src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.Conservation;
  25 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  26 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  27
  28 import java.awt.Color;
  29 import java.util.ArrayList;
  30 import java.util.Hashtable;
  31 import java.util.List;
  32 import java.util.Map;
  33 import java.util.Vector;
  34
  35 /**
  36  * Collects a set contiguous ranges on a set of sequences
  37  *
  38  * @author $author$
  39  * @version $Revision$
  40  */
  41 public class SequenceGroup implements AnnotatedCollectionI
  42 {
  43   String groupName;
  44
  45   String description;
  46
  47   Conservation conserve;
  48
  49   Vector aaFrequency;
  50
  51   boolean displayBoxes = true;
  52
  53   boolean displayText = true;
  54
  55   boolean colourText = false;
  56
  57   /**
  58    * after Olivier's non-conserved only character display
  59    */
  60   boolean showNonconserved = false;
  61
  62   /**
  63    * group members
  64    */
  65   private List<SequenceI> sequences = new ArrayList<SequenceI>();
  66
  67   /**
  68    * representative sequence for this group (if any)
  69    */
  70   private SequenceI seqrep = null;
  71
  72   int width = -1;
  73
  74   /**
  75    * Colourscheme applied to group if any
  76    */
  77   public ColourSchemeI cs;
  78
  79   // start column (base 0)
  80   int startRes = 0;
  81
  82   // end column (base 0)
  83   int endRes = 0;
  84
  85   public Color outlineColour = Color.black;
  86
  87   public Color idColour = null;
  88
  89   public int thresholdTextColour = 0;
  90
  91   public Color textColour = Color.black;
  92
  93   public Color textColour2 = Color.white;
  94
  95   /**
  96    * consensus calculation property
  97    */
  98   private boolean ignoreGapsInConsensus = true;
  99
 100   /**
 101    * consensus calculation property
 102    */
 103   private boolean showSequenceLogo = false;
 104
 105   /**
 106    * flag indicating if logo should be rendered normalised
 107    */
 108   private boolean normaliseSequenceLogo;
 109
 110   /**
 111    * @return the includeAllConsSymbols
 112    */
 113   public boolean isShowSequenceLogo()
 114   {
 115     return showSequenceLogo;
 116   }
 117
 118   /**
 119    * Creates a new SequenceGroup object.
 120    */
 121   public SequenceGroup()
 122   {
 123     groupName = "JGroup:" + this.hashCode();
 124   }
 125
 126   /**
 127    * Creates a new SequenceGroup object.
 128    *
 129    * @param sequences
 130    * @param groupName
 131    * @param scheme
 132    * @param displayBoxes
 133    * @param displayText
 134    * @param colourText
 135    * @param start
 136    *          first column of group
 137    * @param end
 138    *          last column of group
 139    */
 140   public SequenceGroup(List<SequenceI> sequences, String groupName,
 141           ColourSchemeI scheme, boolean displayBoxes, boolean displayText,
 142           boolean colourText, int start, int end)
 143   {
 144     this.sequences = sequences;
 145     this.groupName = groupName;
 146     this.displayBoxes = displayBoxes;
 147     this.displayText = displayText;
 148     this.colourText = colourText;
 149     this.cs = scheme;
 150     startRes = start;
 151     endRes = end;
 152     recalcConservation();
 153   }
 154
 155   /**
 156    * copy constructor
 157    *
 158    * @param seqsel
 159    */
 160   public SequenceGroup(SequenceGroup seqsel)
 161   {
 162     if (seqsel != null)
 163     {
 164       sequences = new ArrayList<SequenceI>();
 165       sequences.addAll(seqsel.sequences);
 166       if (seqsel.groupName != null)
 167       {
 168         groupName = new String(seqsel.groupName);
 169       }
 170       displayBoxes = seqsel.displayBoxes;
 171       displayText = seqsel.displayText;
 172       colourText = seqsel.colourText;
 173       startRes = seqsel.startRes;
 174       endRes = seqsel.endRes;
 175       cs = seqsel.cs;
 176       if (seqsel.description != null)
 177       {
 178         description = new String(seqsel.description);
 179       }
 180       hidecols = seqsel.hidecols;
 181       hidereps = seqsel.hidereps;
 182       idColour = seqsel.idColour;
 183       outlineColour = seqsel.outlineColour;
 184       seqrep = seqsel.seqrep;
 185       textColour = seqsel.textColour;
 186       textColour2 = seqsel.textColour2;
 187       thresholdTextColour = seqsel.thresholdTextColour;
 188       width = seqsel.width;
 189       ignoreGapsInConsensus = seqsel.ignoreGapsInConsensus;
 190       if (seqsel.conserve != null)
 191       {
 192         recalcConservation(); // safer than
 193         // aaFrequency = (Vector) seqsel.aaFrequency.clone(); // ??
