src/jalview/ext/archaeopteryx/AptxFrame.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.bin.Cache;
   4 import jalview.ext.treeviewer.TreeControlsI;
   5 import jalview.ext.treeviewer.TreeFrameI;
   6 import jalview.ext.treeviewer.TreeI;
   7 import jalview.ext.treeviewer.TreePanelI;
   8 import jalview.ext.treeviewer.TreeViewerUtils;
   9 import jalview.gui.Desktop;
  10 import jalview.gui.EPSOptions;
  11 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  12 import jalview.io.JalviewFileView;
  13 import jalview.util.ImageMaker;
  14 import jalview.util.MessageManager;
  15
  16 import java.awt.Component;
  17 import java.awt.Container;
  18 import java.awt.Dimension;
  19 import java.awt.Event;
  20 import java.awt.Font;
  21 import java.awt.Image;
  22 import java.awt.MenuComponent;
  23 import java.awt.event.ActionEvent;
  24 import java.awt.event.ActionListener;
  25 import java.io.FileOutputStream;
  26
  27 import javax.accessibility.AccessibleContext;
  28 import javax.swing.JLayeredPane;
  29 import javax.swing.JMenu;
  30 import javax.swing.JMenuBar;
  31 import javax.swing.JMenuItem;
  32 import javax.swing.JRootPane;
  33 import javax.swing.JSeparator;
  34 import javax.swing.event.InternalFrameListener;
  35
  36 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  37 import org.forester.archaeopteryx.Configuration;
  38 import org.forester.archaeopteryx.MainFrame;
  39 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  40 import org.jibble.epsgraphics.EpsGraphics2D;
  41
  42 public class AptxFrame implements TreeFrameI
  43 {
  44   private final MainFrame aptxFrame;
  45
  46   private TreePanelI aptxPanel;
  47
  48   private TreeControlsI aptxControls;
  49
  50
  51   public AptxFrame(Phylogeny tree, Configuration aptxConfig,
  52           String treeTitle)
  53   {
  54     this(Archaeopteryx.createApplication(tree,
  55             aptxConfig,
  56             treeTitle));
  57
  58   }
  59
  60
  61   public AptxFrame(MainFrame aptx)
  62   {
  63
  64     aptxFrame = aptx;
  65     aptxPanel = new AptxTreePanel(
  66             aptxFrame.getMainPanel().getCurrentTreePanel());
  67     aptxControls = new AptxControlPanel(
  68             aptxFrame.getMainPanel().getControlPanel());
  69     adaptAptxGui(aptxFrame);
  70
  71   }
  72
  73   /**
  74    * Hides certain redundant Archaeopteryx GUI elements such as the menu items
  75    * for reading in trees and adds extra items related to Jalview such as the
  76    * tree sorting menu item.
