src/jalview/ext/archaeopteryx/AptxFrame.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.bin.Cache;
   4 import jalview.ext.treeviewer.TreeControlsI;
   5 import jalview.ext.treeviewer.TreeFrameI;
   6 import jalview.ext.treeviewer.TreeI;
   7 import jalview.ext.treeviewer.TreePanelI;
   8 import jalview.ext.treeviewer.TreeViewerBindingI;
   9 import jalview.ext.treeviewer.TreeViewerUtils;
  10 import jalview.gui.Desktop;
  11 import jalview.gui.LineartOptions;
  12 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  13 import jalview.io.JalviewFileView;
  14 import jalview.util.ImageMaker;
  15 import jalview.util.MessageManager;
  16 import jalview.util.Platform;
  17 import jalview.util.ImageMaker.TYPE;
  18
  19 import java.awt.Component;
  20 import java.awt.Container;
  21 import java.awt.Dimension;
  22 import java.awt.Event;
  23 import java.awt.Font;
  24 import java.awt.Image;
  25 import java.awt.MenuComponent;
  26 import java.awt.event.ActionEvent;
  27 import java.awt.event.ActionListener;
  28 import java.io.FileOutputStream;
  29 import java.util.concurrent.atomic.AtomicBoolean;
  30
  31 import javax.accessibility.AccessibleContext;
  32 import javax.swing.JLayeredPane;
  33 import javax.swing.JMenu;
  34 import javax.swing.JMenuBar;
  35 import javax.swing.JMenuItem;
  36 import javax.swing.JRootPane;
  37 import javax.swing.JSeparator;
  38 import javax.swing.event.InternalFrameListener;
  39
  40 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  41 import org.forester.archaeopteryx.Configuration;
  42 import org.forester.archaeopteryx.MainFrame;
  43 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  44 import org.jibble.epsgraphics.EpsGraphics2D;
  45
  46 public class AptxFrame implements TreeFrameI
  47 {
  48   private final MainFrame aptxFrame;
  49
  50   private TreeViewerBindingI viewBinding;
  51
  52   private TreePanelI aptxPanel;
  53
  54   private TreeControlsI aptxControls;
  55
  56
  57   public AptxFrame(Phylogeny tree, Configuration aptxConfig,
  58           String treeTitle)
  59   {
  60     this(Archaeopteryx.createApplication(tree,
  61             aptxConfig,
  62             treeTitle));
  63
  64   }
  65
  66
  67   public AptxFrame(MainFrame aptx)
  68   {
  69
  70     aptxFrame = aptx;
  71     aptxPanel = new AptxTreePanel(
  72             aptxFrame.getMainPanel().getCurrentTreePanel());
  73     aptxControls = new AptxControlPanel(
  74             aptxFrame.getMainPanel().getControlPanel());
  75     adaptAptxGui(aptxFrame);
  76
  77   }
  78
  79   /**
  80    * Hides certain redundant Archaeopteryx GUI elements such as the menu items
  81    * for reading in trees and adds extra items related to Jalview such as the
  82    * tree sorting menu item.
