returns the sequence position for an alignment position\r
 184     int j   = 0;\r
 185     int pos = start;\r
 186 \r
 187     while (j < i)\r
 188     {\r
 189       char c = sequence.charAt(j);\r
 190 \r
 191       if (!jalview.util.Comparison.isGap((c)))\r
 192         pos++;\r
 193 \r
 194       j++;\r
 195     }\r
 196     return pos;\r
 197   }\r
 198   public void deleteCharAt(int i)\r
 199   {\r
 200     StringBuffer sbuffer = new StringBuffer(sequence);\r
 201     sbuffer.deleteCharAt(i);\r
 202     sequence = sbuffer.toString();\r
 203   }\r
 204 \r
 205   public void insertCharAt(int i, char c)\r
 206   {\r
 207     insertCharAt(i,c,true);\r
 208   }\r
 209 \r
 210   public void insertCharAt(int i,char c,boolean chop) {\r
 211 \r
 212     String tmp = new String(sequence);\r
 213 \r
 214     if (i < sequence.length()) {\r
 215       sequence = tmp.substring(0,i) + String.valueOf(c) + tmp.substring(i);\r
 216     } else {\r
 217       sequence = tmp + String.valueOf(c);\r
 218     }\r
 219 \r
 220   }\r
 221 \r
 222   public void        setColor(Color c) {\r
 223     this.color = c;\r
 224   }\r
 225 \r
 226   public Color       getColor() {\r
 227     return color;\r
 228   }\r
 229 \r
 230 }\r