src/jalview/datamodel/SequenceI.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import jalview.datamodel.features.SequenceFeaturesI;
  24 import jalview.util.MapList;
  25
  26 import java.util.BitSet;
  27 import java.util.List;
  28 import java.util.Vector;
  29
  30 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  31
  32 /**
  33  * Methods for manipulating a sequence, its metadata and related annotation in
  34  * an alignment or dataset.
  35  *
  36  * @author $author$
  37  * @version $Revision$
  38  */
  39 public interface SequenceI extends ASequenceI
  40 {
  41   /**
  42    * Set the display name for the sequence
  43    *
  44    * @param name
  45    */
  46   public void setName(String name);
  47
  48   /**
  49    * Get the display name
  50    */
  51   public String getName();
  52
  53   /**
  54    * Set start position of first non-gapped symbol in sequence
  55    *
  56    * @param start
  57    *          new start position
  58    */
  59   public void setStart(int start);
  60
  61   /**
  62    * get start position of first non-gapped residue in sequence
  63    *
  64    * @return
  65    */
  66   public int getStart();
  67
  68   /**
  69    * get the displayed id of the sequence
  70    *
  71    * @return true means the id will be returned in the form
  72    *         DisplayName/Start-End
  73    */
  74   public String getDisplayId(boolean jvsuffix);
  75
  76   /**
  77    * set end position for last residue in sequence
  78    *
  79    * @param end
  80    */
  81   public void setEnd(int end);
  82
  83   /**
  84    * get end position for last residue in sequence getEnd()>getStart() unless
  85    * sequence only consists of gap characters
  86    *
  87    * @return
  88    */
  89   public int getEnd();
  90
  91   /**
  92    * @return length of sequence including gaps
  93    *
  94    */
  95   public int getLength();
  96
  97   /**
  98    * Replace the sequence with the given string
  99    *
 100    * @param sequence
 101    *          new sequence string
 102    */
 103   public void setSequence(String sequence);
 104
 105   /**
 106    * @return sequence as string
 107    */
 108   public String getSequenceAsString();
 109
 110   /**
 111    * get a range on the sequence as a string
 112    *
 113    * @param start
 114    *          position relative to start of sequence including gaps (from 0)
 115    * @param end
 116    *          position relative to start of sequence including gaps (from 0)
 117    *
 118    * @return String containing all gap and symbols in specified range
 119    */
 120   public String getSequenceAsString(int start, int end);
 121
 122   /**
 123    * Answers a copy of the sequence as a character array
 124    *
 125    * @return
 126    */
 127   public char[] getSequence();
 128
 129   /**
 130    * get stretch of sequence characters in an array
 131    *
 132    * @param start
 133    *          absolute index into getSequence()
 134    * @param end
 135    *          exclusive index of last position in segment to be returned.
 136    *
 137    * @return char[max(0,end-start)];
 138    */
 139   public char[] getSequence(int start, int end);
 140
 141   /**
 142    * create a new sequence object with a subsequence of this one but sharing the
 143    * same dataset sequence
 144    *
 145    * @param start
 146    *          int index for start position (base 0, inclusive)
 147    * @param end
 148    *          int index for end position (base 0, exclusive)
 149    *
 150    * @return SequenceI
 151    * @note implementations may use getSequence to get the sequence data
 152    */
 153   public SequenceI getSubSequence(int start, int end);
 154
 155   /**
 156    * get the i'th character in this sequence's local reference frame (ie from
 157    * 0-number of characters lying from start-end)
 158    *
 159    * @param i
 160    *          index
 161    * @return character or ' '
 162    */
 163   public char getCharAt(int i);
 164
 165   /**
 166    * DOCUMENT ME!
 167    *
 168    * @param desc
 169    *          DOCUMENT ME!
 170    */
 171   public void setDescription(String desc);
 172
 173   /**
 174    * DOCUMENT ME!
 175    *
 176    * @return DOCUMENT ME!
 177    */
 178   public String getDescription();
 179
 180   /**
 181    * Return the alignment column (from 1..) for a sequence position
 182    *
 183    * @param pos
 184    *          lying from start to end
 185    *
 186    * @return aligned column for residue (0 if residue is upstream from
 187    *         alignment, -1 if residue is downstream from alignment) note.
 188    *         Sequence object returns sequence.getEnd() for positions upstream
 189    *         currently. TODO: change sequence for
 190    *         assert(findIndex(seq.getEnd()+1)==-1) and fix incremental bugs
 191    *
 192    */
 193   public int findIndex(int pos);
 194
 195   /**
 196    * Returns the sequence position for an alignment position.
 197    *
 198    * @param i
 199    *          column index in alignment (from 0..<length)
 200    *
 201    * @return TODO: JAL-2562 - residue number for residue (left of and) nearest
 202    *         ith column
 203    */
 204   public int findPosition(int i);
 205
 206   /**
 207    * Returns the from-to sequence positions (start..) for the given column
 208    * positions (1..), or null if no residues are included in the range
 209    *
 210    * @param fromColum
 211    * @param toColumn
 212    * @return
 213    */
 214   public Range findPositions(int fromColum, int toColumn);
 215
 216   /**
 217    * Returns an int array where indices correspond to each residue in the
 218    * sequence and the element value gives its position in the alignment
 219    *
 220    * @return int[SequenceI.getEnd()-SequenceI.getStart()+1] or null if no
 221    *         residues in SequenceI object
 222    */
 223   public int[] gapMap();
 224
 225   /**
 226    * Returns an int array where indices correspond to each position in sequence
 227    * char array and the element value gives the result of findPosition for that
 228    * index in the sequence.
