src/jalview/ext/archaeopteryx/AptxFrame.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.bin.Cache;
   4 import jalview.ext.treeviewer.TreeControlsI;
   5 import jalview.ext.treeviewer.TreeFrameI;
   6 import jalview.ext.treeviewer.TreeI;
   7 import jalview.ext.treeviewer.TreePanelI;
   8 import jalview.ext.treeviewer.TreeViewerBindingI;
   9 import jalview.ext.treeviewer.TreeViewerUtils;
  10 import jalview.gui.Desktop;
  11 import jalview.gui.EPSOptions;
  12 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  13 import jalview.io.JalviewFileView;
  14 import jalview.util.ImageMaker;
  15 import jalview.util.MessageManager;
  16
  17 import java.awt.Component;
  18 import java.awt.Container;
  19 import java.awt.Dimension;
  20 import java.awt.Event;
  21 import java.awt.Font;
  22 import java.awt.Image;
  23 import java.awt.MenuComponent;
  24 import java.awt.event.ActionEvent;
  25 import java.awt.event.ActionListener;
  26 import java.io.FileOutputStream;
  27
  28 import javax.accessibility.AccessibleContext;
  29 import javax.swing.JLayeredPane;
  30 import javax.swing.JMenu;
  31 import javax.swing.JMenuBar;
  32 import javax.swing.JMenuItem;
  33 import javax.swing.JRootPane;
  34 import javax.swing.JSeparator;
  35 import javax.swing.event.InternalFrameListener;
  36
  37 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  38 import org.forester.archaeopteryx.Configuration;
  39 import org.forester.archaeopteryx.MainFrame;
  40 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  41 import org.jibble.epsgraphics.EpsGraphics2D;
  42
  43 public class AptxFrame implements TreeFrameI
  44 {
  45   private final MainFrame aptxFrame;
  46
  47
  48
  49   private TreePanelI aptxPanel;
  50
  51   private TreeControlsI aptxControls;
  52
  53
  54   public AptxFrame(Phylogeny tree, Configuration aptxConfig,
  55           String treeTitle)
  56   {
  57     this(Archaeopteryx.createApplication(tree,
  58             aptxConfig,
  59             treeTitle));
  60
  61   }
  62
  63
  64   public AptxFrame(MainFrame aptx)
  65   {
  66
  67     aptxFrame = aptx;
  68     aptxPanel = new AptxTreePanel(
  69             aptxFrame.getMainPanel().getCurrentTreePanel());
  70     aptxControls = new AptxControlPanel(
  71             aptxFrame.getMainPanel().getControlPanel());
  72     adaptAptxGui(aptxFrame);
  73
  74   }
  75
  76   /**
  77    * Hides certain redundant Archaeopteryx GUI elements such as the menu items
  78    * for reading in trees and adds extra items related to Jalview such as the
  79    * tree sorting menu item.
