src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntry.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel.xdb.embl;
  22
  23 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  24 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  25 import jalview.datamodel.FeatureProperties;
  26 import jalview.datamodel.Mapping;
  27 import jalview.datamodel.Sequence;
  28 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30
  31 import java.util.Enumeration;
  32 import java.util.Hashtable;
  33 import java.util.Iterator;
  34 import java.util.Vector;
  35
  36 public class EmblEntry
  37 {
  38   String accession;
  39
  40   String version;
  41
  42   String taxDivision;
  43
  44   String desc;
  45
  46   String rCreated;
  47
  48   String rLastUpdated;
  49
  50   String lastUpdated;
  51
  52   Vector keywords;
  53
  54   Vector refs;
  55
  56   Vector dbRefs;
  57
  58   Vector features;
  59
  60   EmblSequence sequence;
  61
  62   /**
  63    * @return the accession
  64    */
  65   public String getAccession()
  66   {
  67     return accession;
  68   }
  69
  70   /**
  71    * @param accession
  72    *          the accession to set
  73    */
  74   public void setAccession(String accession)
  75   {
  76     this.accession = accession;
  77   }
  78
  79   /**
  80    * @return the dbRefs
  81    */
  82   public Vector getDbRefs()
  83   {
  84     return dbRefs;
  85   }
  86
  87   /**
  88    * @param dbRefs
  89    *          the dbRefs to set
  90    */
  91   public void setDbRefs(Vector dbRefs)
  92   {
  93     this.dbRefs = dbRefs;
  94   }
  95
  96   /**
  97    * @return the desc
  98    */
  99   public String getDesc()
 100   {
 101     return desc;
 102   }
 103
 104   /**
 105    * @param desc
 106    *          the desc to set
 107    */
 108   public void setDesc(String desc)
 109   {
 110     this.desc = desc;
 111   }
 112
 113   /**
 114    * @return the features
 115    */
 116   public Vector getFeatures()
 117   {
 118     return features;
 119   }
 120
 121   /**
 122    * @param features
 123    *          the features to set
 124    */
 125   public void setFeatures(Vector features)
 126   {
 127     this.features = features;
 128   }
 129
 130   /**
 131    * @return the keywords
 132    */
 133   public Vector getKeywords()
 134   {
 135     return keywords;
 136   }
 137
 138   /**
 139    * @param keywords
 140    *          the keywords to set
 141    */
 142   public void setKeywords(Vector keywords)
 143   {
 144     this.keywords = keywords;
 145   }
 146
 147   /**
 148    * @return the lastUpdated
 149    */
 150   public String getLastUpdated()
 151   {
 152     return lastUpdated;
 153   }
 154
 155   /**
 156    * @param lastUpdated
 157    *          the lastUpdated to set
 158    */
 159   public void setLastUpdated(String lastUpdated)
 160   {
 161     this.lastUpdated = lastUpdated;
 162   }
 163
 164   /**
 165    * @return the refs
 166    */
 167   public Vector getRefs()
 168   {
 169     return refs;
 170   }
 171
 172   /**
 173    * @param refs
 174    *          the refs to set
 175    */
 176   public void setRefs(Vector refs)
 177   {
 178     this.refs = refs;
 179   }
 180
 181   /**
 182    * @return the releaseCreated
 183    */
 184   public String getRCreated()
 185   {
 186     return rCreated;
 187   }
 188
 189   /**
 190    * @param releaseCreated
 191    *          the releaseCreated to set
 192    */
 193   public void setRcreated(String releaseCreated)
 194   {
 195     this.rCreated = releaseCreated;
 196   }
 197
 198   /**
 199    * @return the releaseLastUpdated
 200    */
 201   public String getRLastUpdated()
 202   {
 203     return rLastUpdated;
 204   }
 205
 206   /**
 207    * @param releaseLastUpdated
 208    *          the releaseLastUpdated to set
 209    */
 210   public void setRLastUpdated(String releaseLastUpdated)
 211   {
 212     this.rLastUpdated = releaseLastUpdated;
 213   }
 214
 215   /**
 216    * @return the sequence
 217    */
 218   public EmblSequence getSequence()