 194       }
 195     }
 196   }
 197
 198   public SequenceI[] getSelectionAsNewSequences(AlignmentI align)
 199   {
 200     int iSize = sequences.size();
 201     SequenceI[] seqs = new SequenceI[iSize];
 202     SequenceI[] inorder = getSequencesInOrder(align);
 203
 204     for (int i = 0, ipos = 0; i < inorder.length; i++)
 205     {
 206       SequenceI seq = inorder[i];
 207
 208       seqs[ipos] = seq.getSubSequence(startRes, endRes + 1);
 209       if (seqs[ipos] != null)
 210       {
 211         seqs[ipos].setDescription(seq.getDescription());
 212         seqs[ipos].setDBRef(seq.getDBRef());
 213         seqs[ipos].setSequenceFeatures(seq.getSequenceFeatures());
 214         if (seq.getDatasetSequence() != null)
 215         {
 216           seqs[ipos].setDatasetSequence(seq.getDatasetSequence());
 217         }
 218
 219         if (seq.getAnnotation() != null)
 220         {
 221           AlignmentAnnotation[] alann = align.getAlignmentAnnotation();
 222           // Only copy annotation that is either a score or referenced by the
 223           // alignment's annotation vector
 224           for (int a = 0; a < seq.getAnnotation().length; a++)
 225           {
 226             AlignmentAnnotation tocopy = seq.getAnnotation()[a];
 227             if (alann != null)
 228             {
 229               boolean found = false;
 230               for (int pos = 0; pos < alann.length; pos++)
 231               {
 232                 if (alann[pos] == tocopy)
 233                 {
 234                   found = true;
 235                   break;
 236                 }
 237               }
 238               if (!found)
 239               {
 240                 continue;
 241               }
 242             }
 243             AlignmentAnnotation newannot = new AlignmentAnnotation(
 244                     seq.getAnnotation()[a]);
 245             newannot.restrict(startRes, endRes);
 246             newannot.setSequenceRef(seqs[ipos]);
 247             newannot.adjustForAlignment();
 248             seqs[ipos].addAlignmentAnnotation(newannot);
 249           }
 250         }
 251         ipos++;
 252       }
 253       else
 254       {
 255         iSize--;
 256       }
 257     }
 258     if (iSize != inorder.length)
 259     {
 260       SequenceI[] nseqs = new SequenceI[iSize];
 261       System.arraycopy(seqs, 0, nseqs, 0, iSize);
 262       seqs = nseqs;
 263     }
 264     return seqs;
 265
 266   }
 267
 268   /**
 269    * If sequence ends in gaps, the end residue can be correctly calculated here
 270    *
 271    * @param seq
 272    *          SequenceI
 273    * @return int
 274    */
 275   public int findEndRes(SequenceI seq)
 276   {
 277     int eres = 0;
 278     char ch;
 279
 280     for (int j = 0; j < endRes + 1 && j < seq.getLength(); j++)
 281     {
 282       ch = seq.getCharAt(j);
 283       if (!jalview.util.Comparison.isGap((ch)))
 284       {
 285         eres++;
 286       }
 287     }
 288
 289     if (eres > 0)
 290     {
 291       eres += seq.getStart() - 1;
 292     }
 293
 294     return eres;
 295   }
 296
 297   @Override
 298   public List<SequenceI> getSequences()
 299   {
 300     return sequences;
 301   }
 302
 303   @Override
 304   public List<SequenceI> getSequences(
 305           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenReps)
 306   {
 307     if (hiddenReps == null)
 308     {
 309       // TODO: need a synchronizedCollection here ?
