src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntry.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel.xdb.embl;
  22
  23 import jalview.analysis.SequenceIdMatcher;
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  26 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  27 import jalview.datamodel.FeatureProperties;
  28 import jalview.datamodel.Mapping;
  29 import jalview.datamodel.Sequence;
  30 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.util.DBRefUtils;
  33 import jalview.util.DnaUtils;
  34 import jalview.util.MapList;
  35 import jalview.util.MappingUtils;
  36 import jalview.util.StringUtils;
  37
  38 import java.text.ParseException;
  39 import java.util.Arrays;
  40 import java.util.Hashtable;
  41 import java.util.List;
  42 import java.util.Map;
  43 import java.util.Map.Entry;
  44 import java.util.Vector;
  45 import java.util.regex.Pattern;
  46
  47 /**
  48  * Data model for one entry returned from an EMBL query, as marshalled by a
  49  * Castor binding file
  50  *
  51  * For example:
  52  * http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch?db=ena_sequence&id=J03321
  53  * &format=emblxml
  54  *
  55  * @see embl_mapping.xml
  56  */
  57 public class EmblEntry
  58 {
  59   private static final Pattern SPACE_PATTERN = Pattern.compile(" ");
  60
  61   String accession;
  62
  63   String entryVersion;
  64
  65   String sequenceVersion;
  66
  67   String dataClass;
  68
  69   String moleculeType;
  70
  71   String topology;
  72
  73   String sequenceLength;
  74
  75   String taxonomicDivision;
  76
  77   String description;
  78
  79   String firstPublicDate;
  80
  81   String firstPublicRelease;
  82
  83   String lastUpdatedDate;
  84
  85   String lastUpdatedRelease;
  86
  87   Vector<String> keywords;
  88
  89   Vector<DBRefEntry> dbRefs;
  90
  91   Vector<EmblFeature> features;
  92
  93   EmblSequence sequence;
  94
  95   /**
  96    * @return the accession
  97    */
  98   public String getAccession()
  99   {
 100     return accession;
 101   }
 102
 103   /**
 104    * @param accession
 105    *          the accession to set
 106    */
 107   public void setAccession(String accession)
 108   {
 109     this.accession = accession;
 110   }
 111
 112   /**
 113    * @return the dbRefs
 114    */
 115   public Vector<DBRefEntry> getDbRefs()
 116   {
 117     return dbRefs;
 118   }
 119
 120   /**
 121    * @param dbRefs
 122    *          the dbRefs to set
 123    */
 124   public void setDbRefs(Vector<DBRefEntry> dbRefs)
 125   {
 126     this.dbRefs = dbRefs;
 127   }
 128
 129   /**
 130    * @return the features
 131    */
 132   public Vector<EmblFeature> getFeatures()
 133   {
 134     return features;
 135   }
 136
 137   /**
 138    * @param features
 139    *          the features to set
 140    */
 141   public void setFeatures(Vector<EmblFeature> features)
 142   {
 143     this.features = features;
 144   }
 145
 146   /**
 147    * @return the keywords
 148    */
 149   public Vector<String> getKeywords()
 150   {
 151     return keywords;
 152   }
 153
 154   /**
 155    * @param keywords
 156    *          the keywords to set
 157    */
 158   public void setKeywords(Vector<String> keywords)
 159   {
 160     this.keywords = keywords;
 161   }
 162
 163   /**
 164    * @return the sequence
 165    */
 166   public EmblSequence getSequence()
 167   {
 168     return sequence;
 169   }
 170
 171   /**
 172    * @param sequence
 173    *          the sequence to set
 174    */
 175   public void setSequence(EmblSequence sequence)
 176   {
 177     this.sequence = sequence;
 178   }
 179
 180   /**
 181    * Recover annotated sequences from EMBL file
 182    *
 183    * @param sourceDb
 184    * @param peptides
 185    *          a list of protein products found so far (to add to)
 186    * @return dna dataset sequence with DBRefs and features
 187    */
 188   public SequenceI getSequence(String sourceDb, List<SequenceI> peptides)
 189   {
 190     SequenceI dna = makeSequence(sourceDb);
 191     dna.setDescription(description);
 192     DBRefEntry retrievedref = new DBRefEntry(sourceDb,
 193             getSequenceVersion(), accession);
 194     dna.addDBRef(retrievedref);
 195     // add map to indicate the sequence is a valid coordinate frame for the