 219   {
 220     return sequence;
 221   }
 222
 223   /**
 224    * @param sequence
 225    *          the sequence to set
 226    */
 227   public void setSequence(EmblSequence sequence)
 228   {
 229     this.sequence = sequence;
 230   }
 231
 232   /**
 233    * @return the taxDivision
 234    */
 235   public String getTaxDivision()
 236   {
 237     return taxDivision;
 238   }
 239
 240   /**
 241    * @param taxDivision
 242    *          the taxDivision to set
 243    */
 244   public void setTaxDivision(String taxDivision)
 245   {
 246     this.taxDivision = taxDivision;
 247   }
 248
 249   /**
 250    * @return the version
 251    */
 252   public String getVersion()
 253   {
 254     return version;
 255   }
 256
 257   /**
 258    * @param version
 259    *          the version to set
 260    */
 261   public void setVersion(String version)
 262   {
 263     this.version = version;
 264   }
 265
 266   /*
 267    * EMBL Feature support is limited. The text below is included for the benefit
 268    * of any developer working on improving EMBL feature import in Jalview.
 269    * Extract from EMBL feature specification see
 270    * http://www.embl-ebi.ac.uk/embl/Documentation
 271    * /FT_definitions/feature_table.html 3.5 Location 3.5.1 Purpose
 272    *
 273    * The location indicates the region of the presented sequence which
 274    * corresponds to a feature.
 275    *
 276    * 3.5.2 Format and conventions The location contains at least one sequence
 277    * location descriptor and may contain one or more operators with one or more
 278    * sequence location descriptors. Base numbers refer to the numbering in the
 279    * entry. This numbering designates the first base (5' end) of the presented
 280    * sequence as base 1. Base locations beyond the range of the presented
 281    * sequence may not be used in location descriptors, the only exception being
 282    * location in a remote entry (see 3.5.2.1, e).
 283    *
 284    * Location operators and descriptors are discussed in more detail below.
 285    *
 286    * 3.5.2.1 Location descriptors
 287    *
 288    * The location descriptor can be one of the following: (a) a single base
 289    * number (b) a site between two indicated adjoining bases (c) a single base
 290    * chosen from within a specified range of bases (not allowed for new entries)
 291    * (d) the base numbers delimiting a sequence span (e) a remote entry
 292    * identifier followed by a local location descriptor (i.e., a-d)
 293    *
 294    * A site between two adjoining nucleotides, such as endonucleolytic cleavage
 295    * site, is indicated by listing the two points separated by a carat (^). The
 296    * permitted formats for this descriptor are n^n+1 (for example 55^56), or,
 297    * for circular molecules, n^1, where "n" is the full length of the molecule,
 298    * ie 1000^1 for circular molecule with length 1000.
 299    *
 300    * A single base chosen from a range of bases is indicated by the first base
 301    * number and the last base number of the range separated by a single period
 302    * (e.g., '12.21' indicates a single base taken from between the indicated
 303    * points). From October 2006 the usage of this descriptor is restricted : it
 304    * is illegal to use "a single base from a range" (c) either on its own or in
 305    * combination with the "sequence span" (d) descriptor for newly created
 306    * entries. The existing entries where such descriptors exist are going to be
 307    * retrofitted.
 308    *
 309    * Sequence spans are indicated by the starting base number and the ending
 310    * base number separated by two periods (e.g., '34..456'). The '<' and '>'
 311    * symbols may be used with the starting and ending base numbers to indicate
 312    * that an end point is beyond the specified base number. The starting and
 313    * ending base positions can be represented as distinct base numbers
 314    * ('34..456') or a site between two indicated adjoining bases.
