src/jalview/datamodel/features/FeatureSource.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel.features;
  22
  23 import java.util.HashMap;
  24 import java.util.Map;
  25
  26 /**
  27  * A class to model one source of feature data, including metadata about
  28  * attributes of features
  29  *
  30  * @author gmcarstairs
  31  *
  32  */
  33 public class FeatureSource implements FeatureSourceI
  34 {
  35   private String name;
  36
  37   private Map<String, String> attributeNames;
  38
  39   private Map<String, FeatureAttributeType> attributeTypes;
  40
  41   /**
  42    * Constructor
  43    *
  44    * @param theName
  45    */
  46   public FeatureSource(String theName)
  47   {
  48     this.name = theName;
  49     attributeNames = new HashMap<>();
  50     attributeTypes = new HashMap<>();
  51   }
  52
  53   /**
  54    * {@inheritDoc}
  55    */
  56   @Override
  57   public String getName()
  58   {
  59     return name;
  60   }
  61
  62   /**
  63    * {@inheritDoc}
  64    */
  65   @Override
  66   public String getAttributeName(String attributeId)
  67   {
  68     return attributeNames.get(attributeId);
  69   }
  70
  71   /**
  72    * {@inheritDoc}
  73    */
  74   @Override
  75   public FeatureAttributeType getAttributeType(String attributeId)
  76   {
  77     return attributeTypes.get(attributeId);
  78   }
  79
  80   /**
  81    * {@inheritDoc}
  82    */
  83   @Override
  84   public void setAttributeName(String id, String attName)
  85   {
  86     attributeNames.put(id, attName);
  87   }
  88
  89   /**
  90    * {@inheritDoc}
  91    */
  92   @Override
  93   public void setAttributeType(String id, FeatureAttributeType type)
  94   {
  95     attributeTypes.put(id, type);
  96   }
  97
  98 }