src/jalview/datamodel/SequenceI.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import jalview.datamodel.Sequence.DBModList;
  24 import jalview.datamodel.features.SequenceFeaturesI;
  25 import jalview.util.MapList;
  26 import jalview.ws.params.InvalidArgumentException;
  27
  28 import java.util.BitSet;
  29 import java.util.Iterator;
  30 import java.util.List;
  31 import java.util.Vector;
  32
  33 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  34
  35 /**
  36  * Methods for manipulating a sequence, its metadata and related annotation in
  37  * an alignment or dataset.
  38  *
  39  * @author $author$
  40  * @version $Revision$
  41  */
  42 public interface SequenceI extends ASequenceI
  43 {
  44   /**
  45    * Set the display name for the sequence
  46    *
  47    * @param name
  48    */
  49   public void setName(String name);
  50
  51   public HiddenMarkovModel getHMM();
  52
  53   public void setHMM(HiddenMarkovModel hmm);
  54   /**
  55    * Get the display name
  56    */
  57   public String getName();
  58
  59   /**
  60    * Set start position of first non-gapped symbol in sequence
  61    *
  62    * @param start
  63    *          new start position
  64    */
  65   public void setStart(int start);
  66
  67   /**
  68    * get start position of first non-gapped residue in sequence
  69    *
  70    * @return
  71    */
  72   public int getStart();
  73
  74   /**
  75    * get the displayed id of the sequence
  76    *
  77    * @return true means the id will be returned in the form
  78    *         DisplayName/Start-End
  79    */
  80   public String getDisplayId(boolean jvsuffix);
  81
  82   /**
  83    * set end position for last residue in sequence
  84    *
  85    * @param end
  86    */
  87   public void setEnd(int end);
  88
  89   /**
  90    * get end position for last residue in sequence getEnd()>getStart() unless
  91    * sequence only consists of gap characters
  92    *
  93    * @return
  94    */
  95   public int getEnd();
  96
  97   /**
  98    * @return length of sequence including gaps
  99    *
 100    */
 101   public int getLength();
 102
 103   /**
 104    * Replace the sequence with the given string
 105    *
 106    * @param sequence
 107    *          new sequence string
 108    */
 109   public void setSequence(String sequence);
 110
 111   /**
 112    * @return sequence as string
 113    */
 114   public String getSequenceAsString();
 115
 116   /**
 117    * get a range on the sequence as a string
 118    *
 119    * @param start
 120    *          (inclusive) position relative to start of sequence including gaps
 121    *          (from 0)
 122    * @param end
 123    *          (exclusive) position relative to start of sequence including gaps
 124    *          (from 0)
 125    *
 126    * @return String containing all gap and symbols in specified range
 127    */
 128   public String getSequenceAsString(int start, int end);
 129
 130   /**
 131    * Answers a copy of the sequence as a character array
 132    *
 133    * @return
 134    */
 135   public char[] getSequence();
 136
 137   /**
 138    * get stretch of sequence characters in an array
 139    *
 140    * @param start
 141    *          absolute index into getSequence()
 142    * @param end
 143    *          exclusive index of last position in segment to be returned.
 144    *
 145    * @return char[max(0,end-start)];
 146    */
 147   public char[] getSequence(int start, int end);
 148
 149   /**
 150    * create a new sequence object with a subsequence of this one but sharing the
 151    * same dataset sequence
 152    *
 153    * @param start
 154    *          int index for start position (base 0, inclusive)
 155    * @param end
 156    *          int index for end position (base 0, exclusive)
 157    *
 158    * @return SequenceI
 159    * @note implementations may use getSequence to get the sequence data
 160    */
 161   public SequenceI getSubSequence(int start, int end);
 162
 163   /**
 164    * get the i'th character in this sequence's local reference frame (ie from
 165    * 0-number of characters lying from start-end)
 166    *
 167    * @param i
 168    *          index
 169    * @return character or ' '
 170    */
 171   public char getCharAt(int i);
 172
 173   /**
 174    * DOCUMENT ME!
 175    *
 176    * @param desc
 177    *          DOCUMENT ME!
 178    */
 179   public void setDescription(String desc);
 180
 181   /**
 182    * DOCUMENT ME!
 183    *
 184    * @return DOCUMENT ME!
 185    */
 186   public String getDescription();
 187
 188   /**
 189    * Return the alignment column (from 1..) for a sequence position
 190    *
 191    * @param pos
 192    *          lying from start to end
 193    *
 194    * @return aligned column for residue (0 if residue is upstream from
 195    *         alignment, -1 if residue is downstream from alignment) note.