 315    *
 316    * A location in a remote entry (not the entry to which the feature table
 317    * belongs) can be specified by giving the accession-number and sequence
 318    * version of the remote entry, followed by a colon ":", followed by a
 319    * location descriptor which applies to that entry's sequence (i.e.
 320    * J12345.1:1..15, see also examples below)
 321    *
 322    * 3.5.2.2 Operators
 323    *
 324    * The location operator is a prefix that specifies what must be done to the
 325    * indicated sequence to find or construct the location corresponding to the
 326    * feature. A list of operators is given below with their definitions and most
 327    * common format.
 328    *
 329    * complement(location) Find the complement of the presented sequence in the
 330    * span specified by " location" (i.e., read the complement of the presented
 331    * strand in its 5'-to-3' direction)
 332    *
 333    * join(location,location, ... location) The indicated elements should be
 334    * joined (placed end-to-end) to form one contiguous sequence
 335    *
 336    * order(location,location, ... location) The elements can be found in the
 337    * specified order (5' to 3' direction), but nothing is implied about the
 338    * reasonableness about joining them
 339    *
 340    * Note : location operator "complement" can be used in combination with
 341    * either " join" or "order" within the same location; combinations of "join"
 342    * and "order" within the same location (nested operators) are illegal.
 343    *
 344    *
 345    *
 346    * 3.5.3 Location examples
 347    *
 348    * The following is a list of common location descriptors with their meanings:
 349    *
 350    * Location Description
 351    *
 352    * 467 Points to a single base in the presented sequence
 353    *
 354    * 340..565 Points to a continuous range of bases bounded by and including the
 355    * starting and ending bases
 356    *
 357    * <345..500 Indicates that the exact lower boundary point of a feature is
 358    * unknown. The location begins at some base previous to the first base
 359    * specified (which need not be contained in the presented sequence) and
 360    * continues to and includes the ending base
 361    *
 362    * <1..888 The feature starts before the first sequenced base and continues to
 363    * and includes base 888
 364    *
 365    * 1..>888 The feature starts at the first sequenced base and continues beyond
 366    * base 888
 367    *
 368    * 102.110 Indicates that the exact location is unknown but that it is one of
 369    * the bases between bases 102 and 110, inclusive
 370    *
 371    * 123^124 Points to a site between bases 123 and 124
 372    *
 373    * join(12..78,134..202) Regions 12 to 78 and 134 to 202 should be joined to
 374    * form one contiguous sequence
 375    *
 376    *
 377    * complement(34..126) Start at the base complementary to 126 and finish at
 378    * the base complementary to base 34 (the feature is on the strand
 379    * complementary to the presented strand)
 380    *
 381    *
 382    * complement(join(2691..4571,4918..5163)) Joins regions 2691 to 4571 and 4918
 383    * to 5163, then complements the joined segments (the feature is on the strand
 384    * complementary to the presented strand)
 385    *
 386    * join(complement(4918..5163),complement(2691..4571)) Complements regions
 387    * 4918 to 5163 and 2691 to 4571, then joins the complemented segments (the
 388    * feature is on the strand complementary to the presented strand)
 389    *
 390    * J00194.1:100..202 Points to bases 100 to 202, inclusive, in the entry (in
 391    * this database) with primary accession number 'J00194'
 392    *
