src/jalview/ext/archaeopteryx/AptxFrame.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.bin.Cache;
   4 import jalview.ext.treeviewer.TreeControlsI;
   5 import jalview.ext.treeviewer.TreeFrameI;
   6 import jalview.ext.treeviewer.TreeI;
   7 import jalview.ext.treeviewer.TreePanelI;
   8 import jalview.ext.treeviewer.TreeViewerBindingI;
   9 import jalview.ext.treeviewer.TreeViewerUtils;
  10 import jalview.gui.Desktop;
  11 import jalview.gui.EPSOptions;
  12 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  13 import jalview.io.JalviewFileView;
  14 import jalview.util.ImageMaker;
  15 import jalview.util.MessageManager;
  16
  17 import java.awt.Component;
  18 import java.awt.Container;
  19 import java.awt.Dimension;
  20 import java.awt.Event;
  21 import java.awt.Font;
  22 import java.awt.Image;
  23 import java.awt.MenuComponent;
  24 import java.awt.event.ActionEvent;
  25 import java.awt.event.ActionListener;
  26 import java.io.FileOutputStream;
  27
  28 import javax.accessibility.AccessibleContext;
  29 import javax.swing.JLayeredPane;
  30 import javax.swing.JMenu;
  31 import javax.swing.JMenuBar;
  32 import javax.swing.JMenuItem;
  33 import javax.swing.JRootPane;
  34 import javax.swing.JSeparator;
  35 import javax.swing.event.InternalFrameListener;
  36
  37 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  38 import org.forester.archaeopteryx.Configuration;
  39 import org.forester.archaeopteryx.MainFrame;
  40 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  41 import org.jibble.epsgraphics.EpsGraphics2D;
  42
  43 public class AptxFrame implements TreeFrameI
  44 {
  45   private final MainFrame aptxFrame;
  46
  47   private TreeViewerBindingI viewBinding;
  48
  49   private TreePanelI aptxPanel;
  50
  51   private TreeControlsI aptxControls;
  52
  53
  54   public AptxFrame(Phylogeny tree, Configuration aptxConfig,
  55           String treeTitle)
  56   {
  57     this(Archaeopteryx.createApplication(tree,
  58             aptxConfig,
  59             treeTitle));
  60
  61   }
  62
  63
  64   public AptxFrame(MainFrame aptx)
  65   {
  66
  67     aptxFrame = aptx;
  68     aptxPanel = new AptxTreePanel(
  69             aptxFrame.getMainPanel().getCurrentTreePanel());
  70     aptxControls = new AptxControlPanel(
  71             aptxFrame.getMainPanel().getControlPanel());
  72     adaptAptxGui(aptxFrame);
  73
  74   }
  75
  76   /**
  77    * Hides certain redundant Archaeopteryx GUI elements such as the menu items
  78    * for reading in trees and adds extra items related to Jalview such as the
  79    * tree sorting menu item.
  80    *
  81    *
  82    * @param aptxFrame
  83    */
  84   protected void adaptAptxGui(MainFrame aptxFrame)
  85   {
  86     JMenuBar frameBar = aptxFrame.getJMenuBar();
  87     boolean epsAdded = false;
  88     for (int i = 0; i < frameBar.getMenuCount();i++) {
  89       JMenu menu = frameBar.getMenu(i);
  90       int menuCount = menu.getMenuComponentCount();
  91
  92       if (menu.getText().contains("File"))
  93       {
  94         // hide all "Read from ..." and "New" menu items and any Separators that
  95         // come directly after them
  96         Component previousComp = null;
  97         for (int x = 0; x < menuCount; x++)
  98         {
  99           Component menuItem = menu.getMenuComponent(x);
 100           if (previousComp instanceof JMenuItem)
 101           {
 102             JMenuItem previousMenuItem = (JMenuItem) previousComp;
 103             if (previousMenuItem.getText().startsWith("Read")
 104                     || previousMenuItem.getText()
 105                             .startsWith("New")
 106                     || previousMenuItem.getText()
 107                             .startsWith("Close Tab"))
 108             {
 109               previousComp.setVisible(false);
 110
 111               if (menuItem instanceof JSeparator)
 112               {
 113                 menuItem.setVisible(false);
 114               }
 115
 116             }
 117
 118             if ((!epsAdded) && previousMenuItem.getText()
 119                     .startsWith("Export to"))
 120             {
 121               JMenuItem exportEps = new JMenuItem("Export to EPS file...");
 122               menu.add(exportEps, x);
 123               exportEps.addActionListener(new ActionListener()
 124               {
 125
 126                 @Override
