src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.Conservation;
  25 import jalview.schemes.CollectionColourScheme;
  26 import jalview.schemes.CollectionColourSchemeI;
  27 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  28
  29 import java.awt.Color;
  30 import java.util.ArrayList;
  31 import java.util.List;
  32 import java.util.Map;
  33
  34 /**
  35  * Collects a set contiguous ranges on a set of sequences
  36  *
  37  * @author $author$
  38  * @version $Revision$
  39  */
  40 public class SequenceGroup implements AnnotatedCollectionI
  41 {
  42   String groupName;
  43
  44   String description;
  45
  46   Conservation conserve;
  47
  48   boolean displayBoxes = true;
  49
  50   boolean displayText = true;
  51
  52   boolean colourText = false;
  53
  54   /**
  55    * after Olivier's non-conserved only character display
  56    */
  57   boolean showNonconserved = false;
  58
  59   /**
  60    * group members
  61    */
  62   private List<SequenceI> sequences = new ArrayList<SequenceI>();
  63
  64   /**
  65    * representative sequence for this group (if any)
  66    */
  67   private SequenceI seqrep = null;
  68
  69   int width = -1;
  70
  71   /**
  72    * Colourscheme applied to group if any
  73    */
  74   public CollectionColourSchemeI cs;
  75
  76   // start column (base 0)
  77   int startRes = 0;
  78
  79   // end column (base 0)
  80   int endRes = 0;
  81
  82   public Color outlineColour = Color.black;
  83
  84   public Color idColour = null;
  85
  86   public int thresholdTextColour = 0;
  87
  88   public Color textColour = Color.black;
  89
  90   public Color textColour2 = Color.white;
  91
  92   /**
  93    * consensus calculation property
  94    */
  95   private boolean ignoreGapsInConsensus = true;
  96
  97   /**
  98    * consensus calculation property
  99    */
 100   private boolean showSequenceLogo = false;
 101
 102   /**
 103    * flag indicating if logo should be rendered normalised
 104    */
 105   private boolean normaliseSequenceLogo;
 106
 107   /**
 108    * @return the includeAllConsSymbols
 109    */
 110   public boolean isShowSequenceLogo()
 111   {
 112     return showSequenceLogo;
 113   }
 114
 115   /**
 116    * Creates a new SequenceGroup object.
 117    */
 118   public SequenceGroup()
 119   {
 120     groupName = "JGroup:" + this.hashCode();
 121     cs = new CollectionColourScheme();
 122   }
 123
 124   /**
 125    * Creates a new SequenceGroup object.
 126    *
 127    * @param sequences
 128    * @param groupName
 129    * @param scheme
 130    * @param displayBoxes
 131    * @param displayText
 132    * @param colourText
 133    * @param start
 134    *          first column of group
 135    * @param end
 136    *          last column of group
 137    */
 138   public SequenceGroup(List<SequenceI> sequences, String groupName,
 139           ColourSchemeI scheme, boolean displayBoxes, boolean displayText,
 140           boolean colourText, int start, int end)
 141   {
 142     this();
 143     this.sequences = sequences;
 144     this.groupName = groupName;
 145     this.displayBoxes = displayBoxes;
 146     this.displayText = displayText;
 147     this.colourText = colourText;
 148     this.cs = new CollectionColourScheme(scheme);
 149     startRes = start;
 150     endRes = end;
 151     recalcConservation();
 152   }
 153
 154   /**
 155    * copy constructor
 156    *
 157    * @param seqsel
 158    */
 159   public SequenceGroup(SequenceGroup seqsel)
 160   {
 161     this();
 162     if (seqsel != null)
 163     {
 164       sequences = new ArrayList<SequenceI>();
 165       sequences.addAll(seqsel.sequences);
 166       if (seqsel.groupName != null)
 167       {
 168         groupName = new String(seqsel.groupName);
 169       }
 170       displayBoxes = seqsel.displayBoxes;
 171       displayText = seqsel.displayText;
 172       colourText = seqsel.colourText;
 173       startRes = seqsel.startRes;
 174       endRes = seqsel.endRes;
 175       cs = seqsel.cs;
 176       if (seqsel.description != null)
 177       {
 178         description = new String(seqsel.description);
 179       }
 180       hidecols = seqsel.hidecols;
 181       hidereps = seqsel.hidereps;
 182       idColour = seqsel.idColour;
 183       outlineColour = seqsel.outlineColour;
 184       seqrep = seqsel.seqrep;
 185       textColour = seqsel.textColour;
 186       textColour2 = seqsel.textColour2;
 187       thresholdTextColour = seqsel.thresholdTextColour;
 188       width = seqsel.width;
 189       ignoreGapsInConsensus = seqsel.ignoreGapsInConsensus;
 190       if (seqsel.conserve != null)
 191       {
 192         recalcConservation(); // safer than
 193         // aaFrequency = (Vector) seqsel.aaFrequency.clone(); // ??