 310       return sequences;
 311     }
 312     else
 313     {
 314       List<SequenceI> allSequences = new ArrayList<SequenceI>();
 315       for (SequenceI seq : sequences)
 316       {
 317         allSequences.add(seq);
 318         if (hiddenReps.containsKey(seq))
 319         {
 320           SequenceCollectionI hsg = hiddenReps.get(seq);
 321           for (SequenceI seq2 : hsg.getSequences())
 322           {
 323             if (seq2 != seq && !allSequences.contains(seq2))
 324             {
 325               allSequences.add(seq2);
 326             }
 327           }
 328         }
 329       }
 330
 331       return allSequences;
 332     }
 333   }
 334
 335   public SequenceI[] getSequencesAsArray(
 336           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> map)
 337   {
 338     List<SequenceI> tmp = getSequences(map);
 339     if (tmp == null)
 340     {
 341       return null;
 342     }
 343     return tmp.toArray(new SequenceI[tmp.size()]);
 344   }
 345
 346   /**
 347    * DOCUMENT ME!
 348    *
 349    * @param col
 350    *          DOCUMENT ME!
 351    *
 352    * @return DOCUMENT ME!
 353    */
 354   public boolean adjustForRemoveLeft(int col)
 355   {
 356     // return value is true if the group still exists
 357     if (startRes >= col)
 358     {
 359       startRes = startRes - col;
 360     }
 361
 362     if (endRes >= col)
 363     {
 364       endRes = endRes - col;
 365
 366       if (startRes > endRes)
 367       {
 368         startRes = 0;
 369       }
 370     }
 371     else
 372     {
 373       // must delete this group!!
 374       return false;
 375     }
 376
 377     return true;
 378   }
 379
 380   /**
 381    * DOCUMENT ME!
 382    *
 383    * @param col
 384    *          DOCUMENT ME!
 385    *
 386    * @return DOCUMENT ME!
 387    */
 388   public boolean adjustForRemoveRight(int col)
 389   {
 390     if (startRes > col)
 391     {
 392       // delete this group
 393       return false;
 394     }
 395
 396     if (endRes >= col)
 397     {
 398       endRes = col;
 399     }
 400
 401     return true;
 402   }
 403
 404   /**
 405    * DOCUMENT ME!
 406    *
 407    * @return DOCUMENT ME!
 408    */
 409   public String getName()
 410   {
 411     return groupName;
 412   }
 413
 414   public String getDescription()
 415   {
 416     return description;
 417   }
 418
 419   /**
 420    * DOCUMENT ME!
 421    *
 422    * @param name
 423    *          DOCUMENT ME!
 424    */
 425   public void setName(String name)
 426   {
 427     groupName = name;
 428     // TODO: URGENT: update dependent objects (annotation row)
 429   }
 430
 431   public void setDescription(String desc)
 432   {
 433     description = desc;
 434   }
 435
 436   /**
 437    * DOCUMENT ME!
 438    *
 439    * @return DOCUMENT ME!
 440    */
 441   public Conservation getConservation()
 442   {
 443     return conserve;
 444   }
 445
 446   /**
 447    * DOCUMENT ME!
 448    *
 449    * @param c
 450    *          DOCUMENT ME!
 451    */
 452   public void setConservation(Conservation c)
 453   {
 454     conserve = c;
 455   }
 456
 457   /**
 458    * Add s to this sequence group. If aligment sequence is already contained in
 459    * group, it will not be added again, but recalculation may happen if the flag
 460    * is set.
 461    *
 462    * @param s
 463    *          alignment sequence to be added
 464    * @param recalc
 465    *          true means Group's conservation should be recalculated
 466    */
 467   public void addSequence(SequenceI s, boolean recalc)
 468   {
 469     synchronized (sequences)
 470     {
 471       if (s != null && !sequences.contains(s))
 472       {
 473         sequences.add(s);
 474       }
 475
 476       if (recalc)
 477       {
 478         recalcConservation();
 479       }
 480     }
 481   }
 482
 483   /**
 484    * Max Gaps Threshold (percent) for performing a conservation calculation
 485    */
 486   private int consPercGaps = 25;
 487
 488   /**
 489    * @return Max Gaps Threshold for performing a conservation calculation
 490    */
 491   public int getConsPercGaps()
 492   {
 493     return consPercGaps;
 494   }
 495
 496   /**
 497    * set Max Gaps Threshold (percent) for performing a conservation calculation
 498    *
 499    * @param consPercGaps
 500    */
 501   public void setConsPercGaps(int consPercGaps)
 502   {
 503     this.consPercGaps = consPercGaps;
 504   }
 505
 506   /**
 507    * calculate residue conservation for group - but only if necessary.