 393    * join(1..100,J00194.1:100..202) Joins region 1..100 of the existing entry
 394    * with the region 100..202 of remote entry J00194
 395    */
 396   /**
 397    * Recover annotated sequences from EMBL file
 398    *
 399    * @param noNa
 400    *          don't return nucleic acid sequences
 401    * @param sourceDb
 402    *          TODO
 403    * @param noProtein
 404    *          don't return any translated protein sequences marked in features
 405    * @return dataset sequences with DBRefs and features - DNA always comes first
 406    */
 407   public jalview.datamodel.SequenceI[] getSequences(boolean noNa,
 408           boolean noPeptide, String sourceDb)
 409   { // TODO: ensure emblEntry.getSequences behaves correctly for returning all
 410     // cases of noNa and noPeptide
 411     Vector seqs = new Vector();
 412     Sequence dna = null;
 413     if (!noNa)
 414     {
 415       // In theory we still need to create this if noNa is set to avoid a null
 416       // pointer exception
 417       dna = new Sequence(sourceDb + "|" + accession, sequence.getSequence());
 418       dna.setDescription(desc);
 419       DBRefEntry retrievedref = new DBRefEntry(sourceDb, version, accession);
 420       dna.addDBRef(retrievedref);
 421       // add map to indicate the sequence is a valid coordinate frame for the
 422       // dbref
 423       retrievedref.setMap(new Mapping(null, new int[]
 424       { 1, dna.getLength() }, new int[]
 425       { 1, dna.getLength() }, 1, 1));
 426       // TODO: transform EMBL Database refs to canonical form
 427       if (dbRefs != null)
 428         for (Iterator i = dbRefs.iterator(); i.hasNext(); dna
 429                 .addDBRef((DBRefEntry) i.next()))
 430           ;
 431     }
 432     try
 433     {
 434       for (Iterator i = features.iterator(); i.hasNext();)
 435       {
 436         EmblFeature feature = (EmblFeature) i.next();
 437         if (!noNa)
 438         {
 439           if (feature.dbRefs != null && feature.dbRefs.size() > 0)
 440           {
 441             for (Iterator dbr = feature.dbRefs.iterator(); dbr.hasNext(); dna
 442                     .addDBRef((DBRefEntry) dbr.next()))
 443               ;
 444           }
 445         }
 446         if (FeatureProperties.isCodingFeature(sourceDb, feature.getName()))
 447         {
 448           parseCodingFeature(feature, sourceDb, seqs, dna, noPeptide);
 449         }
 450         else
 451         {
 452           // General feature type.
 453           if (!noNa)
 454           {
 455             if (feature.dbRefs != null && feature.dbRefs.size() > 0)
 456             {
 457               for (Iterator dbr = feature.dbRefs.iterator(); dbr.hasNext(); dna
 458                       .addDBRef((DBRefEntry) dbr.next()))
 459                 ;
 460             }
 461           }
 462         }
 463       }
 464     } catch (Exception e)
 465     {
 466       System.err.println("EMBL Record Features parsing error!");
 467       System.err
 468               .println("Please report the following to help@jalview.org :");
 469       System.err.println("EMBL Record " + accession);
 470       System.err.println("Resulted in exception: " + e.getMessage());
 471       e.printStackTrace(System.err);
 472     }
 473     if (!noNa && dna != null)
 474     {
 475       seqs.add(dna);
 476     }
 477     SequenceI[] sqs = new SequenceI[seqs.size()];
 478     for (int i = 0, j = seqs.size(); i < j; i++)
 479     {
 480       sqs[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);
 481       seqs.set(i, null);
 482     }
 483     return sqs;
 484   }
 485
 486   /**
 487    * attempt to extract coding region and product from a feature and properly
 488    * decorate it with annotations.
