src/jalview/datamodel/xdb/uniprot/UniprotFeature.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel.xdb.uniprot;
  22
  23 /**
  24  * A data model class for binding from Uniprot XML via uniprot_mapping.xml
  25  */
  26 public class UniprotFeature
  27 {
  28   private String type;
  29
  30   private String description = null;
  31
  32   private String original = null;
  33
  34   private String variation = null;
  35
  36   private String status;
  37
  38   private int begin;
  39
  40   private int end;
  41
  42   public String getType()
  43   {
  44     return type;
  45   }
  46
  47   public void setType(String t)
  48   {
  49     this.type = t;
  50   }
  51
  52   public String getDescription()
  53   {
  54     return description;
  55   }
  56
  57   public void setDescription(String d)
  58   {
  59     this.description = d;
  60   }
  61
  62   public String getStatus()
  63   {
  64     return status;
  65   }
  66
  67   public void setStatus(String s)
  68   {
  69     this.status = s;
  70   }
  71
  72   public int getBegin()
  73   {
  74     return begin;
  75   }
  76
  77   public void setBegin(int b)
  78   {
  79     this.begin = b;
  80   }
  81
  82   public int getEnd()
  83   {
  84     return end;
  85   }
  86
  87   public void setEnd(int e)
  88   {
  89     this.end = e;
  90   }
  91
  92   public int getPosition()
  93   {
  94     return begin;
  95   }
  96
  97   public void setPosition(int p)
  98   {
  99     this.begin = p;
 100     this.end = p;
 101   }
 102
 103   public String getOriginal()
 104   {
 105     return original;
 106   }
 107
 108   public void setOriginal(String original)
 109   {
 110     this.original = original;
 111   }
 112
 113   public String getVariation()
 114   {
 115     return variation;
 116   }
 117
 118   public void setVariation(String variant)
 119   {
 120     this.variation = variant;
 121   }
 122 }