 508    */
 509   public void recalcConservation()
 510   {
 511     if (cs == null && consensus == null && conservation == null)
 512     {
 513       return;
 514     }
 515     try
 516     {
 517       Hashtable cnsns[] = AAFrequency.calculate(sequences, startRes,
 518               endRes + 1, showSequenceLogo);
 519       if (consensus != null)
 520       {
 521         _updateConsensusRow(cnsns, sequences.size());
 522       }
 523       if (cs != null)
 524       {
 525         cs.setConsensus(cnsns);
 526       }
 527
 528       if ((conservation != null)
 529               || (cs != null && cs.conservationApplied()))
 530       {
 531         Conservation c = new Conservation(groupName,
 532                 ResidueProperties.propHash, 3, sequences, startRes,
 533                 endRes + 1);
 534         c.calculate();
 535         c.verdict(false, consPercGaps);
 536         if (conservation != null)
 537         {
 538           _updateConservationRow(c);
 539         }
 540         if (cs != null)
 541         {
 542           if (cs.conservationApplied())
 543           {
 544             cs.setConservation(c);
 545           }
 546         }
 547       }
 548       if (cs != null)
 549       {
 550         cs.alignmentChanged(context != null ? context : this, null);
 551       }
 552     } catch (java.lang.OutOfMemoryError err)
 553     {
 554       // TODO: catch OOM
 555       System.out.println("Out of memory loading groups: " + err);
 556     }
 557
 558   }
 559
 560   private void _updateConservationRow(Conservation c)
 561   {
 562     if (conservation == null)
 563     {
 564       getConservation();
 565     }
 566     // update Labels
 567     conservation.label = "Conservation for " + getName();
 568     conservation.description = "Conservation for group " + getName()
 569             + " less than " + consPercGaps + "% gaps";
 570     // preserve width if already set
 571     int aWidth = (conservation.annotations != null) ? (endRes < conservation.annotations.length ? conservation.annotations.length
 572             : endRes + 1)
 573             : endRes + 1;
 574     conservation.annotations = null;
 575     conservation.annotations = new Annotation[aWidth]; // should be alignment
 576                                                        // width
 577     c.completeAnnotations(conservation, null, startRes, endRes + 1);
 578   }
 579
 580   public Hashtable[] consensusData = null;
 581
 582   private void _updateConsensusRow(Hashtable[] cnsns, long nseq)
 583   {
 584     if (consensus == null)
 585     {
 586       getConsensus();
 587     }
 588     consensus.label = "Consensus for " + getName();
 589     consensus.description = "Percent Identity";
 590     consensusData = cnsns;
 591     // preserve width if already set
 592     int aWidth = (consensus.annotations != null) ? (endRes < consensus.annotations.length ? consensus.annotations.length
 593             : endRes + 1)
 594             : endRes + 1;
 595     consensus.annotations = null;
 596     consensus.annotations = new Annotation[aWidth]; // should be alignment width
 597
 598     AAFrequency.completeConsensus(consensus, cnsns, startRes, endRes + 1,
 599             ignoreGapsInConsensus, showSequenceLogo, nseq); // TODO: setting
 600                                                             // container
 601     // for
 602     // ignoreGapsInConsensusCalculation);
 603   }
 604
 605   /**
 606    * @param s
 607    *          sequence to either add or remove from group
 608    * @param recalc
 609    *          flag passed to delete/addSequence to indicate if group properties
 610    *          should be recalculated
 611    */
 612   public void addOrRemove(SequenceI s, boolean recalc)
 613   {
 614     synchronized (sequences)
 615     {
 616       if (sequences.contains(s))
 617       {
 618         deleteSequence(s, recalc);
 619       }
 620       else
 621       {
 622         addSequence(s, recalc);
 623       }
 624     }
 625   }
 626
 627   /**
 628    * remove
 629    *
 630    * @param s
 631    *          to be removed
 632    * @param recalc
 633    *          true means recalculate conservation
 634    */
 635   public void deleteSequence(SequenceI s, boolean recalc)
 636   {
 637     synchronized (sequences)
 638     {
 639       sequences.remove(s);
 640
 641       if (recalc)
 642       {
 643         recalcConservation();
 644       }
 645     }
 646   }
 647
 648   /**
 649    *
 650    *
 651    * @return the first column selected by this group. Runs from 0<=i<N_cols
 652    */
 653   @Override
 654   public int getStartRes()
 655   {
 656     return startRes;
 657   }
 658
 659   /**
 660    *
 661    * @return the groups last selected column. Runs from 0<=i<N_cols
 662    */
 663   @Override
 664   public int getEndRes()
 665   {
 666     return endRes;
 667   }
 668
 669   /**
 670    * Set the first column selected by this group. Runs from 0<=i<N_cols
 671    *
 672    * @param i
 673    */
 674   public void setStartRes(int i)
 675   {
 676     startRes = i;
 677   }
 678
 679   /**
 680    * Set the groups last selected column. Runs from 0<=i<N_cols
 681    *
 682    * @param i
 683    */
 684   public void setEndRes(int i)
 685   {
 686     endRes = i;
 687   }
 688
 689   /**
 690    * @return number of sequences in group
 691    */
 692   public int getSize()
 693   {
 694     return sequences.size();
 695   }
 696
 697   /**
 698    * @param i
 699    * @return the ith sequence
 700    */
 701   public SequenceI getSequenceAt(int i)
 702   {
 703     return sequences.get(i);
 704   }
 705
 706   /**
 707    * @param state
 708    *          colourText
 709    */
 710   public void setColourText(boolean state)
 711   {
 712     colourText = state;
 713   }
 714
 715   /**
 716    * DOCUMENT ME!