 489    *
 490    * @param feature
 491    *          coding feature
 492    * @param sourceDb
 493    *          source database for the EMBLXML
 494    * @param seqs
 495    *          place where sequences go
 496    * @param dna
 497    *          parent dna sequence for this record
 498    * @param noPeptide
 499    *          flag for generation of Peptide sequence objects
 500    */
 501   private void parseCodingFeature(EmblFeature feature, String sourceDb,
 502           Vector seqs, Sequence dna, boolean noPeptide)
 503   {
 504     boolean isEmblCdna = sourceDb.equals(DBRefSource.EMBLCDS);
 505     // extract coding region(s)
 506     jalview.datamodel.Mapping map = null;
 507     int[] exon = null;
 508     if (feature.locations != null && feature.locations.size() > 0)
 509     {
 510       for (Enumeration locs = feature.locations.elements(); locs
 511               .hasMoreElements();)
 512       {
 513         EmblFeatureLocations loc = (EmblFeatureLocations) locs
 514                 .nextElement();
 515         int[] se = loc.getElementRanges(accession);
 516         if (exon == null)
 517         {
 518           exon = se;
 519         }
 520         else
 521         {
 522           int[] t = new int[exon.length + se.length];
 523           System.arraycopy(exon, 0, t, 0, exon.length);
 524           System.arraycopy(se, 0, t, exon.length, se.length);
 525           exon = t;
 526         }
 527       }
 528     }
 529     String prseq = null;
 530     String prname = new String();
 531     String prid = null;
 532     Hashtable vals = new Hashtable();
 533     int prstart = 1;
 534     // get qualifiers
 535     if (feature.getQualifiers() != null
 536             && feature.getQualifiers().size() > 0)
 537     {
 538       for (Iterator quals = feature.getQualifiers().iterator(); quals
 539               .hasNext();)
 540       {
 541         Qualifier q = (Qualifier) quals.next();
 542         if (q.getName().equals("translation"))
 543         {
 544           StringBuffer prsq = new StringBuffer(q.getValues()[0]);
 545           int p = prsq.indexOf(" ");
 546           while (p > -1)
 547           {
 548             prsq.deleteCharAt(p);
 549             p = prsq.indexOf(" ", p);
 550           }
 551           prseq = prsq.toString();
 552           prsq = null;
 553
 554         }
 555         else if (q.getName().equals("protein_id"))
 556         {
 557           prid = q.getValues()[0];
 558         }
 559         else if (q.getName().equals("codon_start"))
 560         {
 561           prstart = Integer.parseInt(q.getValues()[0]);
 562         }
 563         else if (q.getName().equals("product"))
 564         {
 565           prname = q.getValues()[0];
 566         }
 567         else
 568         {
 569           // throw anything else into the additional properties hash
 570           String[] s = q.getValues();
 571           StringBuffer sb = new StringBuffer();
 572           if (s != null)
 573           {
 574             for (int i = 0; i < s.length; i++)
 575             {
 576               sb.append(s[i]);
 577               sb.append("\n");
 578             }
 579           }
 580           vals.put(q.getName(), sb.toString());
 581         }
 582       }
 583     }
 584     Sequence product = null;
 585     exon = adjustForPrStart(prstart, exon);
 586
 587     if (prseq != null && prname != null && prid != null)
 588     {
 589       // extract proteins.
 590       product = new Sequence(prid, prseq, 1, prseq.length());
 591       product.setDescription(((prname.length() == 0) ? "Protein Product from "
 592               + sourceDb
 593               : prname));
 594       if (!noPeptide)
 595       {
 596         // Protein is also added to vector of sequences returned
 597         seqs.add(product);
 598       }
 599       // we have everything - create the mapping and perhaps the protein
 600       // sequence
 601       if (exon == null || exon.length == 0)
 602       {
 603         System.err
 604                 .println("Implementation Notice: EMBLCDS records not properly supported yet - Making up the CDNA region of this sequence... may be incorrect ("
 605                         + sourceDb + ":" + getAccession() + ")");
 606         if (prseq.length() * 3 == (1 - prstart + dna.getSequence().length))
 607         {
 608           System.err
 609                   .println("Not allowing for additional stop codon at end of cDNA fragment... !");
 610           // this might occur for CDS sequences where no features are
 611           // marked.
