src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocElement.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel.xdb.embl;
  22
  23 /**
  24  * Data model for a feature/location/locationElement read from an EMBL query
  25  * reply
  26  *
  27  * @see embl_mapping.xml
  28  */
  29 public class EmblFeatureLocElement
  30 {
  31   String type;
  32
  33   String accession;
  34
  35   String version;
  36
  37   boolean complement;
  38
  39   BasePosition basePositions[];
  40
  41   /**
  42    * @return the accession
  43    */
  44   public String getAccession()
  45   {
  46     return accession;
  47   }
  48
  49   /**
  50    * @param accession
  51    *          the accession to set
  52    */
  53   public void setAccession(String accession)
  54   {
  55     this.accession = accession;
  56   }
  57
  58   /**
  59    * @return the basePositions
  60    */
  61   public BasePosition[] getBasePositions()
  62   {
  63     return basePositions;
  64   }
  65
  66   /**
  67    * @param basePositions
  68    *          the basePositions to set
  69    */
  70   public void setBasePositions(BasePosition[] basePositions)
  71   {
  72     this.basePositions = basePositions;
  73   }
  74
  75   /**
  76    * @return the complement
  77    */
  78   public boolean isComplement()
  79   {
  80     return complement;
  81   }
  82
  83   /**
  84    * @param complement
  85    *          the complement to set
  86    */
  87   public void setComplement(boolean complement)
  88   {
  89     this.complement = complement;
  90   }
  91
  92   /**
  93    * @return the type
  94    */
  95   public String getType()
  96   {
  97     return type;
  98   }
  99
 100   /**
 101    * @param type
 102    *          the type to set
 103    */
 104   public void setType(String type)
 105   {
 106     this.type = type;
 107   }
 108
 109   /**
 110    * @return the version
 111    */
 112   public String getVersion()
 113   {
 114     return version;
 115   }
 116
 117   /**
 118    * @param version
 119    *          the version to set
 120    */
 121   public void setVersion(String version)
 122   {
 123     this.version = version;
 124   }
 125 }