src/jalview/datamodel/ViewerData.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import java.io.File;
   4 import java.util.ArrayList;
   5 import java.util.HashMap;
   6 import java.util.List;
   7 import java.util.Map;
   8
   9 /**
  10  * A data bean to hold stored data about a structure viewer.
  11  */
  12 public class ViewerData
  13 {
  14   private int x;
  15
  16   private int y;
  17
  18   private int width;
  19
  20   private int height;
  21
  22   private boolean alignWithPanel;
  23
  24   private boolean colourWithAlignPanel;
  25
  26   private boolean colourByViewer;
  27
  28   private String stateData = "";
  29
  30   private Map<File, StructureData> fileData = new HashMap<File, StructureData>();
  31
  32   public class StructureData
  33   {
  34     private String filePath;
  35
  36     private String pdbId;
  37
  38     private List<SequenceI> seqList;
  39
  40     // TODO and possibly a list of chains?
  41
  42     /**
  43      * Constructor given structure file path and id.
  44      *
  45      * @param pdbFile
  46      * @param id
  47      */
  48     public StructureData(String pdbFile, String id)
  49     {
  50       this.filePath = pdbFile;
  51       this.pdbId = id;
  52       this.seqList = new ArrayList<SequenceI>();
  53     }
  54
  55     public String getFilePath()
  56     {
  57       return filePath;
  58     }
  59
  60     protected void setFilePath(String filePath)
  61     {
  62       this.filePath = filePath;
  63     }
  64
  65     public String getPdbId()
  66     {
  67       return pdbId;
  68     }
  69
  70     protected void setPdbId(String pdbId)
  71     {
  72       this.pdbId = pdbId;
  73     }
  74
  75     public List<SequenceI> getSeqList()
  76     {
  77       return seqList;
  78     }
  79
  80     protected void setSeqList(List<SequenceI> seqList)
  81     {
  82       this.seqList = seqList;
  83     }
  84   }
  85
  86   public ViewerData(int x, int y, int width, int height,
  87           boolean alignWithPanel, boolean colourWithAlignPanel,
  88           boolean colourByViewer)
  89   {
  90     this.x = x;
  91     this.y = y;
  92     this.width = width;
  93     this.height = height;
  94     this.alignWithPanel = alignWithPanel;
  95     this.colourWithAlignPanel = colourWithAlignPanel;
  96     this.colourByViewer = colourByViewer;
  97   }
  98
  99   public int getX()
 100   {
 101     return x;
 102   }
 103
 104   protected void setX(int x)
 105   {
 106     this.x = x;
 107   }
 108
 109   public int getY()
 110   {
 111     return y;
 112   }
 113
 114   protected void setY(int y)
 115   {
 116     this.y = y;
 117   }
 118
 119   public int getWidth()
 120   {
 121     return width;
 122   }
 123
 124   protected void setWidth(int width)
 125   {
 126     this.width = width;
 127   }
 128
 129   public int getHeight()
 130   {
 131     return height;
 132   }
 133
 134   public void setHeight(int height)
 135   {
 136     this.height = height;
 137   }
 138
 139   public boolean isAlignWithPanel()
 140   {
 141     return alignWithPanel;
 142   }
 143
 144   public void setAlignWithPanel(boolean alignWithPanel)
 145   {
 146     this.alignWithPanel = alignWithPanel;
 147   }
 148
 149   public boolean isColourWithAlignPanel()
 150   {
 151     return colourWithAlignPanel;
 152   }
 153
 154   public void setColourWithAlignPanel(boolean colourWithAlignPanel)
 155   {
 156     this.colourWithAlignPanel = colourWithAlignPanel;
 157   }
 158
 159   public boolean isColourByViewer()
 160   {
 161     return colourByViewer;
 162   }
 163
 164   public void setColourByViewer(boolean colourByViewer)
 165   {
 166     this.colourByViewer = colourByViewer;
 167   }
 168
 169   public String getStateData()
 170   {
 171     return stateData;
 172   }
 173
 174   public void setStateData(String stateData)
 175   {
 176     this.stateData = stateData;
 177   }
 178
 179   public Map<File, StructureData> getFileData()
 180   {
 181     return fileData;
 182   }
 183
 184   protected void setFileData(Map<File, StructureData> fileData)
 185   {
 186     this.fileData = fileData;
 187   }
 188
 189 }