 612           exon = new int[]
 613           { dna.getStart() + (prstart - 1), dna.getEnd() };
 614           map = new jalview.datamodel.Mapping(product, exon, new int[]
 615           { 1, prseq.length() }, 3, 1);
 616         }
 617         if ((prseq.length() + 1) * 3 == (1 - prstart + dna.getSequence().length))
 618         {
 619           System.err
 620                   .println("Allowing for additional stop codon at end of cDNA fragment... will probably cause an error in VAMSAs!");
 621           exon = new int[]
 622           { dna.getStart() + (prstart - 1), dna.getEnd() - 3 };
 623           map = new jalview.datamodel.Mapping(product, exon, new int[]
 624           { 1, prseq.length() }, 3, 1);
 625         }
 626       }
 627       else
 628       {
 629         // Trim the exon mapping if necessary - the given product may only be a
 630         // fragment of a larger protein. (EMBL:AY043181 is an example)
 631
 632         if (isEmblCdna)
 633         {
 634           // TODO: Add a DbRef back to the parent EMBL sequence with the exon
 635           // map
 636           // if given a dataset reference, search dataset for parent EMBL
 637           // sequence if it exists and set its map
 638           // make a new feature annotating the coding contig
 639         }
 640         else
 641         {
 642           // final product length trunctation check
 643
 644           map = new jalview.datamodel.Mapping(product,
 645                   adjustForProteinLength(prseq.length(), exon), new int[]
 646                   { 1, prseq.length() }, 3, 1);
 647           // reconstruct the EMBLCDS entry
 648           // TODO: this is only necessary when there codon annotation is
 649           // complete (I think JBPNote)
 650           DBRefEntry pcdnaref = new DBRefEntry();
 651           pcdnaref.setAccessionId(prid);
 652           pcdnaref.setSource(DBRefSource.EMBLCDS);
 653           pcdnaref.setVersion(getVersion()); // same as parent EMBL version.
 654           jalview.util.MapList mp = new jalview.util.MapList(new int[]
 655           { 1, prseq.length() }, new int[]
 656           { 1 + (prstart - 1), (prstart - 1) + 3 * prseq.length() }, 1, 3);
 657           // { 1 + (prstart - 1) * 3,
 658           // 1 + (prstart - 1) * 3 + prseq.length() * 3 - 1 }, new int[]
 659           // { 1prstart, prstart + prseq.length() - 1 }, 3, 1);
 660           pcdnaref.setMap(new Mapping(mp));
 661           if (product != null)
 662             product.addDBRef(pcdnaref);
 663
 664         }
 665       }
 666       // add cds feature to dna seq - this may include the stop codon
 667       for (int xint = 0; exon != null && xint < exon.length; xint += 2)
 668       {
 669         SequenceFeature sf = new SequenceFeature();
 670         sf.setBegin(exon[xint]);
 671         sf.setEnd(exon[xint + 1]);
 672         sf.setType(feature.getName());
 673         sf.setFeatureGroup(sourceDb);
 674         sf.setDescription("Exon " + (1 + (int) (xint / 2))
 675                 + " for protein '" + prname + "' EMBLCDS:" + prid);
 676         sf.setValue(FeatureProperties.EXONPOS, new Integer(1 + xint));
 677         sf.setValue(FeatureProperties.EXONPRODUCT, prname);
 678         if (vals != null && vals.size() > 0)
 679         {
 680           Enumeration kv = vals.elements();
 681           while (kv.hasMoreElements())
 682           {
 683             Object key = kv.nextElement();
 684             if (key != null)
 685               sf.setValue(key.toString(), vals.get(key));
 686           }
 687         }
 688         dna.addSequenceFeature(sf);
 689       }
 690     }
 691     // add dbRefs to sequence
 692     if (feature.dbRefs != null && feature.dbRefs.size() > 0)
 693     {
 694       for (Iterator dbr = feature.dbRefs.iterator(); dbr.hasNext();)
 695       {
 696         DBRefEntry ref = (DBRefEntry) dbr.next();
 697         ref.setSource(jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(ref
 698                 .getSource()));
 699         // Hard code the kind of protein product accessions that EMBL cite
 700         if (ref.getSource().equals(jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROT))
 701         {
 702           ref.setMap(map);
 703           if (map != null && map.getTo() != null)
 704           {
 705             map.getTo().addDBRef(
 706                     new DBRefEntry(ref.getSource(), ref.getVersion(), ref
 707                             .getAccessionId())); // don't copy map over.