 717    *
 718    * @return DOCUMENT ME!
 719    */
 720   public boolean getColourText()
 721   {
 722     return colourText;
 723   }
 724
 725   /**
 726    * DOCUMENT ME!
 727    *
 728    * @param state
 729    *          DOCUMENT ME!
 730    */
 731   public void setDisplayText(boolean state)
 732   {
 733     displayText = state;
 734   }
 735
 736   /**
 737    * DOCUMENT ME!
 738    *
 739    * @return DOCUMENT ME!
 740    */
 741   public boolean getDisplayText()
 742   {
 743     return displayText;
 744   }
 745
 746   /**
 747    * DOCUMENT ME!
 748    *
 749    * @param state
 750    *          DOCUMENT ME!
 751    */
 752   public void setDisplayBoxes(boolean state)
 753   {
 754     displayBoxes = state;
 755   }
 756
 757   /**
 758    * DOCUMENT ME!
 759    *
 760    * @return DOCUMENT ME!
 761    */
 762   public boolean getDisplayBoxes()
 763   {
 764     return displayBoxes;
 765   }
 766
 767   /**
 768    * computes the width of current set of sequences and returns it
 769    *
 770    * @return DOCUMENT ME!
 771    */
 772   @Override
 773   public int getWidth()
 774   {
 775     synchronized (sequences)
 776     {
 777       // MC This needs to get reset when characters are inserted and deleted
 778       boolean first = true;
 779       for (SequenceI seq : sequences)
 780       {
 781         if (first || seq.getLength() > width)
 782         {
 783           width = seq.getLength();
 784           first = false;
 785         }
 786       }
 787       return width;
 788     }
 789   }
 790
 791   /**
 792    * DOCUMENT ME!
 793    *
 794    * @param c
 795    *          DOCUMENT ME!
 796    */
 797   public void setOutlineColour(Color c)
 798   {
 799     outlineColour = c;
 800   }
 801
 802   /**
 803    * DOCUMENT ME!
 804    *
 805    * @return DOCUMENT ME!
 806    */
 807   public Color getOutlineColour()
 808   {
 809     return outlineColour;
 810   }
 811
 812   /**
 813    *
 814    * returns the sequences in the group ordered by the ordering given by al.