 127                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 128                 {
 129                   epsTree_actionPerformed(e);
 130
 131                 }
 132
 133               });
 134               epsAdded = true;
 135
 136             }
 137           }
 138           previousComp = menuItem;
 139         }
 140       }
 141       else if (menu.getText().contains("Inference"))
 142       {
 143         menu.setVisible(false);
 144       }
 145       else if (menu.getText().contains("View"))
 146       {
 147         menu.addSeparator();
 148
 149         JMenuItem sortByTree = new JMenuItem("Sort alignment by tree");
 150         JMenuItem refreshJalview = new JMenuItem(
 151                 "Filter alignment to show only currently visible sequences");
 152         JMenuItem hideCollapsed = new JMenuItem(
 153                 "Hide sequences of collapsed nodes");
 154
 155         refreshJalview.setFont(menu.getFont());
 156         refreshJalview.addActionListener(new ActionListener() {
 157
 158           @Override
 159           public void actionPerformed(ActionEvent e) {
 160             TreeViewerBindingI bindingManager = TreeViewerUtils
 161                     .getActiveTreeViews().get(AptxFrame.this);
 162             bindingManager.actionPerformed(e);
 163           }
 164         });
 165
 166         sortByTree.addActionListener(new ActionListener()
 167         {
 168
 169           @Override
 170           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 171           {
 172             TreeViewerBindingI bindingManager = TreeViewerUtils
 173                     .getActiveTreeViews().get(AptxFrame.this);
 174             bindingManager.sortByTree_actionPerformed();
 175
 176           }
 177
 178         });
 179
 180         hideCollapsed.addActionListener(new ActionListener()
 181         {
 182
 183           @Override
 184           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 185           {
 186             TreeViewerBindingI bindingManager = TreeViewerUtils
 187                     .getActiveTreeViews().get(AptxFrame.this);
 188             bindingManager.hideCollapsedSequences_actionPerformed();
 189
 190           }
 191
 192         });
 193
 194         menu.add(sortByTree);
 195         menu.add(refreshJalview);
 196         menu.add(hideCollapsed);
 197
 198         sortByTree.setFont(menu.getFont());
 199
 200
 201
 202       }
 203
 204     }
 205     // aptxFrame.validate();
 206   }
 207
 208   public void epsTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 209   {
 210     boolean accurateText = true;
 211
 212     String renderStyle = jalview.bin.Cache.getDefault("EPS_RENDERING",
 213             "Prompt each time");
 214
 215     // If we need to prompt, and if the GUI is visible then
 216     // Prompt for EPS rendering style
 217     if (renderStyle.equalsIgnoreCase("Prompt each time")
 218             && !(System.getProperty("java.awt.headless") != null && System
 219                     .getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 220     {
 221       EPSOptions eps = new EPSOptions();
 222       renderStyle = eps.getValue();
 223
 224       if (renderStyle == null || eps.cancelled)
 225       {
 226         return;
 227       }
 228
 229     }
 230
 231     if (renderStyle.equalsIgnoreCase("text"))
 232     {
 233       accurateText = false;
 234     }
 235
 236     int width = getTreePanel().getWidth();
 237     int height = getTreePanel().getHeight();
 238
 239     try
 240     {
 241       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 242               ImageMaker.EPS_EXTENSION, ImageMaker.EPS_EXTENSION);
 243       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 244       chooser.setDialogTitle(
 245               MessageManager.getString("label.create_eps_from_tree"));
 246       chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 247
 248       int value = chooser.showSaveDialog(aptxFrame);
 249
 250       if (value != JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 251       {
 252         return;
 253       }
 254
 255       Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 256               chooser.getSelectedFile().getParent());
 257
 258       FileOutputStream out = new FileOutputStream(
 259               chooser.getSelectedFile());
 260       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Tree", out, 0, 0, width,
 261               height);
 262