 196    *         Sequence object returns sequence.getEnd() for positions upstream
 197    *         currently. TODO: change sequence for
 198    *         assert(findIndex(seq.getEnd()+1)==-1) and fix incremental bugs
 199    *
 200    */
 201   public int findIndex(int pos);
 202
 203   /**
 204    * Returns the sequence position for an alignment (column) position. If at a
 205    * gap, returns the position of the next residue to the right. If beyond the
 206    * end of the sequence, returns 1 more than the last residue position.
 207    *
 208    * @param i
 209    *          column index in alignment (from 0..<length)
 210    *
 211    * @return
 212    */
 213   public int findPosition(int i);
 214
 215   /**
 216    * Returns the sequence positions for first and last residues lying within the
 217    * given column positions [fromColum,toColumn] (where columns are numbered
 218    * from 1), or null if no residues are included in the range
 219    *
 220    * @param fromColum
 221    *          - first column base 1. (0 and negative positions are rounded up)
 222    * @param toColumn
 223    *          - last column, base 1
 224    * @return null if fromColum>toColumn
 225    */
 226   public ContiguousI findPositions(int fromColum, int toColumn);
 227
 228   /**
 229    * Returns an int array where indices correspond to each residue in the
 230    * sequence and the element value gives its position in the alignment
 231    *
 232    * @return int[SequenceI.getEnd()-SequenceI.getStart()+1] or null if no
 233    *         residues in SequenceI object
 234    */
 235   public int[] gapMap();
 236
 237   /**
 238    * Build a bitset corresponding to sequence gaps
 239    *
 240    * @return a BitSet where set values correspond to gaps in the sequence
 241    */
 242   public BitSet gapBitset();
 243
 244   /**
 245    * Returns an int array where indices correspond to each position in sequence
 246    * char array and the element value gives the result of findPosition for that
 247    * index in the sequence.
 248    *
 249    * @return int[SequenceI.getLength()]
 250    */
 251   public int[] findPositionMap();
 252
 253   /**
 254    * Answers true if the sequence is composed of amino acid characters. Note
 255    * that implementations may use heuristic methods which are not guaranteed to
 256    * give the biologically 'right' answer.
 257    *
 258    * @return
 259    */
 260   public boolean isProtein();
 261
 262   /**
 263    * Delete a range of aligned sequence columns, creating a new dataset sequence
 264    * if necessary and adjusting start and end positions accordingly.
 265    *
 266    * @param i
 267    *          first column in range to delete (inclusive)
 268    * @param j
 269    *          last column in range to delete (exclusive)
 270    */
 271   public void deleteChars(int i, int j);
 272
 273   /**
 274    * DOCUMENT ME!
 275    *
 276    * @param i
 277    *          alignment column number
 278    * @param c
 279    *          character to insert
 280    */
 281   public void insertCharAt(int i, char c);
 282
 283   /**
 284    * insert given character at alignment column position
 285    *
 286    * @param position
 287    *          alignment column number
 288    * @param count
 289    *          length of insert
 290    * @param ch
 291    *          character to insert
 292    */
 293   public void insertCharAt(int position, int count, char ch);
 294
 295   /**
 296    * Answers a list of all sequence features associated with this sequence. The
 297    * list may be held by the sequence's dataset sequence if that is defined.
 298    *
 299    * @return
 300    */
 301   public List<SequenceFeature> getSequenceFeatures();
 302
 303   /**
 304    * Answers the object holding features for the sequence
 305    *
 306    * @return
 307    */
 308   SequenceFeaturesI getFeatures();
 309
 310   /**
 311    * Replaces the sequence features associated with this sequence with the given
 312    * features. If this sequence has a dataset sequence, then this method will
 313    * update the dataset sequence's features instead.
 314    *
 315    * @param features
 316    */
 317   public void setSequenceFeatures(List<SequenceFeature> features);
 318
 319   /**
 320    * DOCUMENT ME!
 321    *
 322    * @param id
 323    *          DOCUMENT ME!
 324    */
 325   public void setPDBId(Vector<PDBEntry> ids);
 326
 327   /**
 328    * Returns a list
 329    *
 330    * @return DOCUMENT ME!
 331    */
 332   public Vector<PDBEntry> getAllPDBEntries();
 333
 334   /**
 335    * Adds the entry to the *normalised* list of PDBIds.
 336    *
 337    * If a PDBEntry is passed with the same entry.getID() string as one already
 338    * in the list, or one is added that appears to be the same but has a chain ID
 339    * appended, then the existing PDBEntry will be updated with the new
 340    * attributes instead, unless the entries have distinct chain codes or
 341    * associated structure files.