 196     // dbref
 197     retrievedref.setMap(new Mapping(null, new int[] { 1, dna.getLength() },
 198             new int[] { 1, dna.getLength() }, 1, 1));
 199
 200
 201     /*
 202      * transform EMBL Database refs to canonical form
 203      */
 204     if (dbRefs != null)
 205     {
 206       for (DBRefEntry dbref : dbRefs)
 207       {
 208         dbref.setSource(DBRefUtils.getCanonicalName(dbref.getSource()));
 209         dna.addDBRef(dbref);
 210       }
 211     }
 212
 213     SequenceIdMatcher matcher = new SequenceIdMatcher(peptides);
 214     try
 215     {
 216       for (EmblFeature feature : features)
 217       {
 218         if (FeatureProperties.isCodingFeature(sourceDb, feature.getName()))
 219         {
 220           parseCodingFeature(feature, sourceDb, dna, peptides, matcher);
 221         }
 222       }
 223     } catch (Exception e)
 224     {
 225       System.err.println("EMBL Record Features parsing error!");
 226       System.err
 227               .println("Please report the following to help@jalview.org :");
 228       System.err.println("EMBL Record " + accession);
 229       System.err.println("Resulted in exception: " + e.getMessage());
 230       e.printStackTrace(System.err);
 231     }
 232
 233     return dna;
 234   }
 235
 236   /**
 237    * @param sourceDb
 238    * @return
 239    */
 240   SequenceI makeSequence(String sourceDb)
 241   {
 242     SequenceI dna = new Sequence(sourceDb + "|" + accession,
 243             sequence.getSequence());
 244     return dna;
 245   }
 246
 247   /**
 248    * Extracts coding region and product from a CDS feature and properly decorate
 249    * it with annotations.
 250    *
 251    * @param feature
 252    *          coding feature
 253    * @param sourceDb
 254    *          source database for the EMBLXML
 255    * @param dna
 256    *          parent dna sequence for this record
 257    * @param peptides
 258    *          list of protein product sequences for Embl entry
 259    * @param matcher
 260    *          helper to match xrefs in already retrieved sequences
 261    */
 262   void parseCodingFeature(EmblFeature feature, String sourceDb,
 263           SequenceI dna, List<SequenceI> peptides, SequenceIdMatcher matcher)
 264   {
 265     boolean isEmblCdna = sourceDb.equals(DBRefSource.EMBLCDS);
 266
 267     int[] exons = getCdsRanges(feature);
 268
 269     String translation = null;
 270     String proteinName = "";
 271     String proteinId = null;
 272     Map<String, String> vals = new Hashtable<String, String>();
 273
 274     /*
 275      * codon_start 1/2/3 in EMBL corresponds to phase 0/1/2 in CDS
 276      * (phase is required for CDS features in GFF3 format)
 277      */
 278     int codonStart = 1;
 279
 280     /*
 281      * parse qualifiers, saving protein translation, protein id,
 282      * codon start position, product (name), and 'other values'
 283      */
 284     if (feature.getQualifiers() != null)
 285     {
 286       for (Qualifier q : feature.getQualifiers())
 287       {
 288         String qname = q.getName();
 289         if (qname.equals("translation"))
 290         {
 291           // remove all spaces (precompiled String.replaceAll(" ", ""))
 292           translation = SPACE_PATTERN.matcher(q.getValues()[0]).replaceAll("");
 293         }
 294         else if (qname.equals("protein_id"))
 295         {
 296           proteinId = q.getValues()[0].trim();
 297         }
 298         else if (qname.equals("codon_start"))
 299         {
 300           try
 301           {
 302             codonStart = Integer.parseInt(q.getValues()[0].trim());
 303           } catch (NumberFormatException e)
 304           {
 305             System.err.println("Invalid codon_start in XML for "
 306                     + accession + ": " + e.getMessage());
 307           }
 308         }
 309         else if (qname.equals("product"))
 310         {
 311           // sometimes name is returned e.g. for V00488
 312           proteinName = q.getValues()[0].trim();
 313         }
 314         else
 315         {
 316           // throw anything else into the additional properties hash
 317           String[] qvals = q.getValues();
 318           if (qvals != null)
 319           {