 229    *
 230    * @return int[SequenceI.getLength()]
 231    */
 232   public int[] findPositionMap();
 233
 234   /**
 235    * Answers true if the sequence is composed of amino acid characters. Note
 236    * that implementations may use heuristic methods which are not guaranteed to
 237    * give the biologically 'right' answer.
 238    *
 239    * @return
 240    */
 241   public boolean isProtein();
 242
 243   /**
 244    * Delete a range of aligned sequence columns, creating a new dataset sequence
 245    * if necessary and adjusting start and end positions accordingly.
 246    *
 247    * @param i
 248    *          first column in range to delete (inclusive)
 249    * @param j
 250    *          last column in range to delete (exclusive)
 251    */
 252   public void deleteChars(int i, int j);
 253
 254   /**
 255    * DOCUMENT ME!
 256    *
 257    * @param i
 258    *          alignment column number
 259    * @param c
 260    *          character to insert
 261    */
 262   public void insertCharAt(int i, char c);
 263
 264   /**
 265    * insert given character at alignment column position
 266    *
 267    * @param position
 268    *          alignment column number
 269    * @param count
 270    *          length of insert
 271    * @param ch
 272    *          character to insert
 273    */
 274   public void insertCharAt(int position, int count, char ch);
 275
 276   /**
 277    * Answers a list of all sequence features associated with this sequence. The
 278    * list may be held by the sequence's dataset sequence if that is defined.
 279    *
 280    * @return
 281    */
 282   public List<SequenceFeature> getSequenceFeatures();
 283
 284   /**
 285    * Answers the object holding features for the sequence
 286    *
 287    * @return
 288    */
 289   SequenceFeaturesI getFeatures();
 290
 291   /**
 292    * Replaces the sequence features associated with this sequence with the given
 293    * features. If this sequence has a dataset sequence, then this method will
 294    * update the dataset sequence's features instead.
 295    *
 296    * @param features
 297    */
 298   public void setSequenceFeatures(List<SequenceFeature> features);
 299
 300   /**
 301    * DOCUMENT ME!
 302    *
 303    * @param id
 304    *          DOCUMENT ME!
 305    */
 306   public void setPDBId(Vector<PDBEntry> ids);
 307
 308   /**
 309    * Returns a list
 310    *
 311    * @return DOCUMENT ME!
 312    */
 313   public Vector<PDBEntry> getAllPDBEntries();
 314
 315   /**
 316    * Adds the entry to the *normalised* list of PDBIds.
 317    *
 318    * If a PDBEntry is passed with the same entry.getID() string as one already
 319    * in the list, or one is added that appears to be the same but has a chain ID
 320    * appended, then the existing PDBEntry will be updated with the new
 321    * attributes instead, unless the entries have distinct chain codes or
 322    * associated structure files.
 323    *
 324    * @param entry
 325    * @return true if the entry was added, false if updated
 326    */
 327   public boolean addPDBId(PDBEntry entry);
 328
 329   /**
 330    * update the list of PDBEntrys to include any DBRefEntrys citing structural
 331    * databases
 332    *
 333    * @return true if PDBEntry list was modified
 334    */
 335   public boolean updatePDBIds();
 336
 337   public String getVamsasId();
 338
 339   public void setVamsasId(String id);
 340
 341   /**
 342    * set the array of Database references for the sequence.
 343    *
 344    * @param dbs
 345    * @deprecated - use is discouraged since side-effects may occur if DBRefEntry
 346    *             set are not normalised.
 347    */
 348   @Deprecated
 349   public void setDBRefs(DBRefEntry[] dbs);
 350
 351   public DBRefEntry[] getDBRefs();
 352
 353   /**
 354    * add the given entry to the list of DBRefs for this sequence, or replace a
 355    * similar one if entry contains a map object and the existing one doesnt.
 356    *
 357    * @param entry
 358    */
 359   public void addDBRef(DBRefEntry entry);
 360
 361   /**
 362    * Adds the given sequence feature and returns true, or returns false if it is
 363    * already present on the sequence, or if the feature type is null.
 364    *
 365    * @param sf
 366    * @return
 367    */
 368   public boolean addSequenceFeature(SequenceFeature sf);
 369
 370   public void deleteFeature(SequenceFeature sf);
 371
 372   public void setDatasetSequence(SequenceI seq);
 373
 374   public SequenceI getDatasetSequence();
 375
 376   /**
 377    * Returns a new array containing this sequence's annotations, or null.
 378    */
 379   public AlignmentAnnotation[] getAnnotation();
 380
 381   /**
 382    * Returns true if this sequence has the given annotation (by object
 383    * identity).
