src/jalview/datamodel/SequenceI.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import java.util.List;
  24 import java.util.Vector;
  25
  26 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  27
  28 /**
  29  * DOCUMENT ME!
  30  *
  31  * @author $author$
  32  * @version $Revision$
  33  */
  34 public interface SequenceI
  35 {
  36   /**
  37    * Set the display name for the sequence
  38    *
  39    * @param name
  40    */
  41   public void setName(String name);
  42
  43   /**
  44    * Get the display name
  45    */
  46   public String getName();
  47
  48   /**
  49    * Set start position of first non-gapped symbol in sequence
  50    *
  51    * @param start
  52    *          new start position
  53    */
  54   public void setStart(int start);
  55
  56   /**
  57    * get start position of first non-gapped residue in sequence
  58    *
  59    * @return
  60    */
  61   public int getStart();
  62
  63   /**
  64    * get the displayed id of the sequence
  65    *
  66    * @return true means the id will be returned in the form
  67    *         DisplayName/Start-End
  68    */
  69   public String getDisplayId(boolean jvsuffix);
  70
  71   /**
  72    * set end position for last residue in sequence
  73    *
  74    * @param end
  75    */
  76   public void setEnd(int end);
  77
  78   /**
  79    * get end position for last residue in sequence getEnd()>getStart() unless
  80    * sequence only consists of gap characters
  81    *
  82    * @return
  83    */
  84   public int getEnd();
  85
  86   /**
  87    * @return length of sequence including gaps
  88    *
  89    */
  90   public int getLength();
  91
  92   /**
  93    * Replace the sequence with the given string
  94    *
  95    * @param sequence
  96    *          new sequence string
  97    */
  98   public void setSequence(String sequence);
  99
 100   /**
 101    * @return sequence as string
 102    */
 103   public String getSequenceAsString();
 104
 105   /**
 106    * get a range on the sequence as a string
 107    *
 108    * @param start
 109    *          position relative to start of sequence including gaps (from 0)
 110    * @param end
 111    *          position relative to start of sequence including gaps (from 0)
 112    *
 113    * @return String containing all gap and symbols in specified range
 114    */
 115   public String getSequenceAsString(int start, int end);
 116
 117   /**
 118    * Get the sequence as a character array
 119    *
 120    * @return seqeunce and any gaps
 121    */
 122   public char[] getSequence();
 123
 124   /**
 125    * get stretch of sequence characters in an array
 126    *
 127    * @param start
 128    *          absolute index into getSequence()
 129    * @param end
 130    *          exclusive index of last position in segment to be returned.
 131    *
 132    * @return char[max(0,end-start)];
 133    */
 134   public char[] getSequence(int start, int end);
 135
 136   /**
 137    * create a new sequence object from start to end of this sequence
 138    *
 139    * @param start
 140    *          int index for start position
 141    * @param end
 142    *          int index for end position
 143    *
 144    * @return SequenceI
 145    * @note implementations may use getSequence to get the sequence data
 146    */
 147   public SequenceI getSubSequence(int start, int end);
 148
 149   /**
 150    * DOCUMENT ME!
 151    *
 152    * @param i
 153    *          DOCUMENT ME!
 154    *
 155    * @return DOCUMENT ME!
 156    */
 157   public char getCharAt(int i);
 158
 159   /**
 160    * DOCUMENT ME!
 161    *
 162    * @param desc
 163    *          DOCUMENT ME!
 164    */
 165   public void setDescription(String desc);
 166
 167   /**
 168    * DOCUMENT ME!
 169    *
 170    * @return DOCUMENT ME!
 171    */
 172   public String getDescription();
 173
 174   /**
 175    * Return the alignment column for a sequence position * Return the alignment
 176    * position for a sequence position
 177    *
 178    * @param pos
 179    *          lying from start to end
 180    *
 181    * @return aligned column for residue (0 if residue is upstream from
 182    *         alignment, -1 if residue is downstream from alignment) note.
 183    *         Sequence object returns sequence.getEnd() for positions upstream
 184    *         currently. TODO: change sequence for
 185    *         assert(findIndex(seq.getEnd()+1)==-1) and fix incremental bugs
 186    *
 187    */
 188   public int findIndex(int pos);
 189
 190   /**
 191    * Returns the sequence position for an alignment position
 192    *
 193    * @param i
 194    *          column index in alignment (from 0..<length)
 195    *
 196    * @return residue number for residue (left of and) nearest ith column
 197    */
 198   public int findPosition(int i);
 199
 200   /**
 201    * Returns an int array where indices correspond to each residue in the
 202    * sequence and the element value gives its position in the alignment
 203    *
 204    * @return int[SequenceI.getEnd()-SequenceI.getStart()+1] or null if no
 205    *         residues in SequenceI object
 206    */
 207   public int[] gapMap();
 208
 209   /**
 210    * Returns an int array where indices correspond to each position in sequence
 211    * char array and the element value gives the result of findPosition for that
 212    * index in the sequence.
 213    *
 214    * @return int[SequenceI.getLength()]
 215    */
 216   public int[] findPositionMap();
 217
 218   /**
 219    * Delete a range of aligned sequence columns, creating a new dataset sequence
 220    * if necessary and adjusting start and end positions accordingly.