 320             String commaSeparated = StringUtils.arrayToSeparatorList(qvals,
 321                     ",");
 322             vals.put(qname, commaSeparated);
 323           }
 324         }
 325       }
 326     }
 327
 328     DBRefEntry proteinToEmblProteinRef = null;
 329     exons = MappingUtils.removeStartPositions(codonStart - 1, exons);
 330
 331     SequenceI product = null;
 332     Mapping dnaToProteinMapping = null;
 333     if (translation != null && proteinName != null && proteinId != null)
 334     {
 335       int translationLength = translation.length();
 336
 337       /*
 338        * look for product in peptides list, if not found, add it
 339        */
 340       product = matcher.findIdMatch(proteinId);
 341       if (product == null)
 342       {
 343         product = new Sequence(proteinId, translation, 1, translationLength);
 344         product.setDescription(((proteinName.length() == 0) ? "Protein Product from "
 345                 + sourceDb
 346                 : proteinName));
 347         peptides.add(product);
 348         matcher.add(product);
 349       }
 350
 351       // we have everything - create the mapping and perhaps the protein
 352       // sequence
 353       if (exons == null || exons.length == 0)
 354       {
 355         /*
 356          * workaround until we handle dna location for CDS sequence
 357          * e.g. location="X53828.1:60..1058" correctly
 358          */
 359         System.err
 360                 .println("Implementation Notice: EMBLCDS records not properly supported yet - Making up the CDNA region of this sequence... may be incorrect ("
 361                         + sourceDb + ":" + getAccession() + ")");
 362         if (translationLength * 3 == (1 - codonStart + dna.getSequence().length))
 363         {
 364           System.err
 365                   .println("Not allowing for additional stop codon at end of cDNA fragment... !");
 366           // this might occur for CDS sequences where no features are marked
 367           exons = new int[] { dna.getStart() + (codonStart - 1),
 368               dna.getEnd() };
 369           dnaToProteinMapping = new Mapping(product, exons, new int[] { 1,
 370               translationLength }, 3, 1);
 371         }
 372         if ((translationLength + 1) * 3 == (1 - codonStart + dna
 373                 .getSequence().length))
 374         {
 375           System.err
 376                   .println("Allowing for additional stop codon at end of cDNA fragment... will probably cause an error in VAMSAs!");
 377           exons = new int[] { dna.getStart() + (codonStart - 1),
 378               dna.getEnd() - 3 };
 379           dnaToProteinMapping = new Mapping(product, exons, new int[] { 1,
 380               translationLength }, 3, 1);
 381         }
 382       }
 383       else
 384       {
 385         // Trim the exon mapping if necessary - the given product may only be a
 386         // fragment of a larger protein. (EMBL:AY043181 is an example)
 387
 388         if (isEmblCdna)
 389         {
 390           // TODO: Add a DbRef back to the parent EMBL sequence with the exon
 391           // map
 392           // if given a dataset reference, search dataset for parent EMBL
 393           // sequence if it exists and set its map
 394           // make a new feature annotating the coding contig
 395         }
 396         else
 397         {
 398           // final product length truncation check
 399           int[] cdsRanges = adjustForProteinLength(translationLength, exons);
 400           dnaToProteinMapping = new Mapping(product, cdsRanges, new int[] {
 401               1, translationLength }, 3, 1);
 402           if (product != null)
 403           {
 404             /*
 405              * make xref with mapping from protein to EMBL dna
 406              */
 407             DBRefEntry proteinToEmblRef = new DBRefEntry(DBRefSource.EMBL,
 408                     getSequenceVersion(), proteinId, new Mapping(
 409                             dnaToProteinMapping.getMap().getInverse()));
 410             product.addDBRef(proteinToEmblRef);
 411
 412             /*
 413              * make xref from protein to EMBLCDS; we assume here that the
 414              * CDS sequence version is same as dna sequence (?!)
