src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.datamodel.xdb.embl;
  20
  21 import java.io.File;
  22 import java.io.FileReader;
  23 import java.io.Reader;
  24 import java.util.Vector;
  25
  26 import org.exolab.castor.mapping.Mapping;
  27 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  28
  29 public class EmblFile
  30 {
  31   Vector entries;
  32
  33   Vector errors;
  34
  35   /**
  36    * @return the entries
  37    */
  38   public Vector getEntries()
  39   {
  40     return entries;
  41   }
  42
  43   /**
  44    * @param entries
  45    *          the entries to set
  46    */
  47   public void setEntries(Vector entries)
  48   {
  49     this.entries = entries;
  50   }
  51
  52   /**
  53    * @return the errors
  54    */
  55   public Vector getErrors()
  56   {
  57     return errors;
  58   }
  59
  60   /**
  61    * @param errors
  62    *          the errors to set
  63    */
  64   public void setErrors(Vector errors)
  65   {
  66     this.errors = errors;
  67   }
  68
  69   /**
  70    * Parse an EmblXML file into an EmblFile object
  71    *
  72    * @param file
  73    * @return parsed EmblXML or null if exceptions were raised
  74    */
  75   public static EmblFile getEmblFile(File file)
  76   {
  77     if (file == null)
  78       return null;
  79     try
  80     {
  81       return EmblFile.getEmblFile(new FileReader(file));
  82     } catch (Exception e)
  83     {
  84       System.err.println("Exception whilst reading EMBLfile from " + file);
  85       e.printStackTrace(System.err);
  86     }
  87     return null;
  88   }
  89
  90   public static EmblFile getEmblFile(Reader file)
  91   {
  92     EmblFile record = new EmblFile();
  93     try
  94     {
  95       // 1. Load the mapping information from the file
  96       Mapping map = new Mapping(record.getClass().getClassLoader());
  97       java.net.URL url = record.getClass().getResource("/embl_mapping.xml");
  98       map.loadMapping(url);
  99
 100       // 2. Unmarshal the data
 101       Unmarshaller unmar = new Unmarshaller(record);
 102       try
 103       {
 104         // uncomment to DEBUG EMBLFile reading
 105         if (((String) jalview.bin.Cache.getDefault(
 106                 jalview.bin.Cache.CASTORLOGLEVEL, "debug"))
 107                 .equalsIgnoreCase("DEBUG"))
 108           unmar.setDebug(jalview.bin.Cache.log.isDebugEnabled());
 109       } catch (Exception e)
 110       {
 111       }
 112       ;
 113       unmar.setIgnoreExtraElements(true);
 114       unmar.setMapping(map);
 115
 116       record = (EmblFile) unmar.unmarshal(file);
 117     } catch (Exception e)
 118     {
 119       e.printStackTrace(System.err);
 120       record = null;
 121     }
 122
 123     return record;
 124   }
 125
 126   public static void main(String args[])
 127   {
 128     File mf = null;
 129     if (args.length == 1)
 130     {
 131       mf = new File(args[0]);
 132     }
 133     if (!mf.exists())
 134     {
 135       mf = new File(
 136               "C:\\Documents and Settings\\JimP\\workspace-3.2\\Jalview Release\\schemas\\embleRecordV1.1.xml");
 137     }
 138     EmblFile myfile = EmblFile.getEmblFile(mf);
 139     if (myfile != null && myfile.entries != null
 140             && myfile.entries.size() > 0)
 141       System.out.println(myfile.entries.size() + " Records read. (" + mf
 142               + ")");
 143   }
 144 }