src/jalview/datamodel/SequenceCollectionI.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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  10  *
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  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
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  17  */
  18 package jalview.datamodel;
  19
  20 import java.util.List;
  21 import java.util.Map;
  22
  23 public interface SequenceCollectionI
  24 {
  25   List<SequenceI> getSequences();
  26
  27   List<SequenceI> getSequences(
  28           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenReps);
  29
  30   int getWidth();
  31
  32   /**
  33   * @return the first column included in this collection. Runs from 0<=i<N_cols
  34   */
  35   int getStartRes();
  36
  37
  38   /**
  39    *
  40    * @return the last column in this collection. Runs from 0<=i<N_cols
  41    */
  42   int getEndRes();
  43
  44 }