 194       }
 195     }
 196   }
 197
 198   public SequenceI[] getSelectionAsNewSequences(AlignmentI align)
 199   {
 200     int iSize = sequences.size();
 201     SequenceI[] seqs = new SequenceI[iSize];
 202     SequenceI[] inorder = getSequencesInOrder(align);
 203
 204     for (int i = 0, ipos = 0; i < inorder.length; i++)
 205     {
 206       SequenceI seq = inorder[i];
 207
 208       seqs[ipos] = seq.getSubSequence(startRes, endRes + 1);
 209       if (seqs[ipos] != null)
 210       {
 211         seqs[ipos].setDescription(seq.getDescription());
 212         seqs[ipos].setDBRefs(seq.getDBRefs());
 213         seqs[ipos].setSequenceFeatures(seq.getSequenceFeatures());
 214         if (seq.getDatasetSequence() != null)
 215         {
 216           seqs[ipos].setDatasetSequence(seq.getDatasetSequence());
 217         }
 218
 219         if (seq.getAnnotation() != null)
 220         {
 221           AlignmentAnnotation[] alann = align.getAlignmentAnnotation();
 222           // Only copy annotation that is either a score or referenced by the
 223           // alignment's annotation vector
 224           for (int a = 0; a < seq.getAnnotation().length; a++)
 225           {
 226             AlignmentAnnotation tocopy = seq.getAnnotation()[a];
 227             if (alann != null)
 228             {
 229               boolean found = false;
 230               for (int pos = 0; pos < alann.length; pos++)
 231               {
 232                 if (alann[pos] == tocopy)
 233                 {
 234                   found = true;
 235                   break;
 236                 }
 237               }
 238               if (!found)
 239               {
 240                 continue;
 241               }
 242             }
 243             AlignmentAnnotation newannot = new AlignmentAnnotation(
 244                     seq.getAnnotation()[a]);
 245             newannot.restrict(startRes, endRes);
 246             newannot.setSequenceRef(seqs[ipos]);
 247             newannot.adjustForAlignment();
 248             seqs[ipos].addAlignmentAnnotation(newannot);
 249           }
 250         }
 251         ipos++;
 252       }
 253       else
 254       {
 255         iSize--;
 256       }
 257     }
 258     if (iSize != inorder.length)
 259     {
 260       SequenceI[] nseqs = new SequenceI[iSize];
 261       System.arraycopy(seqs, 0, nseqs, 0, iSize);
 262       seqs = nseqs;
 263     }
 264     return seqs;
 265
 266   }
 267
 268   /**
 269    * If sequence ends in gaps, the end residue can be correctly calculated here
 270    *
 271    * @param seq
 272    *          SequenceI
 273    * @return int
 274    */
 275   public int findEndRes(SequenceI seq)
 276   {
 277     int eres = 0;
 278     char ch;
 279
 280     for (int j = 0; j < endRes + 1 && j < seq.getLength(); j++)
 281     {
 282       ch = seq.getCharAt(j);
 283       if (!jalview.util.Comparison.isGap((ch)))
 284       {
 285         eres++;
 286       }
 287     }
 288
 289     if (eres > 0)
 290     {
 291       eres += seq.getStart() - 1;
 292     }
 293
 294     return eres;
 295   }
 296
 297   @Override
 298   public List<SequenceI> getSequences()
 299   {
 300     return sequences;
 301   }
 302
 303   @Override
 304   public List<SequenceI> getSequences(
 305           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenReps)
 306   {
 307     if (hiddenReps == null)
 308     {
 309       // TODO: need a synchronizedCollection here ?
 310       return sequences;
 311     }
 312     else
 313     {
 314       List<SequenceI> allSequences = new ArrayList<SequenceI>();
 315       for (SequenceI seq : sequences)
 316       {
 317         allSequences.add(seq);
 318         if (hiddenReps.containsKey(seq))
 319         {
 320           SequenceCollectionI hsg = hiddenReps.get(seq);
 321           for (SequenceI seq2 : hsg.getSequences())
 322           {
 323             if (seq2 != seq && !allSequences.contains(seq2))
 324             {
 325               allSequences.add(seq2);
 326             }
 327           }
 328         }
 329       }
 330
 331       return allSequences;
 332     }
 333   }
 334
 335   public SequenceI[] getSequencesAsArray(
 336           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> map)
 337   {
 338     List<SequenceI> tmp = getSequences(map);
 339     if (tmp == null)
 340     {
 341       return null;
 342     }
 343     return tmp.toArray(new SequenceI[tmp.size()]);
 344   }
 345
 346   /**
 347    * DOCUMENT ME!
