src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntry.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel.xdb.embl;
  22
  23 import jalview.analysis.SequenceIdMatcher;
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  26 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  27 import jalview.datamodel.FeatureProperties;
  28 import jalview.datamodel.Mapping;
  29 import jalview.datamodel.Sequence;
  30 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.util.DBRefUtils;
  33 import jalview.util.DnaUtils;
  34 import jalview.util.MapList;
  35 import jalview.util.MappingUtils;
  36 import jalview.util.StringUtils;
  37
  38 import java.text.ParseException;
  39 import java.util.Arrays;
  40 import java.util.Hashtable;
  41 import java.util.List;
  42 import java.util.Map;
  43 import java.util.Map.Entry;
  44 import java.util.Vector;
  45 import java.util.regex.Pattern;
  46
  47 /**
  48  * Data model for one entry returned from an EMBL query, as marshalled by a
  49  * Castor binding file
  50  *
  51  * For example:
  52  * http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch?db=ena_sequence&id=J03321
  53  * &format=emblxml
  54  *
  55  * @see embl_mapping.xml
  56  */
  57 public class EmblEntry
  58 {
  59   private static final Pattern SPACE_PATTERN = Pattern.compile(" ");
  60
  61   String accession;
  62
  63   String entryVersion;
  64
  65   String sequenceVersion;
  66
  67   String dataClass;
  68
  69   String moleculeType;
  70
  71   String topology;
  72
  73   String sequenceLength;
  74
  75   String taxonomicDivision;
  76
  77   String description;
  78
  79   String firstPublicDate;
  80
  81   String firstPublicRelease;
  82
  83   String lastUpdatedDate;
  84
  85   String lastUpdatedRelease;
  86
  87   Vector<String> keywords;
  88
  89   Vector<DBRefEntry> dbRefs;
  90
  91   Vector<EmblFeature> features;
  92
  93   EmblSequence sequence;
  94
  95   /**
  96    * @return the accession
  97    */
  98   public String getAccession()
  99   {
 100     return accession;
 101   }
 102
 103   /**
 104    * @param accession
 105    *          the accession to set
 106    */
 107   public void setAccession(String accession)
 108   {
 109     this.accession = accession;
 110   }
 111
 112   /**
 113    * @return the dbRefs
 114    */
 115   public Vector<DBRefEntry> getDbRefs()
 116   {
 117     return dbRefs;
 118   }
 119
 120   /**
 121    * @param dbRefs
 122    *          the dbRefs to set
 123    */
 124   public void setDbRefs(Vector<DBRefEntry> dbRefs)
 125   {
 126     this.dbRefs = dbRefs;
 127   }
 128
 129   /**
 130    * @return the features
 131    */
 132   public Vector<EmblFeature> getFeatures()
 133   {
 134     return features;
 135   }
 136
 137   /**
 138    * @param features
 139    *          the features to set
 140    */
 141   public void setFeatures(Vector<EmblFeature> features)
 142   {
 143     this.features = features;
 144   }
 145
 146   /**
 147    * @return the keywords
 148    */
 149   public Vector<String> getKeywords()
 150   {
 151     return keywords;
 152   }
 153
 154   /**
 155    * @param keywords
 156    *          the keywords to set
 157    */
 158   public void setKeywords(Vector<String> keywords)
 159   {
 160     this.keywords = keywords;
 161   }
 162
 163   /**
 164    * @return the sequence
 165    */
 166   public EmblSequence getSequence()
 167   {
 168     return sequence;
 169   }
 170
 171   /**
 172    * @param sequence
 173    *          the sequence to set
 174    */
 175   public void setSequence(EmblSequence sequence)
 176   {
 177     this.sequence = sequence;
 178   }
 179
 180   /**
 181    * Recover annotated sequences from EMBL file
 182    *
 183    * @param sourceDb
 184    * @param peptides
 185    *          a list of protein products found so far (to add to)
 186    * @return dna dataset sequence with DBRefs and features
 187    */
 188   public SequenceI getSequence(String sourceDb, List<SequenceI> peptides)
 189   {
 190     SequenceI dna = new Sequence(sourceDb + "|" + accession,
 191             sequence.getSequence());
