src/jalview/datamodel/SequenceI.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.datamodel;\r
  20 \r
  21 import jalview.jbgui.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 import java.util.Vector;\r
  26 \r
  27 \r
  28 public interface SequenceI {\r
  29     public void setName(String name);\r
  30 \r
  31     public String getName();\r
  32 \r
  33     public void setStart(int start);\r
  34 \r
  35     public int getStart();\r
  36 \r
  37     public String getDisplayId();\r
  38 \r
  39     public void setEnd(int end);\r
  40 \r
  41     public int getEnd();\r
  42 \r
  43     public int getLength();\r
  44 \r
  45     public void setSequence(String sequence);\r
  46 \r
  47     public String getSequence();\r
  48 \r
  49     public String getSequence(int start, int end);\r
  50 \r
  51     public char getCharAt(int i);\r
  52 \r
  53     public void setDescription(String desc);\r
  54 \r
  55     public String getDescription();\r
  56 \r
  57     public int findIndex(int pos);\r
  58 \r
  59     public int findPosition(int i);\r
  60 \r
  61     public int[] gapMap();\r
  62 \r
  63     public void deleteChars(int i, int j);\r
  64 \r
  65     public void deleteCharAt(int i);\r
  66 \r
  67     public void insertCharAt(int i, char c);\r
  68 \r
  69     public void insertCharAt(int i, char c, boolean chop);\r
  70 \r
  71     public void setColor(Color c);\r
  72 \r
  73     public Color getColor();\r
  74 \r
  75     public Vector getSequenceFeatures();\r
  76 \r
  77     public void setSequenceFeatures(Vector v);\r
  78 \r
  79     public void setPDBId(String id);\r
  80 \r
  81     public String getPDBId();\r
  82 }\r