src/jalview/datamodel/SequenceNode.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 /**
  24  * DOCUMENT ME!
  25  *
  26  * @author $author$
  27  * @version $Revision$
  28  */
  29 public class SequenceNode extends BinaryNode<SequenceI>
  30 {
  31   private boolean placeholder = false;
  32
  33   /**
  34    * Creates a new SequenceNode object.
  35    */
  36   public SequenceNode()
  37   {
  38     super();
  39   }
  40
  41   public SequenceNode(SequenceI val, BinaryNode<SequenceI> parent,
  42           String name, double dist, int bootstrap, boolean dummy)
  43   {
  44     super(val, parent, name, dist, bootstrap, dummy);
  45   }
  46
  47   public SequenceNode(SequenceI element, BinaryNode<SequenceI> parent,
  48           String name, double dist, int bootstrap)
  49   {
  50     super(element, parent, name, dist, bootstrap);
  51   }
  52
  53   public SequenceNode(SequenceI element, BinaryNode<SequenceI> parent,
  54           String name, double dist)
  55   {
  56     super(element, parent, name, dist);
  57   }
  58
  59   /*
  60    * @param placeholder is true if the sequence refered to in the element node
  61    * is not actually present in the associated alignment
  62    */
  63   public boolean isPlaceholder()
  64   {
  65     return placeholder;
  66   }
  67
  68   /**
  69    * DOCUMENT ME!
  70    *
  71    * @param Placeholder
  72    *          DOCUMENT ME!
  73    */
  74   public void setPlaceholder(boolean Placeholder)
  75   {
  76     this.placeholder = Placeholder;
  77   }
  78
  79   /**
  80    * test if this node has a name that might be a label rather than a bootstrap
  81    * value
  82    *
  83    * @return true if node has a non-numeric label
  84    */
  85   public boolean isSequenceLabel()
  86   {
  87     if (name != null && name.length() > 0)
  88     {
  89       for (int c = 0, s = name.length(); c < s; c++)
  90       {
  91         char q = name.charAt(c);
  92         if ('0' <= q && q <= '9')
  93         {
  94           continue;
  95         }
  96         return true;
  97       }
  98     }
  99     return false;
 100   }
 101 }