 192     dna.setDescription(description);
 193     DBRefEntry retrievedref = new DBRefEntry(sourceDb,
 194             getSequenceVersion(), accession);
 195     dna.addDBRef(retrievedref);
 196     // add map to indicate the sequence is a valid coordinate frame for the
 197     // dbref
 198     retrievedref.setMap(new Mapping(null, new int[] { 1, dna.getLength() },
 199             new int[] { 1, dna.getLength() }, 1, 1));
 200     // TODO: transform EMBL Database refs to canonical form
 201     if (dbRefs != null)
 202     {
 203       for (DBRefEntry dbref : dbRefs)
 204       {
 205         dna.addDBRef(dbref);
 206       }
 207     }
 208
 209     try
 210     {
 211       for (EmblFeature feature : features)
 212       {
 213         if (feature.dbRefs != null)
 214         {
 215           for (DBRefEntry dbref : feature.dbRefs)
 216           {
 217             dna.addDBRef(dbref);
 218           }
 219         }
 220         if (FeatureProperties.isCodingFeature(sourceDb, feature.getName()))
 221         {
 222           parseCodingFeature(feature, sourceDb, dna, peptides);
 223         }
 224       }
 225     } catch (Exception e)
 226     {
 227       System.err.println("EMBL Record Features parsing error!");
 228       System.err
 229               .println("Please report the following to help@jalview.org :");
 230       System.err.println("EMBL Record " + accession);
 231       System.err.println("Resulted in exception: " + e.getMessage());
 232       e.printStackTrace(System.err);
 233     }
 234
 235     return dna;
 236   }
 237
 238   /**
 239    * Extracts coding region and product from a CDS feature and properly decorate
 240    * it with annotations.
 241    *
 242    * @param feature
 243    *          coding feature
 244    * @param sourceDb
 245    *          source database for the EMBLXML
 246    * @param dna
 247    *          parent dna sequence for this record
 248    * @param peptides
 249    *          list of protein product sequences for Embl entry
 250    */
 251   void parseCodingFeature(EmblFeature feature, String sourceDb,
 252           SequenceI dna, List<SequenceI> peptides)
 253   {
 254     boolean isEmblCdna = sourceDb.equals(DBRefSource.EMBLCDS);
 255
 256     int[] exon = getCdsRanges(feature);
 257
 258     String prseq = null;
 259     String prname = "";
 260     String prid = null;
 261     Map<String, String> vals = new Hashtable<String, String>();
 262     SequenceIdMatcher matcher = new SequenceIdMatcher(peptides);
 263
 264     /*
 265      * codon_start 1/2/3 in EMBL corresponds to phase 0/1/2 in CDS
 266      * (phase is required for CDS features in GFF3 format)
 267      */
 268     int codonStart = 1;
 269
 270     /*
 271      * parse qualifiers, saving protein translation, protein id,
 272      * codon start position, product (name), and 'other values'
 273      */
 274     if (feature.getQualifiers() != null)
 275     {
 276       for (Qualifier q : feature.getQualifiers())
 277       {
 278         String qname = q.getName();
 279         if (qname.equals("translation"))
 280         {
 281           // remove all spaces (precompiled String.replaceAll(" ", ""))
 282           prseq = SPACE_PATTERN.matcher(q.getValues()[0]).replaceAll("");
 283         }
 284         else if (qname.equals("protein_id"))
 285         {
 286           prid = q.getValues()[0];
 287         }
 288         else if (qname.equals("codon_start"))
 289         {
 290           try
 291           {
 292             codonStart = Integer.parseInt(q.getValues()[0]);
 293           } catch (NumberFormatException e)
 294           {
 295             System.err.println("Invalid codon_start in XML for "
 296                     + accession + ": " + e.getMessage());
 297           }
 298         }
 299         else if (qname.equals("product"))
 300         {
 301           // sometimes name is returned e.g. for V00488
 302           prname = q.getValues()[0];
 303         }
 304         else
 305         {
 306           // throw anything else into the additional properties hash