 708             if (map.getTo().getName().indexOf(prid) == 0)
 709             {
 710               map.getTo().setName(
 711                       jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROT + "|"
 712                               + ref.getAccessionId());
 713             }
 714           }
 715         }
 716         if (product != null)
 717         {
 718           DBRefEntry pref = new DBRefEntry(ref.getSource(),
 719                   ref.getVersion(), ref.getAccessionId());
 720           pref.setMap(null); // reference is direct
 721           product.addDBRef(pref);
 722           // Add converse mapping reference
 723           if (map != null)
 724           {
 725             Mapping pmap = new Mapping(dna, map.getMap().getInverse());
 726             pref = new DBRefEntry(sourceDb, getVersion(),
 727                     this.getAccession());
 728             pref.setMap(pmap);
 729             if (map.getTo() != null)
 730             {
 731               map.getTo().addDBRef(pref);
 732             }
 733           }
 734         }
 735         dna.addDBRef(ref);
 736       }
 737     }
 738   }
 739
 740   private int[] adjustForPrStart(int prstart, int[] exon)
 741   {
 742
 743     int origxon[], sxpos = -1;
 744     int sxstart, sxstop; // unnecessary variables used for debugging
 745     // first adjust range for codon start attribute
 746     if (prstart > 1)
 747     {
 748       origxon = new int[exon.length];
 749       System.arraycopy(exon, 0, origxon, 0, exon.length);
 750       int cdspos = 0;
 751       for (int x = 0; x < exon.length && sxpos == -1; x += 2)
 752       {
 753         cdspos += exon[x + 1] - exon[x] + 1;
 754         if (prstart <= cdspos)
 755         {
 756           sxpos = x;
 757           sxstart = exon[x];
 758           sxstop = exon[x + 1];
 759           // and adjust start boundary of first exon.
 760           exon[x] = exon[x + 1] - cdspos + prstart;
 761           break;
 762         }
 763       }
 764
 765       if (sxpos > 0)
 766       {
 767         int[] nxon = new int[exon.length - sxpos];
 768         System.arraycopy(exon, sxpos, nxon, 0, exon.length - sxpos);
 769         exon = nxon;
 770       }
 771     }
 772     return exon;
 773   }
 774
 775   /**
 776    * truncate the last exon interval to the prlength'th codon
 777    *
 778    * @param prlength
 779    * @param exon
 780    * @return new exon
 781    */
 782   private int[] adjustForProteinLength(int prlength, int[] exon)
 783   {
 784
 785     int origxon[], sxpos = -1, endxon = 0, cdslength = prlength * 3;
 786     int sxstart, sxstop; // unnecessary variables used for debugging
 787     // first adjust range for codon start attribute
 788     if (prlength >= 1 && exon != null)
 789     {
 790       origxon = new int[exon.length];
 791       System.arraycopy(exon, 0, origxon, 0, exon.length);
 792       int cdspos = 0;
 793       for (int x = 0; x < exon.length && sxpos == -1; x += 2)
 794       {
 795         cdspos += exon[x + 1] - exon[x] + 1;
 796         if (cdslength <= cdspos)
 797         {
 798           // advanced beyond last codon.
 799           sxpos = x;
 800           sxstart = exon[x];
 801           sxstop = exon[x + 1];
 802           if (cdslength != cdspos)
 803           {
 804             System.err
 805                     .println("Truncating final exon interval on region by "
 806                             + (cdspos - cdslength));
 807           }
 808           // locate the new end boundary of final exon as endxon
 809           endxon = exon[x + 1] - cdspos + cdslength;
 810           break;
 811         }
 812       }
 813
 814       if (sxpos != -1)
 815       {
 816         // and trim the exon interval set if necessary
 817         int[] nxon = new int[sxpos + 2];
 818         System.arraycopy(exon, 0, nxon, 0, sxpos + 2);
 819         nxon[sxpos + 1] = endxon; // update the end boundary for the new exon
 820                                   // set
 821         exon = nxon;
 822       }
 823     }
 824     return exon;
 825   }
 826 }