 415              */
 416             MapList proteinToCdsMapList = new MapList(new int[] { 1,
 417                 translationLength }, new int[] { 1 + (codonStart - 1),
 418                 (codonStart - 1) + 3 * translationLength }, 1, 3);
 419             DBRefEntry proteinToEmblCdsRef = new DBRefEntry(
 420                     DBRefSource.EMBLCDS, getSequenceVersion(), proteinId,
 421                     new Mapping(proteinToCdsMapList));
 422             product.addDBRef(proteinToEmblCdsRef);
 423
 424             /*
 425              * make 'direct' xref from protein to EMBLCDSPROTEIN
 426              */
 427             proteinToEmblProteinRef = new DBRefEntry(proteinToEmblCdsRef);
 428             proteinToEmblProteinRef.setSource(DBRefSource.EMBLCDSProduct);
 429             proteinToEmblProteinRef.setMap(null);
 430             product.addDBRef(proteinToEmblProteinRef);
 431           }
 432         }
 433       }
 434
 435       /*
 436        * add cds features to dna sequence
 437        */
 438       for (int xint = 0; exons != null && xint < exons.length; xint += 2)
 439       {
 440         SequenceFeature sf = makeCdsFeature(exons, xint, proteinName,
 441                 proteinId, vals, codonStart);
 442         sf.setType(feature.getName()); // "CDS"
 443         sf.setEnaLocation(feature.getLocation());
 444         sf.setFeatureGroup(sourceDb);
 445         dna.addSequenceFeature(sf);
 446       }
 447     }
 448
 449     /*
 450      * add feature dbRefs to sequence, and mappings for Uniprot xrefs
 451      */
 452     boolean hasUniprotDbref = false;
 453     if (feature.dbRefs != null)
 454     {
 455       boolean mappingUsed = false;
 456       for (DBRefEntry ref : feature.dbRefs)
 457       {
 458         /*
 459          * ensure UniProtKB/Swiss-Prot converted to UNIPROT
 460          */
 461         String source = DBRefUtils.getCanonicalName(ref.getSource());
 462         ref.setSource(source);
 463         DBRefEntry proteinDbRef = new DBRefEntry(ref.getSource(), ref.getVersion(), ref
 464                 .getAccessionId());
 465         if (source.equals(DBRefSource.UNIPROT))
 466         {
 467           String proteinSeqName = DBRefSource.UNIPROT + "|"
 468                   + ref.getAccessionId();
 469           if (dnaToProteinMapping != null && dnaToProteinMapping.getTo() != null)
 470           {
 471             if (mappingUsed)
 472             {
 473               /*
 474                * two or more Uniprot xrefs for the same CDS -
 475                * each needs a distinct Mapping (as to a different sequence)
 476                */
 477               dnaToProteinMapping = new Mapping(dnaToProteinMapping);
 478             }
 479             mappingUsed = true;
 480
 481             /*
 482              * try to locate the protein mapped to (possibly by a
 483              * previous CDS feature); if not found, construct it from
 484              * the EMBL translation
 485              */
 486             SequenceI proteinSeq = matcher.findIdMatch(proteinSeqName);
 487             if (proteinSeq == null)
 488             {
 489               proteinSeq = new Sequence(proteinSeqName,
 490                       product.getSequenceAsString());
 491               matcher.add(proteinSeq);
 492               peptides.add(proteinSeq);
 493             }
 494             dnaToProteinMapping.setTo(proteinSeq);
 495             dnaToProteinMapping.setMappedFromId(proteinId);
 496             proteinSeq.addDBRef(proteinDbRef);
 497             ref.setMap(dnaToProteinMapping);
 498           }
 499           hasUniprotDbref = true;
 500         }
 501         if (product != null)
 502         {
 503           /*
 504            * copy feature dbref to our protein product
 505            */
 506           DBRefEntry pref = proteinDbRef;
 507           pref.setMap(null); // reference is direct