 307           String[] qvals = q.getValues();
 308           if (qvals != null)
 309           {
 310             String commaSeparated = StringUtils.arrayToSeparatorList(qvals,
 311                     ",");
 312             vals.put(qname, commaSeparated);
 313           }
 314         }
 315       }
 316     }
 317
 318     DBRefEntry protEMBLCDS = null;
 319     exon = MappingUtils.removeStartPositions(codonStart - 1, exon);
 320     boolean noProteinDbref = true;
 321
 322     SequenceI product = null;
 323     Mapping map = null;
 324     if (prseq != null && prname != null && prid != null)
 325     {
 326       /*
 327        * look for product in peptides list, if not found, add it
 328        */
 329       product = matcher.findIdMatch(prid);
 330       if (product == null)
 331       {
 332         product = new Sequence(prid, prseq, 1, prseq.length());
 333         product.setDescription(((prname.length() == 0) ? "Protein Product from "
 334                 + sourceDb
 335                 : prname));
 336         peptides.add(product);
 337         matcher.add(product);
 338       }
 339
 340       // we have everything - create the mapping and perhaps the protein
 341       // sequence
 342       if (exon == null || exon.length == 0)
 343       {
 344         System.err
 345                 .println("Implementation Notice: EMBLCDS records not properly supported yet - Making up the CDNA region of this sequence... may be incorrect ("
 346                         + sourceDb + ":" + getAccession() + ")");
 347         if (prseq.length() * 3 == (1 - codonStart + dna.getSequence().length))
 348         {
 349           System.err
 350                   .println("Not allowing for additional stop codon at end of cDNA fragment... !");
 351           // this might occur for CDS sequences where no features are
 352           // marked.
 353           exon = new int[] { dna.getStart() + (codonStart - 1),
 354               dna.getEnd() };
 355           map = new Mapping(product, exon, new int[] { 1, prseq.length() },
 356                   3, 1);
 357         }
 358         if ((prseq.length() + 1) * 3 == (1 - codonStart + dna.getSequence().length))
 359         {
 360           System.err
 361                   .println("Allowing for additional stop codon at end of cDNA fragment... will probably cause an error in VAMSAs!");
 362           exon = new int[] { dna.getStart() + (codonStart - 1),
 363               dna.getEnd() - 3 };
 364           map = new Mapping(product, exon, new int[] { 1, prseq.length() },
 365                   3, 1);
 366         }
 367       }
 368       else
 369       {
 370         // Trim the exon mapping if necessary - the given product may only be a
 371         // fragment of a larger protein. (EMBL:AY043181 is an example)
 372
 373         if (isEmblCdna)
 374         {
 375           // TODO: Add a DbRef back to the parent EMBL sequence with the exon
 376           // map
 377           // if given a dataset reference, search dataset for parent EMBL
 378           // sequence if it exists and set its map
 379           // make a new feature annotating the coding contig
 380         }
 381         else
 382         {
 383           // final product length truncation check
 384           // TODO should from range include stop codon even if not in protein
 385           // in order to include stop codon in CDS sequence (as done for
 386           // Ensembl)?
 387           int[] cdsRanges = adjustForProteinLength(prseq.length(), exon);
 388           map = new Mapping(product, cdsRanges, new int[] { 1,
 389               prseq.length() }, 3, 1);
 390           // reconstruct the EMBLCDS entry
 391           // TODO: this is only necessary when there codon annotation is
 392           // complete (I think JBPNote)
 393           DBRefEntry pcdnaref = new DBRefEntry();
 394           pcdnaref.setAccessionId(prid);
 395           pcdnaref.setSource(DBRefSource.EMBLCDS);
 396           pcdnaref.setVersion(getSequenceVersion()); // same as parent EMBL
 397                                                      // version.