 815    * this used to return an array with null entries regardless, new behaviour is
 816    * below. TODO: verify that this does not affect use in applet or application
 817    *
 818    * @param al
 819    *          Alignment
 820    * @return SequenceI[] intersection of sequences in group with al, ordered by
 821    *         al, or null if group does not intersect with al
 822    */
 823   public SequenceI[] getSequencesInOrder(AlignmentI al)
 824   {
 825     return getSequencesInOrder(al, true);
 826   }
 827
 828   /**
 829    * return an array representing the intersection of the group with al,
 830    * optionally returning an array the size of al.getHeight() where nulls mark
 831    * the non-intersected sequences
 832    *
 833    * @param al
 834    * @param trim
 835    * @return null or array
 836    */
 837   public SequenceI[] getSequencesInOrder(AlignmentI al, boolean trim)
 838   {
 839     synchronized (sequences)
 840     {
 841       int sSize = sequences.size();
 842       int alHeight = al.getHeight();
 843
 844       SequenceI[] seqs = new SequenceI[(trim) ? sSize : alHeight];
 845
 846       int index = 0;
 847       for (int i = 0; i < alHeight && index < sSize; i++)
 848       {
 849         if (sequences.contains(al.getSequenceAt(i)))
 850         {
 851           seqs[(trim) ? index : i] = al.getSequenceAt(i);
 852           index++;
 853         }
 854       }
 855       if (index == 0)
 856       {
 857         return null;
 858       }
 859       if (!trim)
 860       {
 861         return seqs;
 862       }
 863       if (index < seqs.length)
 864       {
 865         SequenceI[] dummy = seqs;
 866         seqs = new SequenceI[index];
 867         while (--index >= 0)
 868         {
 869           seqs[index] = dummy[index];
 870           dummy[index] = null;
 871         }
 872       }
 873       return seqs;
 874     }
 875   }
 876
 877   /**
 878    * @return the idColour
 879    */
 880   public Color getIdColour()
 881   {
 882     return idColour;
 883   }
 884
 885   /**
 886    * @param idColour
 887    *          the idColour to set
 888    */
 889   public void setIdColour(Color idColour)
 890   {
 891     this.idColour = idColour;
 892   }
 893
 894   /**
 895    * @return the representative sequence for this group
 896    */
 897   public SequenceI getSeqrep()
 898   {
 899     return seqrep;
 900   }
 901
 902   /**
 903    * set the representative sequence for this group. Note - this affects the
 904    * interpretation of the Hidereps attribute.
 905    *
 906    * @param seqrep
 907    *          the seqrep to set (null means no sequence representative)
 908    */
 909   public void setSeqrep(SequenceI seqrep)
 910   {
 911     this.seqrep = seqrep;
 912   }
 913
 914   /**
 915    *
 916    * @return true if group has a sequence representative
 917    */
 918   public boolean hasSeqrep()
 919   {
 920     return seqrep != null;
 921   }
 922
 923   /**
 924    * visibility of rows or represented rows covered by group
 925    */
 926   private boolean hidereps = false;
 927
 928   /**
 929    * set visibility of sequences covered by (if no sequence representative is
 930    * defined) or represented by this group.
 931    *
 932    * @param visibility
 933    */
 934   public void setHidereps(boolean visibility)
 935   {
 936     hidereps = visibility;
 937   }
 938
 939   /**
 940    *
 941    * @return true if sequences represented (or covered) by this group should be
 942    *         hidden
 943    */
 944   public boolean isHidereps()
 945   {
 946     return hidereps;
 947   }
 948
 949   /**
 950    * visibility of columns intersecting this group
 951    */
 952   private boolean hidecols = false;
 953
 954   /**
 955    * set intended visibility of columns covered by this group
 956    *
 957    * @param visibility
 958    */
 959   public void setHideCols(boolean visibility)
 960   {
 961     hidecols = visibility;
 962   }
 963
 964   /**
 965    *
 966    * @return true if columns covered by group should be hidden
 967    */
 968   public boolean isHideCols()
 969   {
 970     return hidecols;
 971   }
 972
 973   /**
 974    * create a new sequence group from the intersection of this group with an
 975    * alignment Hashtable of hidden representatives
 976    *
 977    * @param alignment
 978    *          (may not be null)
 979    * @param map
 980    *          (may be null)
 981    * @return new group containing sequences common to this group and alignment
 982    */
 983   public SequenceGroup intersect(AlignmentI alignment,
 984           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> map)
 985   {
 986     SequenceGroup sgroup = new SequenceGroup(this);
 987     SequenceI[] insect = getSequencesInOrder(alignment);
 988     sgroup.sequences = new ArrayList<SequenceI>();
 989     for (int s = 0; insect != null && s < insect.length; s++)
 990     {
 991       if (map == null || map.containsKey(insect[s]))
 992       {
 993         sgroup.sequences.add(insect[s]);
 994       }
 995     }
 996     return sgroup;
 997   }
 998
 999   /**
1000    * @return the showUnconserved
1001    */
1002   public boolean getShowNonconserved()
1003   {
1004     return showNonconserved;
1005   }
1006
1007   /**
1008    * @param showNonconserved
1009    *          the showUnconserved to set
1010    */
1011   public void setShowNonconserved(boolean displayNonconserved)
1012   {
1013     this.showNonconserved = displayNonconserved;
1014   }
1015
1016   AlignmentAnnotation consensus = null, conservation = null;
1017
1018   /**
1019    * flag indicating if consensus histogram should be rendered
1020    */
1021   private boolean showConsensusHistogram;
1022
1023   /**
1024    * set this alignmentAnnotation object as the one used to render consensus
1025    * annotation
1026    *
1027    * @param aan
1028    */
1029   public void setConsensus(AlignmentAnnotation aan)
1030   {
1031     if (consensus == null)
1032     {
1033       consensus = aan;
1034     }
1035   }
1036
1037   /**
1038    *
1039    * @return automatically calculated consensus row
1040    */
1041   public AlignmentAnnotation getConsensus()
1042   {
1043     // TODO get or calculate and get consensus annotation row for this group
1044     int aWidth = this.getWidth();
1045     // pointer
1046     // possibility
1047     // here.
