src/jalview/datamodel/annotations/AnnotationRowBuilder.java

   1 package jalview.datamodel.annotations;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation.TFType;
   4 import jalview.datamodel.Annotation;
   5
   6 public class AnnotationRowBuilder
   7 {
   8
   9   String name;
  10
  11   boolean hasDescription = false;
  12
  13   String description;
  14
  15   boolean hasMinMax = false;
  16
  17   /**
  18    * the type of temperature factor plot (if it is one)
  19    */
  20   private TFType tfType = TFType.DEFAULT;
  21
  22   public void setTFType(TFType t)
  23   {
  24     tfType = t;
  25   }
  26
  27   public TFType getTFType()
  28   {
  29     return tfType;
  30   }
  31
  32   public String getName()
  33   {
  34     return name;
  35   }
  36
  37   public void setName(String name)
  38   {
  39     this.name = name;
  40   }
  41
  42   public boolean isHasDescription()
  43   {
  44     return hasDescription;
  45   }
  46
  47   public void setHasDescription(boolean hasDescription)
  48   {
  49     this.hasDescription = hasDescription;
  50   }
  51
  52   public String getDescription()
  53   {
  54     return description;
  55   }
  56
  57   public void setDescription(String description)
  58   {
  59     this.description = description;
  60   }
  61
  62   public boolean isHasMinMax()
  63   {
  64     return hasMinMax;
  65   }
  66
  67   public void setHasMinMax(boolean hasMinMax)
  68   {
  69     this.hasMinMax = hasMinMax;
  70   }
  71
  72   public float getMin()
  73   {
  74     return min;
  75   }
  76
  77   public void setMin(float min)
  78   {
  79     this.min = min;
  80   }
  81
  82   public float getMax()
  83   {
  84     return max;
  85   }
  86
  87   public void setMax(float max)
  88   {
  89     this.max = max;
  90   }
  91
  92   float min, max;
  93
  94   public AnnotationRowBuilder(String string)
  95   {
  96     name = string;
  97   }
  98
  99   public AnnotationRowBuilder(String name, float min, float max, TFType tft)
 100   {
 101     this(name, min, max);
 102     setTFType(tft);
 103   }
 104
 105   public AnnotationRowBuilder(String name, float min, float max)
 106   {
 107     this(name);
 108     this.min = min;
 109     this.max = max;
 110     this.hasMinMax = true;
 111   }
 112
 113   /**
 114    * override this to apply some form of transformation to the annotation - eg a
 115    * colourscheme
 116    *
 117    * @param annotation
 118    */
 119   public void processAnnotation(Annotation annotation)
 120   {
 121
 122   }
 123 }