 348    *
 349    * @param col
 350    *          DOCUMENT ME!
 351    *
 352    * @return DOCUMENT ME!
 353    */
 354   public boolean adjustForRemoveLeft(int col)
 355   {
 356     // return value is true if the group still exists
 357     if (startRes >= col)
 358     {
 359       startRes = startRes - col;
 360     }
 361
 362     if (endRes >= col)
 363     {
 364       endRes = endRes - col;
 365
 366       if (startRes > endRes)
 367       {
 368         startRes = 0;
 369       }
 370     }
 371     else
 372     {
 373       // must delete this group!!
 374       return false;
 375     }
 376
 377     return true;
 378   }
 379
 380   /**
 381    * DOCUMENT ME!
 382    *
 383    * @param col
 384    *          DOCUMENT ME!
 385    *
 386    * @return DOCUMENT ME!
 387    */
 388   public boolean adjustForRemoveRight(int col)
 389   {
 390     if (startRes > col)
 391     {
 392       // delete this group
 393       return false;
 394     }
 395
 396     if (endRes >= col)
 397     {
 398       endRes = col;
 399     }
 400
 401     return true;
 402   }
 403
 404   /**
 405    * DOCUMENT ME!
 406    *
 407    * @return DOCUMENT ME!
 408    */
 409   public String getName()
 410   {
 411     return groupName;
 412   }
 413
 414   public String getDescription()
 415   {
 416     return description;
 417   }
 418
 419   /**
 420    * DOCUMENT ME!
 421    *
 422    * @param name
 423    *          DOCUMENT ME!
 424    */
 425   public void setName(String name)
 426   {
 427     groupName = name;
 428     // TODO: URGENT: update dependent objects (annotation row)
 429   }
 430
 431   public void setDescription(String desc)
 432   {
 433     description = desc;
 434   }
 435
 436   /**
 437    * DOCUMENT ME!
 438    *
 439    * @return DOCUMENT ME!
 440    */
 441   public Conservation getConservation()
 442   {
 443     return conserve;
 444   }
 445
 446   /**
 447    * DOCUMENT ME!
 448    *
 449    * @param c
 450    *          DOCUMENT ME!
 451    */
 452   public void setConservation(Conservation c)
 453   {
 454     conserve = c;
 455   }
 456
 457   /**
 458    * Add s to this sequence group. If aligment sequence is already contained in
 459    * group, it will not be added again, but recalculation may happen if the flag
 460    * is set.
 461    *
 462    * @param s
 463    *          alignment sequence to be added
 464    * @param recalc
 465    *          true means Group's conservation should be recalculated
 466    */
 467   public void addSequence(SequenceI s, boolean recalc)
 468   {
 469     synchronized (sequences)
 470     {
 471       if (s != null && !sequences.contains(s))
 472       {
 473         sequences.add(s);
 474       }
 475
 476       if (recalc)
 477       {
 478         recalcConservation();
 479       }
 480     }
 481   }
 482
 483   /**
 484    * Max Gaps Threshold (percent) for performing a conservation calculation
 485    */
 486   private int consPercGaps = 25;
 487
 488   /**
 489    * @return Max Gaps Threshold for performing a conservation calculation
 490    */
 491   public int getConsPercGaps()
 492   {
 493     return consPercGaps;
 494   }
 495
 496   /**
 497    * set Max Gaps Threshold (percent) for performing a conservation calculation
 498    *
 499    * @param consPercGaps
 500    */
 501   public void setConsPercGaps(int consPercGaps)
 502   {
 503     this.consPercGaps = consPercGaps;
 504   }
 505
 506   /**
 507    * calculate residue conservation and colourschemes for group - but only if
 508    * necessary. returns true if the calculation resulted in a visible change to
 509    * group
 510    */
 511   public boolean recalcConservation()
 512   {
 513     return recalcConservation(false);
 514   }
 515
 516   /**
 517    * calculate residue conservation for group - but only if necessary. returns
 518    * true if the calculation resulted in a visible change to group
 519    *
 520    * @param defer
 521    *          when set, colourschemes for this group are not refreshed after
 522    *          recalculation
 523    */
 524   public boolean recalcConservation(boolean defer)
 525   {
 526     if (cs == null && consensus == null && conservation == null)
 527     {
 528       return false;
 529     }
 530     // TODO: try harder to detect changes in state in order to minimise
 531     // recalculation effort
 532     boolean upd = false;
 533     try
 534     {
 535       ProfilesI cnsns = AAFrequency.calculate(sequences, startRes,
 536               endRes + 1, showSequenceLogo);
 537       if (consensus != null)
 538       {
 539         _updateConsensusRow(cnsns, sequences.size());
 540         upd = true;
 541       }
 542       if (cs != null)
 543       {
 544         cs.setConsensus(cnsns);
 545         upd = true;
 546       }
 547
 548       if ((conservation != null)
 549               || (cs != null && cs.conservationApplied()))
 550       {
 551         Conservation c = new Conservation(groupName, sequences, startRes,
 552                 endRes + 1);
 553         c.calculate();
 554         c.verdict(false, consPercGaps);
 555         if (conservation != null)
 556         {
