src/jalview/datamodel/SequenceFeature.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.datamodel;\r
  20 \r
  21 /**\r
  22  * DOCUMENT ME!\r
  23  *\r
  24  * @author $author$\r
  25  * @version $Revision$\r
  26  */\r
  27 public class SequenceFeature\r
  28 {\r
  29     public int begin;\r
  30     public int end;\r
  31     public float score;\r
  32     public String type;\r
  33     public String description;\r
  34     public String status;\r
  35     public java.util.Vector links;\r
  36 \r
  37     // Feature group can be set from a features file\r
  38     // as a group of features between STARTGROUP and ENDGROUP markers\r
  39     public String featureGroup;\r
  40 \r
  41     public SequenceFeature()\r
  42     {}\r
  43 \r
  44     public SequenceFeature(String type,\r
  45                            String desc,\r
  46                            String status,\r
  47                            int begin, int end,\r
  48                            String featureGroup)\r
  49     {\r
  50       this.type = type;\r
  51       this.description = desc;\r
  52       this.status = status;\r
  53       this.begin = begin;\r
  54       this.end = end;\r
  55       this.featureGroup = featureGroup;\r
  56     }\r
  57     public SequenceFeature(String type,\r
  58                            String desc,\r
  59                            int begin, int end,\r
  60                            float score,\r
  61                            String featureGroup)\r
  62     {\r
  63       this.type = type;\r
  64       this.description = desc;\r
  65       this.status = status;\r
  66       this.begin = begin;\r
  67       this.end = end;\r
  68       this.score = score;\r
  69       this.featureGroup = featureGroup;\r
  70     }\r
  71 \r
  72     public boolean equals(SequenceFeature sf)\r
  73     {\r
  74       if(begin != sf.begin\r
  75       || end != sf.end)\r
  76      return false;\r
  77 \r
  78 \r
  79       if(!(type+description+status).equals\r
  80          (sf.type+sf.description+sf.status))\r
  81         return false;\r
  82 \r
  83       return true;\r
  84     }\r
  85 \r
  86 \r
  87     /**\r
  88      * DOCUMENT ME!\r
  89      *\r
  90      * @return DOCUMENT ME!\r
  91      */\r
  92     public int getBegin()\r
  93     {\r
  94         return begin;\r
  95     }\r
  96 \r
  97     public void setBegin(int start)\r
  98     {\r
  99       this.begin = start;\r
 100     }\r
 101 \r
 102     /**\r
 103      * DOCUMENT ME!\r
 104      *\r
 105      * @return DOCUMENT ME!\r
 106      */\r
 107     public int getEnd()\r
 108     {\r
 109         return end;\r
 110     }\r
 111 \r
 112     public void setEnd(int end)\r
 113     {\r
 114       this.end = end;\r
 115     }\r
 116 \r
 117     /**\r
 118      * DOCUMENT ME!\r
 119      *\r
 120      * @return DOCUMENT ME!\r
 121      */\r
 122     public String getType()\r
 123     {\r
 124         return type;\r
 125     }\r
 126 \r
 127     public void setType(String type)\r
 128     {\r
 129       this.type = type;\r
 130     }\r
 131 \r
 132     /**\r
 133      * DOCUMENT ME!\r
 134      *\r
 135      * @return DOCUMENT ME!\r
 136      */\r
 137     public String getDescription()\r
 138     {\r
 139         return description;\r
 140     }\r
 141 \r
 142     public void setDescription(String desc)\r
 143     {\r
 144       description = desc;\r
 145     }\r
 146 \r
 147     /**\r
 148      * DOCUMENT ME!\r
 149      *\r
 150      * @return DOCUMENT ME!\r
 151      */\r
 152     public String getStatus()\r
 153     {\r
 154         return status;\r
 155     }\r
 156 \r
 157     public void setStatus(String status)\r
 158     {\r
 159       this.status = status;\r
 160     }\r
 161 \r
 162     public String getFeatureGroup()\r
 163     {\r
 164       return featureGroup;\r
 165     }\r
 166 \r
 167     public void setFeatureGroup(String featureGroup)\r
 168     {\r
 169       this.featureGroup = featureGroup;\r
 170     }\r
 171 \r
 172     public void addLink(String labelLink)\r
 173     {\r
 174       if(links==null)\r
 175         links = new java.util.Vector();\r
 176 \r
 177       links.insertElementAt(labelLink,0);\r
 178     }\r
 179 \r
 180     public float getScore()\r
 181     {\r
 182       return score;\r
 183     }\r
 184 \r
 185     public void setScore(float value)\r
 186     {\r
 187       score = value;\r
 188     }\r
 189 }\r