 221    *
 222    * @param i
 223    *          first column in range to delete
 224    * @param j
 225    *          last column in range to delete
 226    */
 227   public void deleteChars(int i, int j);
 228
 229   /**
 230    * DOCUMENT ME!
 231    *
 232    * @param i
 233    *          DOCUMENT ME!
 234    * @param c
 235    *          DOCUMENT ME!
 236    */
 237   public void insertCharAt(int i, char c);
 238
 239   /**
 240    * DOCUMENT ME!
 241    *
 242    * @param i
 243    *          DOCUMENT ME!
 244    * @param c
 245    *          DOCUMENT ME!
 246    */
 247   public void insertCharAt(int i, int length, char c);
 248
 249   /**
 250    * DOCUMENT ME!
 251    *
 252    * @return DOCUMENT ME!
 253    */
 254   public SequenceFeature[] getSequenceFeatures();
 255
 256   /**
 257    * DOCUMENT ME!
 258    *
 259    * @param v
 260    *          DOCUMENT ME!
 261    */
 262   public void setSequenceFeatures(SequenceFeature[] features);
 263
 264   /**
 265    * DOCUMENT ME!
 266    *
 267    * @param id
 268    *          DOCUMENT ME!
 269    */
 270   public void setPDBId(Vector ids);
 271
 272   /**
 273    * DOCUMENT ME!
 274    *
 275    * @return DOCUMENT ME!
 276    */
 277   public Vector getPDBId();
 278
 279   /**
 280    * add entry to the vector of PDBIds, if it isn't in the list already
 281    *
 282    * @param entry
 283    */
 284   public void addPDBId(PDBEntry entry);
 285
 286   /**
 287    * update the list of PDBEntrys to include any DBRefEntrys citing structural
 288    * databases
 289    *
 290    * @return true if PDBEntry list was modified
 291    */
 292   public boolean updatePDBIds();
 293
 294   public String getVamsasId();
 295
 296   public void setVamsasId(String id);
 297
 298   public void setDBRef(DBRefEntry[] dbs);
 299
 300   public DBRefEntry[] getDBRef();
 301
 302   /**
 303    * add the given entry to the list of DBRefs for this sequence, or replace a
 304    * similar one if entry contains a map object and the existing one doesnt.
 305    *
 306    * @param entry
 307    */
 308   public void addDBRef(DBRefEntry entry);
 309
 310   public void addSequenceFeature(SequenceFeature sf);
 311
 312   public void deleteFeature(SequenceFeature sf);
 313
 314   public void setDatasetSequence(SequenceI seq);
 315
 316   public SequenceI getDatasetSequence();
 317
 318   public AlignmentAnnotation[] getAnnotation();
 319
 320   public boolean hasAnnotation(AlignmentAnnotation ann);
 321
 322   public void addAlignmentAnnotation(AlignmentAnnotation annotation);
 323
 324   public void removeAlignmentAnnotation(AlignmentAnnotation annotation);
 325
 326   /**
 327    * Derive a sequence (using this one's dataset or as the dataset)
 328    *
 329    * @return duplicate sequence with valid dataset sequence
 330    */
 331   public SequenceI deriveSequence();
 332
 333   /**
 334    * set the array of associated AlignmentAnnotation for this sequenceI
 335    *
 336    * @param revealed
 337    */
 338   public void setAlignmentAnnotation(AlignmentAnnotation[] annotation);
 339
 340   /**
 341    * Get one or more alignment annotations with a particular label.
 342    *
 343    * @param label
 344    *          string which each returned annotation must have as a label.
 345    * @return null or array of annotations.
 346    */
 347   public AlignmentAnnotation[] getAnnotation(String label);
 348
 349   /**
 350    * Return a list of any annotations which match the given calcId (source) and
 351    * label (type). Null values do not match.
 352    *
 353    * @param calcId
 354    * @param label
 355    * @return
 356    */
 357   public List<AlignmentAnnotation> getAlignmentAnnotations(String calcId,
 358           String label);
 359
 360   /**
 361    * create a new dataset sequence (if necessary) for this sequence and sets
 362    * this sequence to refer to it. This call will move any features or
 363    * references on the sequence onto the dataset. It will also make a duplicate
 364    * of existing annotation rows for the dataset sequence, rather than relocate
 365    * them in order to preserve external references (since 2.8.2).
 366    *
 367    * @return dataset sequence for this sequence
 368    */
 369   public SequenceI createDatasetSequence();
 370
 371   /**
 372    * Transfer any database references or annotation from entry under a sequence
 373    * mapping. <br/>
 374    * <strong>Note: DOES NOT transfer sequence associated alignment
 375    * annotation </strong><br/>
 376    *
 377    * @param entry
 378    * @param mp
 379    *          null or mapping from entry's numbering to local start/end
 380    */
 381   public void transferAnnotation(SequenceI entry, Mapping mp);
 382
 383   /**
 384    * @param index
 385    *          The sequence index in the MSA
 386    */
 387   public void setIndex(int index);
 388
 389   /**
 390    * @return The index of the sequence in the alignment
 391    */
 392   public int getIndex();
 393
 394   /**
 395    * @return The RNA of the sequence in the alignment
 396    */
 397
 398   public RNA getRNA();
 399
 400   /**
 401    * @param rna
 402    *          The RNA.
 403    */
 404   public void setRNA(RNA rna);
 405
 406 }