 398           MapList mp = new MapList(new int[] { 1, prseq.length() },
 399                   new int[] { 1 + (codonStart - 1),
 400                       (codonStart - 1) + 3 * prseq.length() }, 1, 3);
 401           pcdnaref.setMap(new Mapping(mp));
 402           if (product != null)
 403           {
 404             product.addDBRef(pcdnaref);
 405             protEMBLCDS = new DBRefEntry(pcdnaref);
 406             protEMBLCDS.setSource(DBRefSource.EMBLCDSProduct);
 407             product.addDBRef(protEMBLCDS);
 408           }
 409         }
 410       }
 411       // add cds feature to dna seq - this may include the stop codon
 412       for (int xint = 0; exon != null && xint < exon.length; xint += 2)
 413       {
 414         SequenceFeature sf = makeCdsFeature(exon, xint, prname, prid, vals,
 415                 codonStart);
 416         sf.setType(feature.getName()); // "CDS"
 417         sf.setEnaLocation(feature.getLocation());
 418         sf.setFeatureGroup(sourceDb);
 419         dna.addSequenceFeature(sf);
 420       }
 421     }
 422
 423     /*
 424      * add dbRefs to sequence, and mappings for Uniprot xrefs
 425      */
 426     if (feature.dbRefs != null)
 427     {
 428       boolean mappingUsed = false;
 429       for (DBRefEntry ref : feature.dbRefs)
 430       {
 431         ref.setSource(DBRefUtils.getCanonicalName(ref.getSource()));
 432         if (ref.getSource().equals(DBRefSource.UNIPROT))
 433         {
 434           String proteinSeqName = DBRefSource.UNIPROT + "|"
 435                   + ref.getAccessionId();
 436           if (map != null && map.getTo() != null)
 437           {
 438             if (mappingUsed)
 439             {
 440               /*
 441                * two or more Uniprot xrefs for the same CDS -
 442                * each needs a distinct Mapping (as to a different sequence)
 443                */
 444               map = new Mapping(map);
 445             }
 446             mappingUsed = true;
 447
 448             /*
 449              * try to locate the protein mapped to (possibly by a
 450              * previous CDS feature)
 451              */
 452             SequenceI proteinSeq = matcher.findIdMatch(proteinSeqName);
 453             if (proteinSeq == null)
 454             {
 455               proteinSeq = new Sequence(proteinSeqName,
 456                       product.getSequenceAsString());
 457               matcher.add(proteinSeq);
 458               peptides.add(proteinSeq);
 459             }
 460             map.setTo(proteinSeq);
 461             map.getTo().addDBRef(
 462                     new DBRefEntry(ref.getSource(), ref.getVersion(), ref
 463                             .getAccessionId()));
 464             ref.setMap(map);
 465           }
 466           noProteinDbref = false;
 467         }
 468         if (product != null)
 469         {
 470           DBRefEntry pref = new DBRefEntry(ref.getSource(),
 471                   ref.getVersion(), ref.getAccessionId());
 472           pref.setMap(null); // reference is direct
 473           product.addDBRef(pref);
 474           // Add converse mapping reference
 475           if (map != null)
 476           {
 477             Mapping pmap = new Mapping(dna, map.getMap().getInverse());
 478             pref = new DBRefEntry(sourceDb, getSequenceVersion(),
 479                     this.getAccession());
 480             pref.setMap(pmap);
 481             if (map.getTo() != null)
 482             {
 483               map.getTo().addDBRef(pref);
 484             }
 485           }
 486         }
 487         dna.addDBRef(ref);
 488       }
 489       if (noProteinDbref && product != null)
 490       {
 491         // add protein coding reference to dna sequence so xref matches
 492         if (protEMBLCDS == null)
 493         {
 494           protEMBLCDS = new DBRefEntry();
 495           protEMBLCDS.setAccessionId(prid);
 496           protEMBLCDS.setSource(DBRefSource.EMBLCDSProduct);
 497           protEMBLCDS.setVersion(getSequenceVersion());
 498           protEMBLCDS
 499                   .setMap(new Mapping(product, map.getMap().getInverse()));
 500         }
 501         product.addDBRef(protEMBLCDS);
 502
 503         // Add converse mapping reference
 504         if (map != null)
 505         {
 506           Mapping pmap = new Mapping(product, protEMBLCDS.getMap().getMap()
 507                   .getInverse());
 508           DBRefEntry ncMap = new DBRefEntry(protEMBLCDS);
 509           ncMap.setMap(pmap);