 557           _updateConservationRow(c);
 558         }
 559         if (cs != null)
 560         {
 561           if (cs.conservationApplied())
 562           {
 563             cs.setConservation(c);
 564           }
 565         }
 566         // eager update - will cause a refresh of overview regardless
 567         upd = true;
 568       }
 569       if (cs != null && !defer)
 570       {
 571         // TODO: JAL-2034 should cs.alignmentChanged modify return state
 572         cs.alignmentChanged(context != null ? context : this, null);
 573         return true;
 574       }
 575       else
 576       {
 577         return upd;
 578       }
 579     } catch (java.lang.OutOfMemoryError err)
 580     {
 581       // TODO: catch OOM
 582       System.out.println("Out of memory loading groups: " + err);
 583     }
 584     return upd;
 585   }
 586
 587   private void _updateConservationRow(Conservation c)
 588   {
 589     if (conservation == null)
 590     {
 591       getConservation();
 592     }
 593     // update Labels
 594     conservation.label = "Conservation for " + getName();
 595     conservation.description = "Conservation for group " + getName()
 596             + " less than " + consPercGaps + "% gaps";
 597     // preserve width if already set
 598     int aWidth = (conservation.annotations != null) ? (endRes < conservation.annotations.length ? conservation.annotations.length
 599             : endRes + 1)
 600             : endRes + 1;
 601     conservation.annotations = null;
 602     conservation.annotations = new Annotation[aWidth]; // should be alignment
 603                                                        // width
 604     c.completeAnnotations(conservation, null, startRes, endRes + 1);
 605   }
 606
 607   public ProfilesI consensusData = null;
 608
 609   private void _updateConsensusRow(ProfilesI cnsns, long nseq)
 610   {
 611     if (consensus == null)
 612     {
 613       getConsensus();
 614     }
 615     consensus.label = "Consensus for " + getName();
 616     consensus.description = "Percent Identity";
 617     consensusData = cnsns;
 618     // preserve width if already set
 619     int aWidth = (consensus.annotations != null) ? (endRes < consensus.annotations.length ? consensus.annotations.length
 620             : endRes + 1)
 621             : endRes + 1;
 622     consensus.annotations = null;
 623     consensus.annotations = new Annotation[aWidth]; // should be alignment width
 624
 625     AAFrequency.completeConsensus(consensus, cnsns, startRes, endRes + 1,
 626             ignoreGapsInConsensus, showSequenceLogo, nseq); // TODO: setting
 627                                                             // container
 628     // for
 629     // ignoreGapsInConsensusCalculation);
 630   }
 631
 632   /**
 633    * @param s
 634    *          sequence to either add or remove from group
 635    * @param recalc
 636    *          flag passed to delete/addSequence to indicate if group properties
 637    *          should be recalculated
 638    */
 639   public void addOrRemove(SequenceI s, boolean recalc)
 640   {
 641     synchronized (sequences)
 642     {
 643       if (sequences.contains(s))
 644       {
 645         deleteSequence(s, recalc);
 646       }
 647       else
 648       {
 649         addSequence(s, recalc);
 650       }
 651     }
 652   }
 653
 654   /**
 655    * remove
 656    *
 657    * @param s
 658    *          to be removed
 659    * @param recalc
 660    *          true means recalculate conservation
 661    */
 662   public void deleteSequence(SequenceI s, boolean recalc)
 663   {
 664     synchronized (sequences)
 665     {
 666       sequences.remove(s);
 667
 668       if (recalc)
 669       {
 670         recalcConservation();
 671       }
 672     }
 673   }
 674
 675   /**
 676    *
 677    *
 678    * @return the first column selected by this group. Runs from 0<=i<N_cols
 679    */
 680   @Override
 681   public int getStartRes()
 682   {
 683     return startRes;
 684   }
 685
 686   /**
 687    *
 688    * @return the groups last selected column. Runs from 0<=i<N_cols
 689    */
 690   @Override
 691   public int getEndRes()
 692   {
 693     return endRes;
 694   }
 695
 696   /**
 697    * Set the first column selected by this group. Runs from 0<=i<N_cols
 698    *
 699    * @param i
 700    */
 701   public void setStartRes(int i)
 702   {
 703     startRes = i;
 704   }
 705
 706   /**
 707    * Set the groups last selected column. Runs from 0<=i<N_cols
 708    *
 709    * @param i
 710    */
 711   public void setEndRes(int i)
 712   {
 713     endRes = i;
 714   }
 715
 716   /**
 717    * @return number of sequences in group
 718    */
 719   public int getSize()
 720   {
 721     return sequences.size();
 722   }
 723
 724   /**
 725    * @param i
 726    * @return the ith sequence
 727    */
 728   public SequenceI getSequenceAt(int i)
 729   {
 730     return sequences.get(i);
 731   }
 732
 733   /**
 734    * @param state
 735    *          colourText
 736    */
 737   public void setColourText(boolean state)
 738   {
 739     colourText = state;
 740   }
 741
 742   /**
 743    * DOCUMENT ME!