1048     if (aWidth < 0)
1049     {
1050       return null;
1051     }
1052     if (consensus == null)
1053     {
1054       consensus = new AlignmentAnnotation("", "", new Annotation[1], 0f,
1055               100f, AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);
1056       consensus.hasText = true;
1057       consensus.autoCalculated = true;
1058       consensus.groupRef = this;
1059       consensus.label = "Consensus for " + getName();
1060       consensus.description = "Percent Identity";
1061     }
1062     return consensus;
1063   }
1064
1065   /**
1066    * set this alignmentAnnotation object as the one used to render consensus
1067    * annotation
1068    *
1069    * @param aan
1070    */
1071   public void setConservationRow(AlignmentAnnotation aan)
1072   {
1073     if (conservation == null)
1074     {
1075       conservation = aan;
1076     }
1077   }
1078
1079   /**
1080    * get the conservation annotation row for this group
1081    *
1082    * @return autoCalculated annotation row
1083    */
1084   public AlignmentAnnotation getConservationRow()
1085   {
1086     if (conservation == null)
1087     {
1088       conservation = new AlignmentAnnotation("", "", new Annotation[1], 0f,
1089               11f, AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);
1090     }
1091
1092     conservation.hasText = true;
1093     conservation.autoCalculated = true;
1094     conservation.groupRef = this;
1095     conservation.label = "Conservation for " + getName();
1096     conservation.description = "Conservation for group " + getName()
1097             + " less than " + consPercGaps + "% gaps";
1098     return conservation;
1099   }
1100
1101   /**
1102    *
1103    * @return true if annotation rows have been instantiated for this group
1104    */
1105   public boolean hasAnnotationRows()
1106   {
1107     return consensus != null || conservation != null;
1108   }
1109
1110   public SequenceI getConsensusSeq()
1111   {
1112     getConsensus();
1113     StringBuffer seqs = new StringBuffer();
1114     for (int i = 0; i < consensus.annotations.length; i++)
1115     {
1116       if (consensus.annotations[i] != null)
1117       {
1118         if (consensus.annotations[i].description.charAt(0) == '[')
1119         {
1120           seqs.append(consensus.annotations[i].description.charAt(1));
1121         }
1122         else
1123         {
1124           seqs.append(consensus.annotations[i].displayCharacter);
1125         }
1126       }
1127     }
1128
1129     SequenceI sq = new Sequence("Group" + getName() + " Consensus",
1130             seqs.toString());
1131     sq.setDescription("Percentage Identity Consensus "
1132             + ((ignoreGapsInConsensus) ? " without gaps" : ""));
1133     return sq;
1134   }
1135
1136   public void setIgnoreGapsConsensus(boolean state)
1137   {
1138     if (this.ignoreGapsInConsensus != state && consensus != null)
1139     {
1140       ignoreGapsInConsensus = state;
1141       recalcConservation();
1142     }
1143     ignoreGapsInConsensus = state;
1144   }
1145
1146   public boolean getIgnoreGapsConsensus()
1147   {
1148     return ignoreGapsInConsensus;
1149   }
1150
1151   /**
1152    * @param showSequenceLogo
1153    *          indicates if a sequence logo is shown for consensus annotation
1154    */
1155   public void setshowSequenceLogo(boolean showSequenceLogo)
1156   {
1157     // TODO: decouple calculation from settings update
1158     if (this.showSequenceLogo != showSequenceLogo && consensus != null)
1159     {
1160       this.showSequenceLogo = showSequenceLogo;
1161       recalcConservation();
1162     }
1163     this.showSequenceLogo = showSequenceLogo;
1164   }
1165
1166   /**
1167    *
1168    * @param showConsHist
1169    *          flag indicating if the consensus histogram for this group should
1170    *          be rendered
1171    */
1172   public void setShowConsensusHistogram(boolean showConsHist)
1173   {
1174
1175     if (showConsensusHistogram != showConsHist && consensus != null)
1176     {
1177       this.showConsensusHistogram = showConsHist;
1178       recalcConservation();
1179     }
1180     this.showConsensusHistogram = showConsHist;