  80    *
  81    *
  82    * @param aptxFrame
  83    */
  84   protected void adaptAptxGui(MainFrame aptxFrame)
  85   {
  86     JMenuBar frameBar = aptxFrame.getJMenuBar();
  87     boolean epsAdded = false;
  88     for (int i = 0; i < frameBar.getMenuCount();i++) {
  89       JMenu menu = frameBar.getMenu(i);
  90       int menuCount = menu.getMenuComponentCount();
  91
  92       if (menu.getText().contains("File"))
  93       {
  94         // hide all "Read from ..." and "New" menu items and any Separators that
  95         // come directly after them
  96         Component previousComp = null;
  97         for (int x = 0; x < menuCount; x++)
  98         {
  99           Component menuItem = menu.getMenuComponent(x);
 100           if (previousComp instanceof JMenuItem)
 101           {
 102             JMenuItem previousMenuItem = (JMenuItem) previousComp;
 103             if (previousMenuItem.getText().startsWith("Read")
 104                     || previousMenuItem.getText()
 105                             .startsWith("New")
 106                     || previousMenuItem.getText()
 107                             .startsWith("Close Tab"))
 108             {
 109               previousComp.setVisible(false);
 110
 111               if (menuItem instanceof JSeparator)
 112               {
 113                 menuItem.setVisible(false);
 114               }
 115
 116             }
 117
 118             if ((!epsAdded) && previousMenuItem.getText()
 119                     .startsWith("Export to"))
 120             {
 121               JMenuItem exportEps = new JMenuItem("Export to EPS file...");
 122               menu.add(exportEps, x);
 123               exportEps.addActionListener(new ActionListener()
 124               {
 125
 126                 @Override
 127                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 128                 {
 129                   epsTree_actionPerformed(e);
 130
 131                 }
 132
 133               });
 134               epsAdded = true;
 135
 136             }
 137           }
 138           previousComp = menuItem;
 139         }
 140       }
 141       else if (menu.getText().contains("Inference"))
 142       {
 143         menu.setVisible(false);
 144       }
 145       else if (menu.getText().contains("View"))
 146       {
 147         menu.addSeparator();
 148         JMenuItem sortByTree = new JMenuItem("Sort alignment by tree");
 149         JMenuItem refreshJalview = new JMenuItem(
 150                 "Filter alignment to show only currently visible sequences");
 151
 152         refreshJalview.setFont(menu.getFont());
 153         refreshJalview.addActionListener(new ActionListener() {
 154
 155           @Override
 156           public void actionPerformed(ActionEvent e) {
 157             TreeViewerBindingI bindingManager = TreeViewerUtils
 158                     .getActiveTreeViews().get(AptxFrame.this);
 159             bindingManager.actionPerformed(e);
 160           }
 161         });
 162
 163         sortByTree.addActionListener(new ActionListener()
 164         {
 165
 166           @Override
 167           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 168           {
 169             TreeViewerBindingI bindingManager = TreeViewerUtils
 170                     .getActiveTreeViews().get(AptxFrame.this);
 171             bindingManager.sortByTree_actionPerformed();
 172
 173           }
 174
 175         });
 176
 177         menu.add(sortByTree);
 178         menu.add(refreshJalview);
 179
 180         sortByTree.setFont(menu.getFont());
 181
 182
 183
 184       }
 185
 186     }
 187     // aptxFrame.validate();
 188   }
 189
 190   public void epsTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 191   {
 192     boolean accurateText = true;
 193
 194     String renderStyle = jalview.bin.Cache.getDefault("EPS_RENDERING",
 195             "Prompt each time");
 196
 197     // If we need to prompt, and if the GUI is visible then
 198     // Prompt for EPS rendering style
 199     if (renderStyle.equalsIgnoreCase("Prompt each time")
 200             && !(System.getProperty("java.awt.headless") != null && System
 201                     .getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 202     {
 203       EPSOptions eps = new EPSOptions();
 204       renderStyle = eps.getValue();
 205
 206       if (renderStyle == null || eps.cancelled)
 207       {
 208         return;
 209       }
 210
 211     }
 212
 213     if (renderStyle.equalsIgnoreCase("text"))
 214     {
 215       accurateText = false;
 216     }
 217
 218     int width = getTreePanel().getWidth();
 219     int height = getTreePanel().getHeight();
 220
 221     try
 222     {