 744    *
 745    * @return DOCUMENT ME!
 746    */
 747   public boolean getColourText()
 748   {
 749     return colourText;
 750   }
 751
 752   /**
 753    * DOCUMENT ME!
 754    *
 755    * @param state
 756    *          DOCUMENT ME!
 757    */
 758   public void setDisplayText(boolean state)
 759   {
 760     displayText = state;
 761   }
 762
 763   /**
 764    * DOCUMENT ME!
 765    *
 766    * @return DOCUMENT ME!
 767    */
 768   public boolean getDisplayText()
 769   {
 770     return displayText;
 771   }
 772
 773   /**
 774    * DOCUMENT ME!
 775    *
 776    * @param state
 777    *          DOCUMENT ME!
 778    */
 779   public void setDisplayBoxes(boolean state)
 780   {
 781     displayBoxes = state;
 782   }
 783
 784   /**
 785    * DOCUMENT ME!
 786    *
 787    * @return DOCUMENT ME!
 788    */
 789   public boolean getDisplayBoxes()
 790   {
 791     return displayBoxes;
 792   }
 793
 794   /**
 795    * computes the width of current set of sequences and returns it
 796    *
 797    * @return DOCUMENT ME!
 798    */
 799   @Override
 800   public int getWidth()
 801   {
 802     synchronized (sequences)
 803     {
 804       // MC This needs to get reset when characters are inserted and deleted
 805       boolean first = true;
 806       for (SequenceI seq : sequences)
 807       {
 808         if (first || seq.getLength() > width)
 809         {
 810           width = seq.getLength();
 811           first = false;
 812         }
 813       }
 814       return width;
 815     }
 816   }
 817
 818   /**
 819    * DOCUMENT ME!
 820    *
 821    * @param c
 822    *          DOCUMENT ME!
 823    */
 824   public void setOutlineColour(Color c)
 825   {
 826     outlineColour = c;
 827   }
 828
 829   /**
 830    * DOCUMENT ME!
 831    *
 832    * @return DOCUMENT ME!
 833    */
 834   public Color getOutlineColour()
 835   {
 836     return outlineColour;
 837   }
 838
 839   /**
 840    *
 841    * returns the sequences in the group ordered by the ordering given by al.
 842    * this used to return an array with null entries regardless, new behaviour is
 843    * below. TODO: verify that this does not affect use in applet or application
 844    *
 845    * @param al
 846    *          Alignment
 847    * @return SequenceI[] intersection of sequences in group with al, ordered by
 848    *         al, or null if group does not intersect with al
 849    */
 850   public SequenceI[] getSequencesInOrder(AlignmentI al)
 851   {
 852     return getSequencesInOrder(al, true);
 853   }
 854
 855   /**
 856    * return an array representing the intersection of the group with al,
 857    * optionally returning an array the size of al.getHeight() where nulls mark
 858    * the non-intersected sequences
 859    *
 860    * @param al
 861    * @param trim
 862    * @return null or array
 863    */
 864   public SequenceI[] getSequencesInOrder(AlignmentI al, boolean trim)
 865   {
 866     synchronized (sequences)
 867     {
 868       int sSize = sequences.size();
 869       int alHeight = al.getHeight();
 870
 871       SequenceI[] seqs = new SequenceI[(trim) ? sSize : alHeight];
 872
 873       int index = 0;
 874       for (int i = 0; i < alHeight && index < sSize; i++)
 875       {
 876         if (sequences.contains(al.getSequenceAt(i)))
 877         {
 878           seqs[(trim) ? index : i] = al.getSequenceAt(i);
 879           index++;
 880         }
 881       }
 882       if (index == 0)
 883       {
 884         return null;
 885       }
 886       if (!trim)
 887       {
 888         return seqs;
 889       }
 890       if (index < seqs.length)
 891       {
 892         SequenceI[] dummy = seqs;
 893         seqs = new SequenceI[index];
 894         while (--index >= 0)
 895         {
 896           seqs[index] = dummy[index];
 897           dummy[index] = null;
 898         }
 899       }
 900       return seqs;
 901     }
 902   }
 903
 904   /**
 905    * @return the idColour
 906    */
 907   public Color getIdColour()
 908   {
 909     return idColour;
 910   }
 911
 912   /**
 913    * @param idColour
 914    *          the idColour to set
 915    */
 916   public void setIdColour(Color idColour)
 917   {
 918     this.idColour = idColour;
 919   }
 920
 921   /**
 922    * @return the representative sequence for this group
 923    */
 924   @Override
 925   public SequenceI getSeqrep()
 926   {
 927     return seqrep;
 928   }
 929
 930   /**
 931    * set the representative sequence for this group. Note - this affects the
 932    * interpretation of the Hidereps attribute.