1181   }
1182
1183   /**
1184    * @return the showConsensusHistogram
1185    */
1186   public boolean isShowConsensusHistogram()
1187   {
1188     return showConsensusHistogram;
1189   }
1190
1191   /**
1192    * set flag indicating if logo should be normalised when rendered
1193    *
1194    * @param norm
1195    */
1196   public void setNormaliseSequenceLogo(boolean norm)
1197   {
1198     normaliseSequenceLogo = norm;
1199   }
1200
1201   public boolean isNormaliseSequenceLogo()
1202   {
1203     return normaliseSequenceLogo;
1204   }
1205
1206   @Override
1207   /**
1208    * returns a new array with all annotation involving this group
1209    */
1210   public AlignmentAnnotation[] getAlignmentAnnotation()
1211   {
1212     // TODO add in other methods like 'getAlignmentAnnotation(String label),
1213     // etc'
1214     ArrayList<AlignmentAnnotation> annot = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
1215     synchronized (sequences)
1216     {
1217       for (SequenceI seq : sequences)
1218       {
1219         AlignmentAnnotation[] aa = seq.getAnnotation();
1220         if (aa != null)
1221         {
1222           for (AlignmentAnnotation al : aa)
1223           {
1224             if (al.groupRef == this)
1225             {
1226               annot.add(al);
1227             }
1228           }
1229         }
1230       }
1231       if (consensus != null)
1232       {
1233         annot.add(consensus);
1234       }
1235       if (conservation != null)
1236       {
1237         annot.add(conservation);
1238       }
1239     }
1240     return annot.toArray(new AlignmentAnnotation[0]);
1241   }
1242
1243   @Override
1244   public Iterable<AlignmentAnnotation> findAnnotation(String calcId)
1245   {
1246     ArrayList<AlignmentAnnotation> aa = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
1247     for (AlignmentAnnotation a : getAlignmentAnnotation())
1248     {
1249       if (a.getCalcId() == calcId)
1250       {
1251         aa.add(a);
1252       }
1253     }
1254     return aa;
1255   }
1256
1257   /**
1258    * Returns a list of annotations that match the specified sequenceRef, calcId
1259    * and label, ignoring null values.
1260    *
1261    * @return list of AlignmentAnnotation objects
1262    */
1263   @Override
1264   public Iterable<AlignmentAnnotation> findAnnotations(SequenceI seq,
1265           String calcId, String label)
1266   {
1267     ArrayList<AlignmentAnnotation> aa = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
1268     for (AlignmentAnnotation ann : getAlignmentAnnotation())
1269     {
1270       if (ann.getCalcId() != null && ann.getCalcId().equals(calcId)
1271               && ann.sequenceRef != null && ann.sequenceRef == seq
1272               && ann.label != null && ann.label.equals(label))
1273       {
1274         aa.add(ann);
1275       }
1276     }
1277     return aa;
1278   }
1279
1280   /**
1281    * Answer true if any annotation matches the calcId passed in (if not null).
1282    *
1283    * @param calcId
1284    * @return
1285    */
1286   public boolean hasAnnotation(String calcId)
1287   {
1288     if (calcId != null && !"".equals(calcId))
1289     {
1290       for (AlignmentAnnotation a : getAlignmentAnnotation())
1291       {
1292         if (a.getCalcId() == calcId)
1293         {
1294           return true;
1295         }
1296       }
1297     }
1298     return false;
1299   }
1300
1301   /**
1302    * Remove all sequences from the group (leaving other properties unchanged).
1303    */
1304   public void clear()
1305   {
1306     synchronized (sequences)
1307     {
1308       sequences.clear();
1309     }
1310   }
1311
1312   private AnnotatedCollectionI context;
1313
1314   /**
1315    * set the alignment or group context for this group
1316    *
1317    * @param context
1318    */
1319   public void setContext(AnnotatedCollectionI context)
1320   {
1321     this.context = context;
1322   }
1323
1324   /*
1325    * (non-Javadoc)
1326    *
1327    * @see jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI#getContext()
1328    */
1329   @Override
1330   public AnnotatedCollectionI getContext()
1331   {
1332     return context;
1333   }
1334 }