src/jalview/datamodel/SequencePoint.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
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   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
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  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.datamodel;
  20
  21 /**
  22  * DOCUMENT ME!
  23  *
  24  * @author $author$
  25  * @version $Revision$
  26  */
  27 public class SequencePoint
  28 {
  29   // SMJS PUBLIC
  30   /**
  31    * for points with no real physical association with an alignment sequence
  32    */
  33   public boolean isPlaceholder = false;
  34
  35   /**
  36    * Associated alignment sequence, or dummy sequence object.
  37    */
  38   public SequenceI sequence;
  39
  40   /**
  41    * array of coordinates in embedded sequence space.
  42    */
  43   public float[] coord;
  44
  45   // SMJS ENDPUBLIC
  46   public SequencePoint(SequenceI sequence, float[] coord)
  47   {
  48     this.sequence = sequence;
  49     this.coord = coord;
  50   }
  51 }