 933    *
 934    * @param seqrep
 935    *          the seqrep to set (null means no sequence representative)
 936    */
 937   @Override
 938   public void setSeqrep(SequenceI seqrep)
 939   {
 940     this.seqrep = seqrep;
 941   }
 942
 943   /**
 944    *
 945    * @return true if group has a sequence representative
 946    */
 947   @Override
 948   public boolean hasSeqrep()
 949   {
 950     return seqrep != null;
 951   }
 952
 953   /**
 954    * visibility of rows or represented rows covered by group
 955    */
 956   private boolean hidereps = false;
 957
 958   /**
 959    * set visibility of sequences covered by (if no sequence representative is
 960    * defined) or represented by this group.
 961    *
 962    * @param visibility
 963    */
 964   public void setHidereps(boolean visibility)
 965   {
 966     hidereps = visibility;
 967   }
 968
 969   /**
 970    *
 971    * @return true if sequences represented (or covered) by this group should be
 972    *         hidden
 973    */
 974   public boolean isHidereps()
 975   {
 976     return hidereps;
 977   }
 978
 979   /**
 980    * visibility of columns intersecting this group
 981    */
 982   private boolean hidecols = false;
 983
 984   /**
 985    * set intended visibility of columns covered by this group
 986    *
 987    * @param visibility
 988    */
 989   public void setHideCols(boolean visibility)
 990   {
 991     hidecols = visibility;
 992   }
 993
 994   /**
 995    *
 996    * @return true if columns covered by group should be hidden
 997    */
 998   public boolean isHideCols()
 999   {
1000     return hidecols;
1001   }
1002
1003   /**
1004    * create a new sequence group from the intersection of this group with an
1005    * alignment Hashtable of hidden representatives
1006    *
1007    * @param alignment
1008    *          (may not be null)
1009    * @param map
1010    *          (may be null)
1011    * @return new group containing sequences common to this group and alignment
1012    */
1013   public SequenceGroup intersect(AlignmentI alignment,
1014           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> map)
1015   {
1016     SequenceGroup sgroup = new SequenceGroup(this);
1017     SequenceI[] insect = getSequencesInOrder(alignment);
1018     sgroup.sequences = new ArrayList<SequenceI>();
1019     for (int s = 0; insect != null && s < insect.length; s++)
1020     {
1021       if (map == null || map.containsKey(insect[s]))
1022       {
1023         sgroup.sequences.add(insect[s]);
1024       }
1025     }
1026     return sgroup;
1027   }
1028
1029   /**
1030    * @return the showUnconserved
1031    */
1032   public boolean getShowNonconserved()
1033   {
1034     return showNonconserved;
1035   }
1036
1037   /**
1038    * @param showNonconserved
1039    *          the showUnconserved to set
1040    */
1041   public void setShowNonconserved(boolean displayNonconserved)
1042   {
1043     this.showNonconserved = displayNonconserved;
1044   }
1045
1046   AlignmentAnnotation consensus = null, conservation = null;
1047
1048   /**
1049    * flag indicating if consensus histogram should be rendered
1050    */
1051   private boolean showConsensusHistogram;
1052
1053   /**
1054    * set this alignmentAnnotation object as the one used to render consensus
1055    * annotation
1056    *
1057    * @param aan
1058    */
1059   public void setConsensus(AlignmentAnnotation aan)
1060   {
1061     if (consensus == null)
1062     {
1063       consensus = aan;
1064     }
1065   }
1066
1067   /**
1068    *
1069    * @return automatically calculated consensus row note: the row is a stub if a
1070    *         consensus calculation has not yet been performed on the group
1071    */
1072   public AlignmentAnnotation getConsensus()
1073   {
1074     // TODO get or calculate and get consensus annotation row for this group
1075     int aWidth = this.getWidth();
1076     // pointer
1077     // possibility
1078     // here.
