src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocations.java

   1 package jalview.datamodel.xdb.embl;\r
   2 \r
   3 import java.util.Iterator;\r
   4 import java.util.Vector;\r
   5 \r
   6 public class EmblFeatureLocations {\r
   7     Vector locElements;\r
   8     String locationType;\r
   9     boolean locationComplement;\r
  10     /**\r
  11      * @return the locationComplement\r
  12      */\r
  13     public boolean isLocationComplement() {\r
  14         return locationComplement;\r
  15     }\r
  16     /**\r
  17      * @param locationComplement the locationComplement to set\r
  18      */\r
  19     public void setLocationComplement(boolean locationComplement) {\r
  20         this.locationComplement = locationComplement;\r
  21     }\r
  22     /**\r
  23      * @return the locationType\r
  24      */\r
  25     public String getLocationType() {\r
  26         return locationType;\r
  27     }\r
  28     /**\r
  29      * @param locationType the locationType to set\r
  30      */\r
  31     public void setLocationType(String locationType) {\r
  32         this.locationType = locationType;\r
  33     }\r
  34     /**\r
  35      * @return the locElements\r
  36      */\r
  37     public Vector getLocElements() {\r
  38         return locElements;\r
  39     }\r
  40     /**\r
  41      * @param locElements the locElements to set\r
  42      */\r
  43     public void setLocElements(Vector locElements) {\r
  44         this.locElements = locElements;\r
  45     }\r
  46     /**\r
  47      * Return all location elements as start-end pairs on referenced sequence \r
  48      * TODO: pass back complement and 'less than or more than' range information\r
  49      * @return int[] { start1, end1, ... }\r
  50      */\r
  51     public int[] getElementRanges() {\r
  52         if (locationType.equalsIgnoreCase("single")) {\r
  53             int[] se = new int[locElements.size()*2];            \r
  54             int sepos=0;\r
  55             for (Iterator le=locElements.iterator();le.hasNext();) {\r
  56                 EmblFeatureLocElement loce = (EmblFeatureLocElement) le.next();\r
  57                 BasePosition bp[] = loce.getBasePositions();\r
  58                 if (bp.length==2) {\r
  59                     se[sepos++] = Integer.parseInt(bp[0].getPos());\r
  60                     se[sepos++] = Integer.parseInt(bp[1].getPos());\r
  61                 }\r
  62             }\r
  63             return se;\r
  64         }\r
  65         if (locationType.equalsIgnoreCase("join")) {\r
  66             int[] se = new int[locElements.size()*2];            \r
  67             int sepos=0;\r
  68             for (Iterator le=locElements.iterator();le.hasNext();) {\r
  69                 EmblFeatureLocElement loce = (EmblFeatureLocElement) le.next();\r
  70                 BasePosition bp[] = loce.getBasePositions();\r
  71                 if (bp.length==2) {\r
  72                     se[sepos++] = Integer.parseInt(bp[0].getPos());\r
  73                     se[sepos++] = Integer.parseInt(bp[1].getPos());\r
  74                 }\r
  75             }\r
  76             return se;\r
  77         }\r
  78         if (locationType!=null)\r
  79         {\r
  80           jalview.bin.Cache.log.error("EmbleFeatureLocations.getElementRanges cannot deal with locationType=='"+locationType+"'");\r
  81         }\r
  82         return null;\r
  83     }\r
  84 }