 508           product.addDBRef(pref);
 509           // Add converse mapping reference
 510           if (dnaToProteinMapping != null)
 511           {
 512             Mapping pmap = new Mapping(dna, dnaToProteinMapping.getMap()
 513                     .getInverse());
 514             pref = new DBRefEntry(sourceDb, getSequenceVersion(),
 515                     this.getAccession());
 516             pref.setMap(pmap);
 517             if (dnaToProteinMapping.getTo() != null)
 518             {
 519               dnaToProteinMapping.getTo().addDBRef(pref);
 520             }
 521           }
 522         }
 523         dna.addDBRef(ref);
 524       }
 525     }
 526
 527     /*
 528      * if we have a product (translation) but no explicit Uniprot dbref
 529      * (example: EMBL AAFI02000057 protein_id EAL65544.1)
 530      * then construct mappings to an assumed EMBLCDSPROTEIN accession
 531      */
 532     if (!hasUniprotDbref && product != null)
 533     {
 534       if (proteinToEmblProteinRef == null)
 535       {
 536         // assuming CDSPROTEIN sequence version = dna version (?!)
 537         proteinToEmblProteinRef = new DBRefEntry(
 538                 DBRefSource.EMBLCDSProduct, getSequenceVersion(), proteinId);
 539       }
 540       product.addDBRef(proteinToEmblProteinRef);
 541
 542       if (dnaToProteinMapping != null
 543               && dnaToProteinMapping.getTo() != null)
 544       {
 545         DBRefEntry dnaToEmblProteinRef = new DBRefEntry(
 546                 DBRefSource.EMBLCDSProduct, getSequenceVersion(), proteinId);
 547         dnaToEmblProteinRef.setMap(dnaToProteinMapping);
 548         dnaToProteinMapping.setMappedFromId(proteinId);
 549         dna.addDBRef(dnaToEmblProteinRef);
 550       }
 551     }
 552   }
 553
 554   /**
 555    * Helper method to construct a SequenceFeature for one cds range
 556    *
 557    * @param exons
 558    *          array of cds [start, end, ...] positions
 559    * @param exonStartIndex
 560    *          offset into the exons array
 561    * @param proteinName
 562    * @param proteinAccessionId
 563    * @param vals
 564    *          map of 'miscellaneous values' for feature
 565    * @param codonStart
 566    *          codon start position for CDS (1/2/3, normally 1)
 567    * @return
 568    */
 569   protected SequenceFeature makeCdsFeature(int[] exons, int exonStartIndex,
 570           String proteinName, String proteinAccessionId,
 571           Map<String, String> vals, int codonStart)
 572   {
 573     int exonNumber = exonStartIndex / 2 + 1;
 574     SequenceFeature sf = new SequenceFeature();
 575     sf.setBegin(Math.min(exons[exonStartIndex], exons[exonStartIndex + 1]));
 576     sf.setEnd(Math.max(exons[exonStartIndex], exons[exonStartIndex + 1]));
 577     sf.setDescription(String.format("Exon %d for protein '%s' EMBLCDS:%s",
 578             exonNumber, proteinName, proteinAccessionId));
 579     sf.setPhase(String.valueOf(codonStart - 1));
 580     sf.setStrand(exons[exonStartIndex] <= exons[exonStartIndex + 1] ? "+"
 581             : "-");
 582     sf.setValue(FeatureProperties.EXONPOS, exonNumber);
 583     sf.setValue(FeatureProperties.EXONPRODUCT, proteinName);
 584     if (!vals.isEmpty())
 585     {
 586       StringBuilder sb = new StringBuilder();
 587       boolean first = true;
 588       for (Entry<String, String> val : vals.entrySet())
 589       {
 590         if (!first)
 591         {
 592           sb.append(";");
 593         }
 594         sb.append(val.getKey()).append("=").append(val.getValue());
 595         first = false;
 596         sf.setValue(val.getKey(), val.getValue());
 597       }
 598       sf.setAttributes(sb.toString());
 599     }
 600     return sf;
 601   }
 602
 603   /**
 604    * Returns the CDS positions as a single array of [start, end, start, end...]