1079     if (aWidth < 0)
1080     {
1081       return null;
1082     }
1083     if (consensus == null)
1084     {
1085       consensus = new AlignmentAnnotation("", "", new Annotation[1], 0f,
1086               100f, AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);
1087       consensus.hasText = true;
1088       consensus.autoCalculated = true;
1089       consensus.groupRef = this;
1090       consensus.label = "Consensus for " + getName();
1091       consensus.description = "Percent Identity";
1092     }
1093     return consensus;
1094   }
1095
1096   /**
1097    * set this alignmentAnnotation object as the one used to render consensus
1098    * annotation
1099    *
1100    * @param aan
1101    */
1102   public void setConservationRow(AlignmentAnnotation aan)
1103   {
1104     if (conservation == null)
1105     {
1106       conservation = aan;
1107     }
1108   }
1109
1110   /**
1111    * get the conservation annotation row for this group
1112    *
1113    * @return autoCalculated annotation row
1114    */
1115   public AlignmentAnnotation getConservationRow()
1116   {
1117     if (conservation == null)
1118     {
1119       conservation = new AlignmentAnnotation("", "", new Annotation[1], 0f,
1120               11f, AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);
1121     }
1122
1123     conservation.hasText = true;
1124     conservation.autoCalculated = true;
1125     conservation.groupRef = this;
1126     conservation.label = "Conservation for " + getName();
1127     conservation.description = "Conservation for group " + getName()
1128             + " less than " + consPercGaps + "% gaps";
1129     return conservation;
1130   }
1131
1132   /**
1133    *
1134    * @return true if annotation rows have been instantiated for this group
1135    */
1136   public boolean hasAnnotationRows()
1137   {
1138     return consensus != null || conservation != null;
1139   }
1140
1141   public SequenceI getConsensusSeq()
1142   {
1143     getConsensus();
1144     StringBuffer seqs = new StringBuffer();
1145     for (int i = 0; i < consensus.annotations.length; i++)
1146     {
1147       if (consensus.annotations[i] != null)
1148       {
1149         if (consensus.annotations[i].description.charAt(0) == '[')
1150         {
1151           seqs.append(consensus.annotations[i].description.charAt(1));
1152         }
1153         else
1154         {
1155           seqs.append(consensus.annotations[i].displayCharacter);
1156         }
1157       }
1158     }
1159
1160     SequenceI sq = new Sequence("Group" + getName() + " Consensus",
1161             seqs.toString());
1162     sq.setDescription("Percentage Identity Consensus "
1163             + ((ignoreGapsInConsensus) ? " without gaps" : ""));
1164     return sq;
1165   }
1166
1167   public void setIgnoreGapsConsensus(boolean state)
1168   {
1169     if (this.ignoreGapsInConsensus != state && consensus != null)
1170     {
1171       ignoreGapsInConsensus = state;
1172       recalcConservation();
1173     }
1174     ignoreGapsInConsensus = state;
1175   }
1176
1177   public boolean getIgnoreGapsConsensus()
1178   {
1179     return ignoreGapsInConsensus;
1180   }
1181
1182   /**
1183    * @param showSequenceLogo
1184    *          indicates if a sequence logo is shown for consensus annotation
1185    */
1186   public void setshowSequenceLogo(boolean showSequenceLogo)
1187   {
1188     // TODO: decouple calculation from settings update
1189     if (this.showSequenceLogo != showSequenceLogo && consensus != null)
1190     {
1191       this.showSequenceLogo = showSequenceLogo;
1192       recalcConservation();
1193     }
1194     this.showSequenceLogo = showSequenceLogo;
1195   }
1196
1197   /**
1198    *
1199    * @param showConsHist
1200    *          flag indicating if the consensus histogram for this group should
1201    *          be rendered
1202    */
1203   public void setShowConsensusHistogram(boolean showConsHist)
1204   {
1205
1206     if (showConsensusHistogram != showConsHist && consensus != null)
1207     {
1208       this.showConsensusHistogram = showConsHist;
1209       recalcConservation();
1210     }
1211     this.showConsensusHistogram = showConsHist;
1212   }
1213
1214   /**
1215    * @return the showConsensusHistogram
1216    */
1217   public boolean isShowConsensusHistogram()
1218   {
1219     return showConsensusHistogram;
1220   }
1221
1222   /**
1223    * set flag indicating if logo should be normalised when rendered