 510           if (map.getTo() != null)
 511           {
 512             dna.addDBRef(ncMap);
 513           }
 514         }
 515       }
 516     }
 517   }
 518
 519   /**
 520    * Helper method to construct a SequenceFeature for one cds range
 521    *
 522    * @param exons
 523    *          array of cds [start, end, ...] positions
 524    * @param exonStartIndex
 525    *          offset into the exons array
 526    * @param proteinName
 527    * @param proteinAccessionId
 528    * @param vals
 529    *          map of 'miscellaneous values' for feature
 530    * @param codonStart
 531    *          codon start position for CDS (1/2/3, normally 1)
 532    * @return
 533    */
 534   protected SequenceFeature makeCdsFeature(int[] exons, int exonStartIndex,
 535           String proteinName, String proteinAccessionId,
 536           Map<String, String> vals, int codonStart)
 537   {
 538     int exonNumber = exonStartIndex / 2 + 1;
 539     SequenceFeature sf = new SequenceFeature();
 540     sf.setBegin(Math.min(exons[exonStartIndex], exons[exonStartIndex + 1]));
 541     sf.setEnd(Math.max(exons[exonStartIndex], exons[exonStartIndex + 1]));
 542     sf.setDescription(String.format("Exon %d for protein '%s' EMBLCDS:%s",
 543             exonNumber, proteinName, proteinAccessionId));
 544     sf.setPhase(String.valueOf(codonStart - 1));
 545     sf.setStrand(exons[exonStartIndex] <= exons[exonStartIndex + 1] ? "+"
 546             : "-");
 547     sf.setValue(FeatureProperties.EXONPOS, exonNumber);
 548     sf.setValue(FeatureProperties.EXONPRODUCT, proteinName);
 549     if (!vals.isEmpty())
 550     {
 551       StringBuilder sb = new StringBuilder();
 552       boolean first = true;
 553       for (Entry<String, String> val : vals.entrySet())
 554       {
 555         if (!first)
 556         {
 557           sb.append(";");
 558         }
 559         sb.append(val.getKey()).append("=").append(val.getValue());
 560         first = false;
 561         sf.setValue(val.getKey(), val.getValue());
 562       }
 563       sf.setAttributes(sb.toString());
 564     }
 565     return sf;
 566   }
 567
 568   /**
 569    * Returns the CDS positions as a single array of [start, end, start, end...]
 570    * positions. If on the reverse strand, these will be in descending order.
 571    *
 572    * @param feature
 573    * @return
 574    */
 575   protected int[] getCdsRanges(EmblFeature feature)
 576   {
 577     if (feature.location == null)
 578     {
 579       return new int[] {};
 580     }
 581
 582     try
 583     {
 584       List<int[]> ranges = DnaUtils.parseLocation(feature.location);
 585       return listToArray(ranges);
 586     } catch (ParseException e)
 587     {
 588       Cache.log.warn(String.format(
 589               "Not parsing inexact CDS location %s in ENA %s",
 590               feature.location, this.accession));
 591       return new int[] {};
 592     }
 593   }
 594
 595   /**
 596    * Converts a list of [start, end] ranges to a single array of [start, end,
 597    * start, end ...]
 598    *
 599    * @param ranges
 600    * @return
 601    */
 602   int[] listToArray(List<int[]> ranges)
 603   {
 604     int[] result = new int[ranges.size() * 2];
 605     int i = 0;
 606     for (int[] range : ranges)
 607     {
 608       result[i++] = range[0];
 609       result[i++] = range[1];
 610     }
 611     return result;
 612   }
 613
 614   /**
 615    * truncate the last exon interval to the prlength'th codon
 616    *
 617    * @param prlength
 618    * @param exon
 619    * @return new exon
 620    */
 621   static int[] adjustForProteinLength(int prlength, int[] exon)
 622   {
 623     if (prlength <= 0 || exon == null)
 624     {
 625       return exon;
 626     }
 627     int desiredCdsLength = prlength * 3;
 628     int exonLength = MappingUtils.getLength(Arrays.asList(exon));
 629
 630     /*
 631      * assuming here exon might include stop codon in addition to protein codons
 632      */
 633     if (desiredCdsLength == exonLength
 634             || desiredCdsLength == exonLength - 3)
 635     {
 636       return exon;
 637     }
 638
 639     int origxon[];
 640     int sxpos = -1;
 641     int endxon = 0;
 642     origxon = new int[exon.length];
 643     System.arraycopy(exon, 0, origxon, 0, exon.length);
 644     int cdspos = 0;
 645     for (int x = 0; x < exon.length; x += 2)
 646     {
 647       cdspos += Math.abs(exon[x + 1] - exon[x]) + 1;
 648       if (desiredCdsLength <= cdspos)
 649       {
 650         // advanced beyond last codon.