 605    * positions. If on the reverse strand, these will be in descending order.
 606    *
 607    * @param feature
 608    * @return
 609    */
 610   protected int[] getCdsRanges(EmblFeature feature)
 611   {
 612     if (feature.location == null)
 613     {
 614       return new int[] {};
 615     }
 616
 617     try
 618     {
 619       List<int[]> ranges = DnaUtils.parseLocation(feature.location);
 620       return listToArray(ranges);
 621     } catch (ParseException e)
 622     {
 623       Cache.log.warn(String.format(
 624               "Not parsing inexact CDS location %s in ENA %s",
 625               feature.location, this.accession));
 626       return new int[] {};
 627     }
 628   }
 629
 630   /**
 631    * Converts a list of [start, end] ranges to a single array of [start, end,
 632    * start, end ...]
 633    *
 634    * @param ranges
 635    * @return
 636    */
 637   int[] listToArray(List<int[]> ranges)
 638   {
 639     int[] result = new int[ranges.size() * 2];
 640     int i = 0;
 641     for (int[] range : ranges)
 642     {
 643       result[i++] = range[0];
 644       result[i++] = range[1];
 645     }
 646     return result;
 647   }
 648
 649   /**
 650    * Truncates (if necessary) the exon intervals to match 3 times the length of
 651    * the protein; also accepts 3 bases longer (for stop codon not included in
 652    * protein)
 653    *
 654    * @param proteinLength
 655    * @param exon
 656    *          an array of [start, end, start, end...] intervals
 657    * @return the same array (if unchanged) or a truncated copy
 658    */
 659   static int[] adjustForProteinLength(int proteinLength, int[] exon)
 660   {
 661     if (proteinLength <= 0 || exon == null)
 662     {
 663       return exon;
 664     }
 665     int expectedCdsLength = proteinLength * 3;
 666     int exonLength = MappingUtils.getLength(Arrays.asList(exon));
 667
 668     /*
 669      * if exon length matches protein, or is shorter, or longer by the
 670      * length of a stop codon (3 bases), then leave it unchanged
 671      */
 672     if (expectedCdsLength >= exonLength
 673             || expectedCdsLength == exonLength - 3)
 674     {
 675       return exon;
 676     }
 677
 678     int origxon[];
 679     int sxpos = -1;
 680     int endxon = 0;
 681     origxon = new int[exon.length];
 682     System.arraycopy(exon, 0, origxon, 0, exon.length);
 683     int cdspos = 0;
 684     for (int x = 0; x < exon.length; x += 2)
 685     {
 686       cdspos += Math.abs(exon[x + 1] - exon[x]) + 1;
 687       if (expectedCdsLength <= cdspos)
 688       {
 689         // advanced beyond last codon.