 223       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 224               ImageMaker.EPS_EXTENSION, ImageMaker.EPS_EXTENSION);
 225       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 226       chooser.setDialogTitle(
 227               MessageManager.getString("label.create_eps_from_tree"));
 228       chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 229
 230       int value = chooser.showSaveDialog(aptxFrame);
 231
 232       if (value != JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 233       {
 234         return;
 235       }
 236
 237       Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 238               chooser.getSelectedFile().getParent());
 239
 240       FileOutputStream out = new FileOutputStream(
 241               chooser.getSelectedFile());
 242       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Tree", out, 0, 0, width,
 243               height);
 244
 245       pg.setAccurateTextMode(accurateText);
 246
 247       getTreePanel().paintToFile(pg, width, height);
 248
 249       pg.flush();
 250       pg.close();
 251     } catch (Exception ex)
 252     {
 253       ex.printStackTrace();
 254     }
 255   }
 256   @Override
 257   public TreePanelI getTreePanel()
 258   {
 259     return aptxPanel;
 260   }
 261
 262   @Override
 263   public TreeI getTree()
 264   {
 265     return aptxPanel.getTree();
 266   }
 267
 268   @Override
 269   public void checkMultipleTrees()
 270   {
 271     aptxFrame.activateSaveAllIfNeeded();
 272
 273   }
 274
 275   @Override
 276   public int getNumberOfTrees()
 277   {
 278     return aptxFrame.getMainPanel().getTabbedPane().getTabCount();
 279   }
 280
 281   @Override
 282   public TreeControlsI getTreeControls()
 283   {
 284     return aptxControls;
 285   }
 286
 287   @Override
 288   public AccessibleContext getAccessibleContext()
 289   {
 290     return aptxFrame.getAccessibleContext();
 291   }
 292
 293   @Override
 294   public JRootPane getRootPane()
 295   {
 296     return aptxFrame.getRootPane();
 297   }
 298
 299   @Override
 300   public void setContentPane(Container contentPane)
 301   {
 302     aptxFrame.setContentPane(contentPane);
 303
 304   }
 305
 306   @Override
 307   public Container getContentPane()
 308   {
 309     return aptxFrame.getContentPane();
 310   }
 311
 312   @Override
 313   public void setLayeredPane(JLayeredPane layeredPane)
 314   {
 315     aptxFrame.setLayeredPane(layeredPane);
 316
 317   }
 318
 319   @Override
 320   public JLayeredPane getLayeredPane()
 321   {
 322     return aptxFrame.getLayeredPane();
 323   }
 324
 325   @Override
 326   public void setGlassPane(Component glassPane)
 327   {
 328     aptxFrame.setGlassPane(glassPane);
 329
 330   }
 331
 332   @Override
 333   public Component getGlassPane()
 334   {
 335     return aptxFrame.getGlassPane();
 336   }
 337
 338   @Override
 339   public boolean imageUpdate(Image img, int infoflags, int x, int y,
 340           int width, int height)
 341   {
 342     return aptxFrame.imageUpdate(img, infoflags, x, y, width, height);
 343   }
 344
 345   @Override
 346   public Font getFont()
 347   {
 348     return aptxFrame.getFont();
 349   }
 350
 351   @Override
 352   public void remove(MenuComponent comp)
 353   {
 354     aptxFrame.remove(comp);
 355
 356   }
 357
 358   @Deprecated
 359   @Override
 360   public boolean postEvent(Event evt)
 361   {
 362     return aptxFrame.postEvent(evt);
 363   }
 364
 365   @Override
 366   public void addFrameListener(InternalFrameListener listener)
 367   {
 368     aptxFrame.addInternalFrameListener(listener);
 369
 370   }
 371
 372   @Override
 373   public void removeFrameListener(InternalFrameListener listener)
 374   {
 375     aptxFrame.removeInternalFrameListener(listener);
 376
 377   }
 378
 379   @Override
 380   public InternalFrameListener[] getFrameListeners()
 381   {
 382     return aptxFrame.getInternalFrameListeners();
 383
 384   }
 385
 386   @Override
 387   public void repaint()
 388   {
 389     aptxFrame.repaint();
 390
 391   }
 392
 393   @Override
 394   public void setMinimumSize(Dimension dimension)
 395   {
 396     aptxFrame.setMinimumSize(dimension);
 397
 398   }
 399
 400   @Override
 401   public boolean isShowing()
 402   {
 403     return aptxFrame.isShowing();
 404   }
 405
 406   @Override
 407   public Container getTopLevelAncestor()
 408   {
 409     return aptxFrame.getTopLevelAncestor();
 410   }
 411
 412   @Override
 413   public void addFrameToJalview(String title, boolean makeVisible,
 414           int width, int height, boolean resizable, boolean ignoreMinSize)
 415   {
 416     Desktop.addInternalFrame(aptxFrame, title, makeVisible, width, height,
 417             resizable, ignoreMinSize);
 418
 419   }
 420
 421 }