  77    *
  78    *
  79    * @param aptxFrame
  80    */
  81   protected void adaptAptxGui(MainFrame aptxFrame)
  82   {
  83     JMenuBar frameBar = aptxFrame.getJMenuBar();
  84     boolean epsAdded = false;
  85     for (int i = 0; i < frameBar.getMenuCount();i++) {
  86       JMenu menu = frameBar.getMenu(i);
  87       int menuCount = menu.getMenuComponentCount();
  88
  89       if (menu.getText().contains("File"))
  90       {
  91         // hide all "Read from ..." and "New" menu items and any Separators that
  92         // come directly after them
  93         Component previousComp = null;
  94         for (int x = 0; x < menuCount; x++)
  95         {
  96           Component menuItem = menu.getMenuComponent(x);
  97           if (previousComp instanceof JMenuItem)
  98           {
  99             JMenuItem previousMenuItem = (JMenuItem) previousComp;
 100             if (previousMenuItem.getText().startsWith("Read")
 101                     || previousMenuItem.getText()
 102                             .startsWith("New")
 103                     || previousMenuItem.getText()
 104                             .startsWith("Close Tab"))
 105             {
 106               previousComp.setVisible(false);
 107
 108               if (menuItem instanceof JSeparator)
 109               {
 110                 menuItem.setVisible(false);
 111               }
 112
 113             }
 114
 115             if ((!epsAdded) && previousMenuItem.getText()
 116                     .startsWith("Export to"))
 117             {
 118               JMenuItem exportEps = new JMenuItem("Export to EPS file...");
 119               menu.add(exportEps, x);
 120               exportEps.addActionListener(new ActionListener()
 121               {
 122
 123                 @Override
 124                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 125                 {
 126                   epsTree_actionPerformed(e);
 127
 128                 }
 129
 130               });
 131               epsAdded = true;
 132
 133             }
 134           }
 135           previousComp = menuItem;
 136         }
 137       }
 138       else if (menu.getText().contains("Inference"))
 139       {
 140         menu.setVisible(false);
 141       }
 142       else if (menu.getText().contains("View"))
 143       {
 144         menu.addSeparator();
 145         JMenuItem sortByTree = new JMenuItem("Sort alignment by tree");
 146         JMenuItem refreshJalview = new JMenuItem(
 147                 "Filter alignment to show only currently visible sequences");
 148
 149         refreshJalview.setFont(menu.getFont());
 150         refreshJalview.addActionListener(
 151                 TreeViewerUtils.getActiveTreeViews().get(this));
 152         sortByTree.addActionListener(new ActionListener()
 153         {
 154
 155           @Override
 156           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 157           {
 158             TreeViewerUtils.getActiveTreeViews().get(AptxFrame.this)
 159                     .sortByTree_actionPerformed();
 160
 161           }
 162
 163         });
 164
 165         menu.add(sortByTree);
 166         menu.add(refreshJalview);
 167
 168         sortByTree.setFont(menu.getFont());
 169
 170
 171
 172       }
 173
 174     }
 175     // aptxFrame.validate();
 176   }
 177
 178   public void epsTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 179   {
 180     boolean accurateText = true;
 181
 182     String renderStyle = jalview.bin.Cache.getDefault("EPS_RENDERING",
 183             "Prompt each time");
 184
 185     // If we need to prompt, and if the GUI is visible then
 186     // Prompt for EPS rendering style
 187     if (renderStyle.equalsIgnoreCase("Prompt each time")
 188             && !(System.getProperty("java.awt.headless") != null && System
 189                     .getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 190     {
 191       EPSOptions eps = new EPSOptions();
 192       renderStyle = eps.getValue();
 193
 194       if (renderStyle == null || eps.cancelled)
 195       {
 196         return;
 197       }
 198
 199     }
 200
 201     if (renderStyle.equalsIgnoreCase("text"))
 202     {
 203       accurateText = false;
 204     }
 205
 206     int width = getTreePanel().getWidth();
 207     int height = getTreePanel().getHeight();
 208
 209     try
 210     {
 211       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 212               ImageMaker.EPS_EXTENSION, ImageMaker.EPS_EXTENSION);
 213       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 214       chooser.setDialogTitle(