 690         sxpos = x;
 691         if (expectedCdsLength != cdspos)
 692         {
 693           // System.err
 694           // .println("Truncating final exon interval on region by "
 695           // + (cdspos - cdslength));
 696         }
 697
 698         /*
 699          * shrink the final exon - reduce end position if forward
 700          * strand, increase it if reverse
 701          */
 702         if (exon[x + 1] >= exon[x])
 703         {
 704           endxon = exon[x + 1] - cdspos + expectedCdsLength;
 705         }
 706         else
 707         {
 708           endxon = exon[x + 1] + cdspos - expectedCdsLength;
 709         }
 710         break;
 711       }
 712     }
 713
 714     if (sxpos != -1)
 715     {
 716       // and trim the exon interval set if necessary
 717       int[] nxon = new int[sxpos + 2];
 718       System.arraycopy(exon, 0, nxon, 0, sxpos + 2);
 719       nxon[sxpos + 1] = endxon; // update the end boundary for the new exon
 720                                 // set
 721       exon = nxon;
 722     }
 723     return exon;
 724   }
 725
 726   public String getSequenceVersion()
 727   {
 728     return sequenceVersion;
 729   }
 730
 731   public void setSequenceVersion(String sequenceVersion)
 732   {
 733     this.sequenceVersion = sequenceVersion;
 734   }
 735
 736   public String getSequenceLength()
 737   {
 738     return sequenceLength;
 739   }
 740
 741   public void setSequenceLength(String sequenceLength)
 742   {
 743     this.sequenceLength = sequenceLength;
 744   }
 745
 746   public String getEntryVersion()
 747   {
 748     return entryVersion;
 749   }
 750
 751   public void setEntryVersion(String entryVersion)
 752   {
 753     this.entryVersion = entryVersion;
 754   }
 755
 756   public String getMoleculeType()
 757   {
 758     return moleculeType;
 759   }
 760
 761   public void setMoleculeType(String moleculeType)
 762   {
 763     this.moleculeType = moleculeType;
 764   }
 765
 766   public String getTopology()
 767   {
 768     return topology;
 769   }
 770
 771   public void setTopology(String topology)
 772   {
 773     this.topology = topology;
 774   }
 775
 776   public String getTaxonomicDivision()
 777   {
 778     return taxonomicDivision;
 779   }
 780
 781   public void setTaxonomicDivision(String taxonomicDivision)
 782   {
 783     this.taxonomicDivision = taxonomicDivision;
 784   }
 785
 786   public String getDescription()
 787   {
 788     return description;
 789   }
 790
 791   public void setDescription(String description)
 792   {
 793     this.description = description;
 794   }
 795
 796   public String getFirstPublicDate()
 797   {
 798     return firstPublicDate;
 799   }
 800
 801   public void setFirstPublicDate(String firstPublicDate)
 802   {
 803     this.firstPublicDate = firstPublicDate;
 804   }
 805
 806   public String getFirstPublicRelease()
 807   {
 808     return firstPublicRelease;
 809   }
 810
 811   public void setFirstPublicRelease(String firstPublicRelease)
 812   {
 813     this.firstPublicRelease = firstPublicRelease;
 814   }
 815
 816   public String getLastUpdatedDate()
 817   {
 818     return lastUpdatedDate;
 819   }
 820
 821   public void setLastUpdatedDate(String lastUpdatedDate)
 822   {
 823     this.lastUpdatedDate = lastUpdatedDate;
 824   }
 825
 826   public String getLastUpdatedRelease()
 827   {
 828     return lastUpdatedRelease;
 829   }
 830
 831   public void setLastUpdatedRelease(String lastUpdatedRelease)
 832   {
 833     this.lastUpdatedRelease = lastUpdatedRelease;
 834   }
 835
 836   public String getDataClass()
 837   {
 838     return dataClass;
 839   }
 840
 841   public void setDataClass(String dataClass)
 842   {
 843     this.dataClass = dataClass;
 844   }
 845 }