 342    *
 343    * @param entry
 344    * @return true if the entry was added, false if updated
 345    */
 346   public boolean addPDBId(PDBEntry entry);
 347
 348   /**
 349    * update the list of PDBEntrys to include any DBRefEntrys citing structural
 350    * databases
 351    *
 352    * @return true if PDBEntry list was modified
 353    */
 354   public boolean updatePDBIds();
 355
 356   public String getVamsasId();
 357
 358   public void setVamsasId(String id);
 359
 360   /**
 361    * set the array of Database references for the sequence.
 362    *
 363    * BH 2019.02.04 changes param to DBModlist
 364    *
 365    * @param dbs
 366    * @deprecated - use is discouraged since side-effects may occur if DBRefEntry
 367    *             set are not normalised.
 368    * @throws InvalidArgumentException if the is not one created by Sequence itself
 369    */
 370   @Deprecated
 371   public void setDBRefs(DBModList<DBRefEntry> dbs);
 372
 373   public DBModList<DBRefEntry> getDBRefs();
 374
 375   /**
 376    * add the given entry to the list of DBRefs for this sequence, or replace a
 377    * similar one if entry contains a map object and the existing one doesnt.
 378    *
 379    * @param entry
 380    */
 381   public void addDBRef(DBRefEntry entry);
 382
 383   /**
 384    * Adds the given sequence feature and returns true, or returns false if it is
 385    * already present on the sequence, or if the feature type is null.
 386    *
 387    * @param sf
 388    * @return
 389    */
 390   public boolean addSequenceFeature(SequenceFeature sf);
 391
 392   public void deleteFeature(SequenceFeature sf);
 393
 394   public void setDatasetSequence(SequenceI seq);
 395
 396   public SequenceI getDatasetSequence();
 397
 398   /**
 399    * Returns the top grandparent in the dataset sequences hierarchy.
 400    */
 401   public default SequenceI getRootDatasetSequence()
 402   {
 403     var sequence = this;
 404     while (sequence.getDatasetSequence() != null)
 405     {
 406       sequence = sequence.getDatasetSequence();
 407     }
 408     return sequence;
 409   }
 410
 411   /**
 412    * Returns a new array containing this sequence's annotations, or null.
 413    */
 414   public AlignmentAnnotation[] getAnnotation();
 415
 416   /**
 417    * Returns true if this sequence has the given annotation (by object
 418    * identity).
 419    */
 420   public boolean hasAnnotation(AlignmentAnnotation ann);
 421
 422   /**
 423    * Add the given annotation, if not already added, and set its sequence ref to
 424    * be this sequence. Does nothing if this sequence's annotations already
 425    * include this annotation (by identical object reference).
 426    */
 427   public void addAlignmentAnnotation(AlignmentAnnotation annotation);
 428
 429   public void removeAlignmentAnnotation(AlignmentAnnotation annotation);
 430
 431   /**
 432    * Derive a sequence (using this one's dataset or as the dataset)
 433    *
 434    * @return duplicate sequence with valid dataset sequence
 435    */
 436   public SequenceI deriveSequence();
 437
 438   /**
 439    * set the array of associated AlignmentAnnotation for this sequenceI
 440    *
 441    * @param revealed
 442    */
 443   public void setAlignmentAnnotation(AlignmentAnnotation[] annotation);
 444
 445   /**
 446    * Get one or more alignment annotations with a particular label.
 447    *
 448    * @param label
 449    *          string which each returned annotation must have as a label.
 450    * @return null or array of annotations.
 451    */
 452   public AlignmentAnnotation[] getAnnotation(String label);
 453
 454   /**
 455    * Returns a (possibly empty) list of any annotations that match on given
 456    * calcId (source) and label (type). Null values do not match.
 457    *
 458    * @param calcId
 459    * @param label
 460    */
 461   public List<AlignmentAnnotation> getAlignmentAnnotations(String calcId,
 462           String label);
 463
 464   /**
 465    * Returns a (possibly empty) list of any annotations that match on given
 466    * calcId (source), label (type) and description (observation instance).
 467    * Null values do not match.
 468    *
 469    * @param calcId
 470    * @param label
 471    * @param description
 472    */
 473   public List<AlignmentAnnotation> getAlignmentAnnotations(String calcId,
 474           String label, String description);
 475   /**
 476    * create a new dataset sequence (if necessary) for this sequence and sets
 477    * this sequence to refer to it. This call will move any features or
 478    * references on the sequence onto the dataset. It will also make a duplicate
 479    * of existing annotation rows for the dataset sequence, rather than relocate
 480    * them in order to preserve external references (since 2.8.2).