 651         sxpos = x;
 652         if (desiredCdsLength != cdspos)
 653         {
 654           // System.err
 655           // .println("Truncating final exon interval on region by "
 656           // + (cdspos - cdslength));
 657         }
 658
 659         /*
 660          * shrink the final exon - reduce end position if forward
 661          * strand, increase it if reverse
 662          */
 663         if (exon[x + 1] >= exon[x])
 664         {
 665           endxon = exon[x + 1] - cdspos + desiredCdsLength;
 666         }
 667         else
 668         {
 669           endxon = exon[x + 1] + cdspos - desiredCdsLength;
 670         }
 671         break;
 672       }
 673     }
 674
 675     if (sxpos != -1)
 676     {
 677       // and trim the exon interval set if necessary
 678       int[] nxon = new int[sxpos + 2];
 679       System.arraycopy(exon, 0, nxon, 0, sxpos + 2);
 680       nxon[sxpos + 1] = endxon; // update the end boundary for the new exon
 681                                 // set
 682       exon = nxon;
 683     }
 684     return exon;
 685   }
 686
 687   public String getSequenceVersion()
 688   {
 689     return sequenceVersion;
 690   }
 691
 692   public void setSequenceVersion(String sequenceVersion)
 693   {
 694     this.sequenceVersion = sequenceVersion;
 695   }
 696
 697   public String getSequenceLength()
 698   {
 699     return sequenceLength;
 700   }
 701
 702   public void setSequenceLength(String sequenceLength)
 703   {
 704     this.sequenceLength = sequenceLength;
 705   }
 706
 707   public String getEntryVersion()
 708   {
 709     return entryVersion;
 710   }
 711
 712   public void setEntryVersion(String entryVersion)
 713   {
 714     this.entryVersion = entryVersion;
 715   }
 716
 717   public String getMoleculeType()
 718   {
 719     return moleculeType;
 720   }
 721
 722   public void setMoleculeType(String moleculeType)
 723   {
 724     this.moleculeType = moleculeType;
 725   }
 726
 727   public String getTopology()
 728   {
 729     return topology;
 730   }
 731
 732   public void setTopology(String topology)
 733   {
 734     this.topology = topology;
 735   }
 736
 737   public String getTaxonomicDivision()
 738   {
 739     return taxonomicDivision;
 740   }
 741
 742   public void setTaxonomicDivision(String taxonomicDivision)
 743   {
 744     this.taxonomicDivision = taxonomicDivision;
 745   }
 746
 747   public String getDescription()
 748   {
 749     return description;
 750   }
 751
 752   public void setDescription(String description)
 753   {
 754     this.description = description;
 755   }
 756
 757   public String getFirstPublicDate()
 758   {
 759     return firstPublicDate;
 760   }
 761
 762   public void setFirstPublicDate(String firstPublicDate)
 763   {
 764     this.firstPublicDate = firstPublicDate;
 765   }
 766
 767   public String getFirstPublicRelease()
 768   {
 769     return firstPublicRelease;
 770   }
 771
 772   public void setFirstPublicRelease(String firstPublicRelease)
 773   {
 774     this.firstPublicRelease = firstPublicRelease;
 775   }
 776
 777   public String getLastUpdatedDate()
 778   {
 779     return lastUpdatedDate;
 780   }
 781
 782   public void setLastUpdatedDate(String lastUpdatedDate)
 783   {
 784     this.lastUpdatedDate = lastUpdatedDate;
 785   }
 786
 787   public String getLastUpdatedRelease()
 788   {
 789     return lastUpdatedRelease;
 790   }
 791
 792   public void setLastUpdatedRelease(String lastUpdatedRelease)
 793   {
 794     this.lastUpdatedRelease = lastUpdatedRelease;
 795   }
 796
 797   public String getDataClass()
 798   {
 799     return dataClass;
 800   }
 801
 802   public void setDataClass(String dataClass)
 803   {
 804     this.dataClass = dataClass;
 805   }
 806 }