1224    *
1225    * @param norm
1226    */
1227   public void setNormaliseSequenceLogo(boolean norm)
1228   {
1229     normaliseSequenceLogo = norm;
1230   }
1231
1232   public boolean isNormaliseSequenceLogo()
1233   {
1234     return normaliseSequenceLogo;
1235   }
1236
1237   @Override
1238   /**
1239    * returns a new array with all annotation involving this group
1240    */
1241   public AlignmentAnnotation[] getAlignmentAnnotation()
1242   {
1243     // TODO add in other methods like 'getAlignmentAnnotation(String label),
1244     // etc'
1245     ArrayList<AlignmentAnnotation> annot = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
1246     synchronized (sequences)
1247     {
1248       for (SequenceI seq : sequences)
1249       {
1250         AlignmentAnnotation[] aa = seq.getAnnotation();
1251         if (aa != null)
1252         {
1253           for (AlignmentAnnotation al : aa)
1254           {
1255             if (al.groupRef == this)
1256             {
1257               annot.add(al);
1258             }
1259           }
1260         }
1261       }
1262       if (consensus != null)
1263       {
1264         annot.add(consensus);
1265       }
1266       if (conservation != null)
1267       {
1268         annot.add(conservation);
1269       }
1270     }
1271     return annot.toArray(new AlignmentAnnotation[0]);
1272   }
1273
1274   @Override
1275   public Iterable<AlignmentAnnotation> findAnnotation(String calcId)
1276   {
1277     List<AlignmentAnnotation> aa = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
1278     if (calcId == null)
1279     {
1280       return aa;
1281     }
1282     for (AlignmentAnnotation a : getAlignmentAnnotation())
1283     {
1284       if (calcId.equals(a.getCalcId()))
1285       {
1286         aa.add(a);
1287       }
1288     }
1289     return aa;
1290   }
1291
1292   /**
1293    * Returns a list of annotations that match the specified sequenceRef, calcId
1294    * and label, ignoring null values.
1295    *
1296    * @return list of AlignmentAnnotation objects
1297    */
1298   @Override
1299   public Iterable<AlignmentAnnotation> findAnnotations(SequenceI seq,
1300           String calcId, String label)
1301   {
1302     ArrayList<AlignmentAnnotation> aa = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
1303     for (AlignmentAnnotation ann : getAlignmentAnnotation())
1304     {
1305       if (ann.getCalcId() != null && ann.getCalcId().equals(calcId)
1306               && ann.sequenceRef != null && ann.sequenceRef == seq
1307               && ann.label != null && ann.label.equals(label))
1308       {
1309         aa.add(ann);
1310       }
1311     }
1312     return aa;
1313   }
1314
1315   /**
1316    * Answer true if any annotation matches the calcId passed in (if not null).
1317    *
1318    * @param calcId
1319    * @return
1320    */
1321   public boolean hasAnnotation(String calcId)
1322   {
1323     if (calcId != null && !"".equals(calcId))
1324     {
1325       for (AlignmentAnnotation a : getAlignmentAnnotation())
1326       {
1327         if (a.getCalcId() == calcId)
1328         {
1329           return true;
1330         }
1331       }
1332     }
1333     return false;
1334   }
1335
1336   /**
1337    * Remove all sequences from the group (leaving other properties unchanged).
1338    */
1339   public void clear()
1340   {
1341     synchronized (sequences)
1342     {
1343       sequences.clear();
1344     }
1345   }
1346
1347   private AnnotatedCollectionI context;
1348
1349   /**
1350    * set the alignment or group context for this group
1351    *
1352    * @param context
1353    */
1354   public void setContext(AnnotatedCollectionI context)
1355   {
1356     this.context = context;
1357   }
1358
1359   /*
1360    * (non-Javadoc)
1361    *
1362    * @see jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI#getContext()
1363    */
1364   @Override
1365   public AnnotatedCollectionI getContext()
1366   {
1367     return context;
1368   }
1369
1370   public void setColourScheme(ColourSchemeI scheme)
1371   {
1372     cs.setColourScheme(scheme);
1373   }
1374
1375   public void setGroupColourScheme(CollectionColourSchemeI scheme)
1376   {
1377     cs = scheme;
1378   }
1379
1380   public ColourSchemeI getColourScheme()
1381   {
1382     return cs == null ? null : cs.getColourScheme();
1383   }
1384
1385   public CollectionColourSchemeI getGroupColourScheme()
1386   {
1387     return cs;
1388   }
1389 }