 481    *
 482    * @return dataset sequence for this sequence
 483    */
 484   public SequenceI createDatasetSequence();
 485
 486   /**
 487    * Transfer any database references or annotation from entry under a sequence
 488    * mapping. <br/>
 489    * <strong>Note: DOES NOT transfer sequence associated alignment annotation
 490    * </strong><br/>
 491    *
 492    * @param entry
 493    * @param mp
 494    *          null or mapping from entry's numbering to local start/end
 495    */
 496   public void transferAnnotation(SequenceI entry, Mapping mp);
 497
 498   /**
 499    * @return The RNA of the sequence in the alignment
 500    */
 501
 502   public RNA getRNA();
 503
 504   /**
 505    * @param rna
 506    *          The RNA.
 507    */
 508   public void setRNA(RNA rna);
 509
 510   /**
 511    *
 512    * @return list of insertions (gap characters) in sequence
 513    */
 514   public List<int[]> getInsertions();
 515
 516   /**
 517    * Given a pdbId String, return the equivalent PDBEntry if available in the
 518    * given sequence
 519    *
 520    * @param pdbId
 521    * @return
 522    */
 523   public PDBEntry getPDBEntry(String pdbId);
 524
 525   /**
 526    * Get all primary database/accessions for this sequence's data. These
 527    * DBRefEntry are expected to resolve to a valid record in the associated
 528    * external database, either directly or via a provided 1:1 Mapping.
 529    *
 530    * @return just the primary references (if any) for this sequence, or an empty
 531    *         list
 532    */
 533   public List<DBRefEntry> getPrimaryDBRefs();
 534   /**
 535    * Answers true if the sequence has annotation for Hidden Markov Model
 536    * information content, else false
 537    */
 538   boolean hasHMMAnnotation();
 539
 540   /**
 541    * Returns a (possibly empty) list of sequence features that overlap the given
 542    * alignment column range, optionally restricted to one or more specified
 543    * feature types. If the range is all gaps, then features which enclose it are
 544    * included (but not contact features).
 545    *
 546    * @param fromCol
 547    *          start column of range inclusive (1..)
 548    * @param toCol
 549    *          end column of range inclusive (1..)
 550    * @param types
 551    *          optional feature types to restrict results to
 552    * @return
 553    */
 554   List<SequenceFeature> findFeatures(int fromCol, int toCol, String... types);
 555
 556   /**
 557    * Method to call to indicate that the sequence (characters or alignment/gaps)
 558    * has been modified. Provided to allow any cursors on residue/column
 559    * positions to be invalidated.
 560    */
 561   void sequenceChanged();
 562
 563   /**
 564    *
 565    * @return BitSet corresponding to index [0,length) where Comparison.isGap()
 566    *         returns true.
 567    */
 568   BitSet getInsertionsAsBits();
 569
 570   /**
 571    * Replaces every occurrence of c1 in the sequence with c2 and returns the
 572    * number of characters changed
 573    *
 574    * @param c1
 575    * @param c2
 576    */
 577   public int replace(char c1, char c2);
 578
 579   /**
 580    * Answers the GeneLociI, or null if not known
 581    *
 582    * @return
 583    */
 584   GeneLociI getGeneLoci();
 585
 586   /**
 587    * Sets the mapping to gene loci for the sequence
 588    *
 589    * @param speciesId
 590    * @param assemblyId
 591    * @param chromosomeId
 592    * @param map
 593    */
 594   void setGeneLoci(String speciesId, String assemblyId,
 595           String chromosomeId, MapList map);
 596
 597
 598   /**
 599    * Returns the sequence string constructed from the substrings of a sequence
 600    * defined by the int[] ranges provided by an iterator. E.g. the iterator
 601    * could iterate over all visible regions of the alignment
 602    *
 603    * @param it
 604    *          the iterator to use
 605    * @return a String corresponding to the sequence
 606    */
 607   public String getSequenceStringFromIterator(Iterator<int[]> it);
 608
 609   /**
 610    * Locate the first position in this sequence which is not contained in an
 611    * iterator region. If no such position exists, return 0
 612    *
 613    * @param it
 614    *          iterator over regions
 615    * @return first residue not contained in regions
 616    */
 617   public int firstResidueOutsideIterator(Iterator<int[]> it);
 618
 619
 620   /**
 621    * Answers true if this sequence has an associated Hidden Markov Model
 622    *
 623    * @return
 624    */
 625   boolean hasHMMProfile();
 626 }
 627