src/jalview/datamodel/xdb/embl/Qualifier.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
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   4  *
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel.xdb.embl;
  22
  23 /**
  24  * Data model for a &lt;qualifier&gt; child element of a &lt;feature&gt; read
  25  * from an EMBL query reply
  26  *
  27  * @see embl_mapping.xml
  28  */
  29 public class Qualifier
  30 {
  31   String name;
  32
  33   String[] values;
  34
  35   String[] evidence;
  36
  37   /**
  38    * @return the name
  39    */
  40   public String getName()
  41   {
  42     return name;
  43   }
  44
  45   /**
  46    * @param name
  47    *          the name to set
  48    */
  49   public void setName(String name)
  50   {
  51     this.name = name;
  52   }
  53
  54   /**
  55    * @return the values
  56    */
  57   public String[] getValues()
  58   {
  59     return values;
  60   }
  61
  62   /**
  63    * @param values
  64    *          the values to set
  65    */
  66   public void setValues(String[] values)
  67   {
  68     this.values = values;
  69   }
  70
  71   public void addEvidence(String qevidence)
  72   {
  73     // TODO - not used? can remove?
  74     if (evidence == null)
  75     {
  76       evidence = new String[1];
  77     }
  78     else
  79     {
  80       String[] temp = new String[evidence.length + 1];
  81       System.arraycopy(evidence, 0, temp, 0, evidence.length);
  82       evidence = temp;
  83     }
  84     evidence[evidence.length - 1] = qevidence;
  85   }
  86
  87   public void addValues(String value)
  88   {
  89     // TODO - not used? can remove?
  90     if (values == null)
  91     {
  92       values = new String[1];
  93     }
  94     else
  95     {
  96       String[] temp = new String[values.length + 1];
  97       System.arraycopy(values, 0, temp, 0, values.length);
  98       values = temp;
  99     }
 100     values[values.length - 1] = value;
 101   }
 102
 103   /**
 104    * @return the evidence
 105    */
 106   public String[] getEvidence()
 107   {
 108     return evidence;
 109   }
 110
 111   /**
 112    * @param evidence
 113    *          the evidence to set
 114    */
 115   public void setEvidence(String[] evidence)
 116   {
 117     this.evidence = evidence;
 118   }
 119 }