 263       pg.setAccurateTextMode(accurateText);
 264
 265       getTreePanel().paintToFile(pg, width, height);
 266
 267       pg.flush();
 268       pg.close();
 269     } catch (Exception ex)
 270     {
 271       ex.printStackTrace();
 272     }
 273   }
 274   @Override
 275   public TreePanelI getTreePanel()
 276   {
 277     return aptxPanel;
 278   }
 279
 280   @Override
 281   public TreeI getTree()
 282   {
 283     return aptxPanel.getTree();
 284   }
 285
 286   @Override
 287   public void enableMultipleTrees()
 288   {
 289     aptxFrame.activateSaveAllIfNeeded();
 290
 291   }
 292
 293   @Override
 294   public int getNumberOfTrees()
 295   {
 296     return aptxFrame.getMainPanel().getTabbedPane().getTabCount();
 297   }
 298
 299   @Override
 300   public TreeControlsI getTreeControls()
 301   {
 302     return aptxControls;
 303   }
 304
 305   @Override
 306   public AccessibleContext getAccessibleContext()
 307   {
 308     return aptxFrame.getAccessibleContext();
 309   }
 310
 311   @Override
 312   public JRootPane getRootPane()
 313   {
 314     return aptxFrame.getRootPane();
 315   }
 316
 317   @Override
 318   public void setContentPane(Container contentPane)
 319   {
 320     aptxFrame.setContentPane(contentPane);
 321
 322   }
 323
 324   @Override
 325   public Container getContentPane()
 326   {
 327     return aptxFrame.getContentPane();
 328   }
 329
 330   @Override
 331   public void setLayeredPane(JLayeredPane layeredPane)
 332   {
 333     aptxFrame.setLayeredPane(layeredPane);
 334
 335   }
 336
 337   @Override
 338   public JLayeredPane getLayeredPane()
 339   {
 340     return aptxFrame.getLayeredPane();
 341   }
 342
 343   @Override
 344   public void setGlassPane(Component glassPane)
 345   {
 346     aptxFrame.setGlassPane(glassPane);
 347
 348   }
 349
 350   @Override
 351   public Component getGlassPane()
 352   {
 353     return aptxFrame.getGlassPane();
 354   }
 355
 356   @Override
 357   public boolean imageUpdate(Image img, int infoflags, int x, int y,
 358           int width, int height)
 359   {
 360     return aptxFrame.imageUpdate(img, infoflags, x, y, width, height);
 361   }
 362
 363   @Override
 364   public Font getFont()
 365   {
 366     return aptxFrame.getFont();
 367   }
 368
 369   @Override
 370   public void remove(MenuComponent comp)
 371   {
 372     aptxFrame.remove(comp);
 373
 374   }
 375
 376   @Deprecated
 377   @Override
 378   public boolean postEvent(Event evt)
 379   {
 380     return aptxFrame.postEvent(evt);
 381   }
 382
 383   @Override
 384   public void addFrameListener(InternalFrameListener listener)
 385   {
 386     aptxFrame.addInternalFrameListener(listener);
 387
 388   }
 389
 390   @Override
 391   public void removeFrameListener(InternalFrameListener listener)
 392   {
 393     aptxFrame.removeInternalFrameListener(listener);
 394
 395   }
 396
 397   @Override
 398   public InternalFrameListener[] getFrameListeners()
 399   {
 400     return aptxFrame.getInternalFrameListeners();
 401
 402   }
 403
 404   @Override
 405   public void repaint()
 406   {
 407     aptxFrame.repaint();
 408
 409   }
 410
 411   @Override
 412   public void setMinimumSize(Dimension dimension)
 413   {
 414     aptxFrame.setMinimumSize(dimension);
 415
 416   }
 417
 418   @Override
 419   public boolean isShowing()
 420   {
 421     return aptxFrame.isShowing();
 422   }
 423
 424   @Override
 425   public Container getTopLevelAncestor()
 426   {
 427     return aptxFrame.getTopLevelAncestor();
 428   }
 429
 430   @Override
 431   public void addFrameToJalview(String title, boolean makeVisible,
 432           int width, int height, boolean resizable, boolean ignoreMinSize)
 433   {
 434     Desktop.addInternalFrame(aptxFrame, title, makeVisible, width, height,
 435             resizable, ignoreMinSize);
 436
 437   }
 438
 439   @Override
 440   public TreeViewerBindingI getViewBinding()
 441   {
 442     return viewBinding;
 443   }
 444
 445   @Override
 446   public void setViewBinding(TreeViewerBindingI alignmentBinding)
 447   {
 448     viewBinding = alignmentBinding;
 449   }
 450
 451
 452   @Override
 453   public void setMaximumSize(Dimension maximumSize)
 454   {
 455     aptxFrame.setMaximumSize(maximumSize);
 456
 457   }
 458
 459   @Override
 460   public void setPreferredSize(Dimension preferredSize)
 461   {
 462     aptxFrame.setPreferredSize(preferredSize);
 463
 464   }
 465
 466 }