src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocations.java

   1 package jalview.datamodel.xdb.embl;
   2
   3 import java.util.Enumeration;
   4 import java.util.Iterator;
   5 import java.util.Vector;
   6
   7 public class EmblFeatureLocations {
   8     Vector locElements;
   9     String locationType;
  10     boolean locationComplement;
  11     /**
  12      * @return the locationComplement
  13      */
  14     public boolean isLocationComplement() {
  15         return locationComplement;
  16     }
  17     /**
  18      * @param locationComplement the locationComplement to set
  19      */
  20     public void setLocationComplement(boolean locationComplement) {
  21         this.locationComplement = locationComplement;
  22     }
  23     /**
  24      * @return the locationType
  25      */
  26     public String getLocationType() {
  27         return locationType;
  28     }
  29     /**
  30      * @param locationType the locationType to set
  31      */
  32     public void setLocationType(String locationType) {
  33         this.locationType = locationType;
  34     }
  35     /**
  36      * @return the locElements
  37      */
  38     public Vector getLocElements() {
  39         return locElements;
  40     }
  41     /**
  42      * @param locElements the locElements to set
  43      */
  44     public void setLocElements(Vector locElements) {
  45         this.locElements = locElements;
  46     }
  47     /**
  48      * Return all location elements as start-end pairs (without accessions)
  49      * TODO: pass back complement and 'less than or more than' range information
  50      * Note: do not use this since it throws away any accessionIds associated with
  51      * each location!
  52      * @return int[] { start1, end1, ... }
  53      */
  54     public int[] getElementRanges() {
  55       return getElementRanges(null);
  56     }
  57     /**
  58      * Return all location elements concerning given accession as start-end pairs
  59      * TODO: pass back complement and 'less than or more than' range information
  60      * TODO: deal with multiple accessions
  61      * @param accession the accession string for which locations are requested, or null for all locations
  62      * @return null or int[] { start1, end1, ... }
  63      */
  64
  65     public int[] getElementRanges(String accession)
  66     {
  67       int sepos=0;
  68       int[] se = new int[locElements.size()*2];
  69       if (locationType.equalsIgnoreCase("single")) {
  70         for (Enumeration le=locElements.elements();le.hasMoreElements();) {
  71             EmblFeatureLocElement loce = (EmblFeatureLocElement) le.nextElement();
  72             if (accession==null || loce.accession!=null && accession.equals(loce.accession))
  73             {
  74               BasePosition bp[] = loce.getBasePositions();
  75               if (bp.length==2) {
  76                 se[sepos++] = Integer.parseInt(bp[0].getPos());
  77                 se[sepos++] = Integer.parseInt(bp[1].getPos());
  78               }
  79             }
  80         }
  81     } else
  82     if (locationType.equalsIgnoreCase("join")) {
  83         for (Enumeration le=locElements.elements();le.hasMoreElements();) {
  84           EmblFeatureLocElement loce = (EmblFeatureLocElement) le.nextElement();
  85           if (accession==null || loce.accession!=null && accession.equals(loce.accession))
  86           {
  87             BasePosition bp[] = loce.getBasePositions();
  88             if (bp.length==2) {
  89                 se[sepos++] = Integer.parseInt(bp[0].getPos());
  90                 se[sepos++] = Integer.parseInt(bp[1].getPos());
  91             }
  92           }
  93         }
  94         return se;
  95     } else
  96     if (locationType!=null)
  97     {
  98       if (jalview.bin.Cache.log!=null)
  99         jalview.bin.Cache.log.error("EmbleFeatureLocations.getElementRanges cannot deal with locationType=='"+locationType+"'");
 100       else
 101         System.err.println("EmbleFeatureLocations.getElementRanges cannot deal with locationType=='"+locationType+"'");
 102     }
 103     // trim range if necessary.
 104     if (se!=null && sepos!=se.length)
 105     {
 106       int[] trimmed = new int[sepos];
 107       System.arraycopy(se,0,trimmed, 0, sepos);
 108       se = trimmed;
 109     }
 110     return se;
 111     }
 112 }