 215               MessageManager.getString("label.create_eps_from_tree"));
 216       chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 217
 218       int value = chooser.showSaveDialog(aptxFrame);
 219
 220       if (value != JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 221       {
 222         return;
 223       }
 224
 225       Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 226               chooser.getSelectedFile().getParent());
 227
 228       FileOutputStream out = new FileOutputStream(
 229               chooser.getSelectedFile());
 230       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Tree", out, 0, 0, width,
 231               height);
 232
 233       pg.setAccurateTextMode(accurateText);
 234
 235       getTreePanel().paintToFile(pg, width, height);
 236
 237       pg.flush();
 238       pg.close();
 239     } catch (Exception ex)
 240     {
 241       ex.printStackTrace();
 242     }
 243   }
 244   @Override
 245   public TreePanelI getTreePanel()
 246   {
 247     return aptxPanel;
 248   }
 249
 250   @Override
 251   public TreeI getTree()
 252   {
 253     return aptxPanel.getTree();
 254   }
 255
 256   @Override
 257   public void checkMultipleTrees()
 258   {
 259     aptxFrame.activateSaveAllIfNeeded();
 260
 261   }
 262
 263   @Override
 264   public int getNumberOfTrees()
 265   {
 266     return aptxFrame.getMainPanel().getTabbedPane().getTabCount();
 267   }
 268
 269   @Override
 270   public TreeControlsI getTreeControls()
 271   {
 272     return aptxControls;
 273   }
 274
 275   @Override
 276   public AccessibleContext getAccessibleContext()
 277   {
 278     return aptxFrame.getAccessibleContext();
 279   }
 280
 281   @Override
 282   public JRootPane getRootPane()
 283   {
 284     return aptxFrame.getRootPane();
 285   }
 286
 287   @Override
 288   public void setContentPane(Container contentPane)
 289   {
 290     aptxFrame.setContentPane(contentPane);
 291
 292   }
 293
 294   @Override
 295   public Container getContentPane()
 296   {
 297     return aptxFrame.getContentPane();
 298   }
 299
 300   @Override
 301   public void setLayeredPane(JLayeredPane layeredPane)
 302   {
 303     aptxFrame.setLayeredPane(layeredPane);
 304
 305   }
 306
 307   @Override
 308   public JLayeredPane getLayeredPane()
 309   {
 310     return aptxFrame.getLayeredPane();
 311   }
 312
 313   @Override
 314   public void setGlassPane(Component glassPane)
 315   {
 316     aptxFrame.setGlassPane(glassPane);
 317
 318   }
 319
 320   @Override
 321   public Component getGlassPane()
 322   {
 323     return aptxFrame.getGlassPane();
 324   }
 325
 326   @Override
 327   public boolean imageUpdate(Image img, int infoflags, int x, int y,
 328           int width, int height)
 329   {
 330     return aptxFrame.imageUpdate(img, infoflags, x, y, width, height);
 331   }
 332
 333   @Override
 334   public Font getFont()
 335   {
 336     return aptxFrame.getFont();
 337   }
 338
 339   @Override
 340   public void remove(MenuComponent comp)
 341   {
 342     aptxFrame.remove(comp);
 343
 344   }
 345
 346   @Deprecated
 347   @Override
 348   public boolean postEvent(Event evt)
 349   {
 350     return aptxFrame.postEvent(evt);
 351   }
 352
 353   @Override
 354   public void addFrameListener(InternalFrameListener listener)
 355   {
 356     aptxFrame.addInternalFrameListener(listener);
 357
 358   }
 359
 360   @Override
 361   public void removeFrameListener(InternalFrameListener listener)
 362   {
 363     aptxFrame.removeInternalFrameListener(listener);
 364
 365   }
 366
 367   @Override
 368   public InternalFrameListener[] getFrameListeners()
 369   {
 370     return aptxFrame.getInternalFrameListeners();
 371
 372   }
 373
 374   @Override
 375   public void repaint()
 376   {
 377     aptxFrame.repaint();
 378
 379   }
 380
 381   @Override
 382   public void setMinimumSize(Dimension dimension)
 383   {
 384     aptxFrame.setMinimumSize(dimension);
 385
 386   }
 387
 388   @Override
 389   public boolean isShowing()
 390   {
 391     return aptxFrame.isShowing();
 392   }
 393
 394   @Override
 395   public Container getTopLevelAncestor()
 396   {
 397     return aptxFrame.getTopLevelAncestor();
 398   }
 399
 400   @Override
 401   public void addFrameToJalview(String title, boolean makeVisible,
 402           int width, int height, boolean resizable, boolean ignoreMinSize)
 403   {
 404     Desktop.addInternalFrame(aptxFrame, title, makeVisible, width, height,
 405             resizable, ignoreMinSize);
 406
 407   }
 408
 409 }