 384    */
 385   public boolean hasAnnotation(AlignmentAnnotation ann);
 386
 387   /**
 388    * Add the given annotation, if not already added, and set its sequence ref to
 389    * be this sequence. Does nothing if this sequence's annotations already
 390    * include this annotation (by identical object reference).
 391    */
 392   public void addAlignmentAnnotation(AlignmentAnnotation annotation);
 393
 394   public void removeAlignmentAnnotation(AlignmentAnnotation annotation);
 395
 396   /**
 397    * Derive a sequence (using this one's dataset or as the dataset)
 398    *
 399    * @return duplicate sequence with valid dataset sequence
 400    */
 401   public SequenceI deriveSequence();
 402
 403   /**
 404    * set the array of associated AlignmentAnnotation for this sequenceI
 405    *
 406    * @param revealed
 407    */
 408   public void setAlignmentAnnotation(AlignmentAnnotation[] annotation);
 409
 410   /**
 411    * Get one or more alignment annotations with a particular label.
 412    *
 413    * @param label
 414    *          string which each returned annotation must have as a label.
 415    * @return null or array of annotations.
 416    */
 417   public AlignmentAnnotation[] getAnnotation(String label);
 418
 419   /**
 420    * Returns a (possibly empty) list of any annotations that match on given
 421    * calcId (source) and label (type). Null values do not match.
 422    *
 423    * @param calcId
 424    * @param label
 425    */
 426   public List<AlignmentAnnotation> getAlignmentAnnotations(String calcId,
 427           String label);
 428
 429   /**
 430    * create a new dataset sequence (if necessary) for this sequence and sets
 431    * this sequence to refer to it. This call will move any features or
 432    * references on the sequence onto the dataset. It will also make a duplicate
 433    * of existing annotation rows for the dataset sequence, rather than relocate
 434    * them in order to preserve external references (since 2.8.2).
 435    *
 436    * @return dataset sequence for this sequence
 437    */
 438   public SequenceI createDatasetSequence();
 439
 440   /**
 441    * Transfer any database references or annotation from entry under a sequence
 442    * mapping. <br/>
 443    * <strong>Note: DOES NOT transfer sequence associated alignment annotation
 444    * </strong><br/>
 445    *
 446    * @param entry
 447    * @param mp
 448    *          null or mapping from entry's numbering to local start/end
 449    */
 450   public void transferAnnotation(SequenceI entry, Mapping mp);
 451
 452   /**
 453    * @param index
 454    *          The sequence index in the MSA
 455    */
 456   public void setIndex(int index);
 457
 458   /**
 459    * @return The index of the sequence in the alignment
 460    */
 461   public int getIndex();
 462
 463   /**
 464    * @return The RNA of the sequence in the alignment
 465    */
 466
 467   public RNA getRNA();
 468
 469   /**
 470    * @param rna
 471    *          The RNA.
 472    */
 473   public void setRNA(RNA rna);
 474
 475   /**
 476    *
 477    * @return list of insertions (gap characters) in sequence
 478    */
 479   public List<int[]> getInsertions();
 480
 481   /**
 482    * Given a pdbId String, return the equivalent PDBEntry if available in the
 483    * given sequence
 484    *
 485    * @param pdbId
 486    * @return
 487    */
 488   public PDBEntry getPDBEntry(String pdbId);
 489
 490   /**
 491    * Get all primary database/accessions for this sequence's data. These
 492    * DBRefEntry are expected to resolve to a valid record in the associated
 493    * external database, either directly or via a provided 1:1 Mapping.
 494    *
 495    * @return just the primary references (if any) for this sequence, or an empty
 496    *         list
 497    */
 498   public List<DBRefEntry> getPrimaryDBRefs();
 499
 500   /**
 501    * Returns a (possibly empty) list of sequence features that overlap the given
 502    * alignment column range, optionally restricted to one or more specified
 503    * feature types. If the range is all gaps, then features which enclose it are
 504    * included (but not contact features).
 505    *
 506    * @param fromCol
 507    *          start column of range inclusive (1..)
 508    * @param toCol
 509    *          end column of range inclusive (1..)
 510    * @param types
 511    *          optional feature types to restrict results to
 512    * @return
 513    */
 514   List<SequenceFeature> findFeatures(int fromCol, int toCol, String... types);
 515
 516   /**
 517    * Method to call to indicate that the sequence (characters or alignment/gaps)
 518    * has been modified. Provided to allow any cursors on residue/column
 519    * positions to be invalidated.
 520    */
 521   void sequenceChanged();
 522
 523   /**
 524    *
 525    * @return BitSet corresponding to index [0,length) where Comparison.isGap()
 526    *         returns true.
 527    */
 528   BitSet getInsertionsAsBits();
 529
 530   /**
 531    * Replaces every occurrence of c1 in the sequence with c2 and returns the
 532    * number of characters changed
 533    *
 534    * @param c1
 535    * @param c2
 536    */
 537   public int replace(char c1, char c2);
 538
 539   GeneLociI getGeneLoci();
 540
 541   void setGeneLoci(String speciesId, String assemblyId,
 542           String chromosomeId, MapList map);
 543 }