  83    *
  84    *
  85    * @param aptxFrame
  86    */
  87   protected void adaptAptxGui(MainFrame aptxFrame)
  88   {
  89     JMenuBar frameBar = aptxFrame.getJMenuBar();
  90     boolean epsAdded = false;
  91     for (int i = 0; i < frameBar.getMenuCount();i++) {
  92       JMenu menu = frameBar.getMenu(i);
  93       int menuCount = menu.getMenuComponentCount();
  94
  95       if (menu.getText().contains("File"))
  96       {
  97         // hide all "Read from ..." and "New" menu items and any Separators that
  98         // come directly after them
  99         Component previousComp = null;
 100         for (int x = 0; x < menuCount; x++)
 101         {
 102           Component menuItem = menu.getMenuComponent(x);
 103           if (previousComp instanceof JMenuItem)
 104           {
 105             JMenuItem previousMenuItem = (JMenuItem) previousComp;
 106             if (previousMenuItem.getText().startsWith("Read")
 107                     || previousMenuItem.getText()
 108                             .startsWith("New")
 109                     || previousMenuItem.getText()
 110                             .startsWith("Close Tab"))
 111             {
 112               previousComp.setVisible(false);
 113
 114               if (menuItem instanceof JSeparator)
 115               {
 116                 menuItem.setVisible(false);
 117               }
 118
 119             }
 120
 121             if ((!epsAdded) && previousMenuItem.getText()
 122                     .startsWith("Export to"))
 123             {
 124               JMenuItem exportEps = new JMenuItem("Export to EPS file...");
 125               menu.add(exportEps, x);
 126               exportEps.addActionListener(new ActionListener()
 127               {
 128
 129                 @Override
 130                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 131                 {
 132                   epsTree_actionPerformed(e);
 133
 134                 }
 135
 136               });
 137               epsAdded = true;
 138
 139             }
 140           }
 141           previousComp = menuItem;
 142         }
 143       }
 144       else if (menu.getText().contains("Inference"))
 145       {
 146         menu.setVisible(false);
 147       }
 148       else if (menu.getText().contains("View"))
 149       {
 150         menu.addSeparator();
 151
 152         JMenuItem sortByTree = new JMenuItem("Sort alignment by tree");
 153         JMenuItem refreshJalview = new JMenuItem(
 154                 "Filter alignment to show only currently visible sequences");
 155         JMenuItem hideCollapsed = new JMenuItem(
 156                 "Hide sequences of collapsed nodes");
 157
 158         refreshJalview.setFont(menu.getFont());
 159         refreshJalview.addActionListener(new ActionListener() {
 160
 161           @Override
 162           public void actionPerformed(ActionEvent e) {
 163             TreeViewerBindingI bindingManager = TreeViewerUtils
 164                     .getActiveTreeViews().get(AptxFrame.this);
 165             bindingManager.actionPerformed(e);
 166           }
 167         });
 168
 169         sortByTree.addActionListener(new ActionListener()
 170         {
 171
 172           @Override
 173           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 174           {
 175             TreeViewerBindingI bindingManager = TreeViewerUtils
 176                     .getActiveTreeViews().get(AptxFrame.this);
 177             bindingManager.sortByTree_actionPerformed();
 178
 179           }
 180
 181         });
 182
 183         hideCollapsed.addActionListener(new ActionListener()
 184         {
 185
 186           @Override
 187           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 188           {
 189             TreeViewerBindingI bindingManager = TreeViewerUtils
 190                     .getActiveTreeViews().get(AptxFrame.this);
 191             bindingManager.hideCollapsedSequences_actionPerformed();
 192
 193           }
 194
 195         });
 196
 197         menu.add(sortByTree);
 198         menu.add(refreshJalview);
 199         menu.add(hideCollapsed);
 200
 201         sortByTree.setFont(menu.getFont());
 202
 203
 204
 205       }
 206
 207     }
 208     // aptxFrame.validate();
 209   }
 210
 211   public void epsTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 212   {
 213     boolean accurateText = true;
 214     final long messageId = System.currentTimeMillis();
 215
 216     String renderStyle = jalview.bin.Cache.getDefault("EPS_RENDERING",
 217             "Prompt each time");
 218     if (Platform.isJS())
 219     {
 220       renderStyle = "Text";
 221     }
 222
 223     AtomicBoolean textSelected = new AtomicBoolean(
 224             !"Lineart".equals(renderStyle));
 225
 226     // If we need to prompt, and if the GUI is visible then
 227     // Prompt for EPS rendering style
 228     if (renderStyle.equalsIgnoreCase("Prompt each time")
 229             && !Platform.isHeadless())
 230     // && !(System.getProperty("java.awt.headless") != null && System
 231     // .getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 232     {
 233       LineartOptions epsOption = new LineartOptions(TYPE.EPS.getName(),
 234               textSelected);
 235       epsOption.setResponseAction(1, new Runnable()
 236       {
 237         @Override
 238         public void run()
 239         {
 240           // report canceled
 241           // setStatus(MessageManager.formatMessage(
 242           // "status.cancelled_image_export_operation",
 243           // TYPE.EPS.getName()), messageId);
 244         }
 245       });
 246       epsOption.setResponseAction(0, new Runnable()
 247       {
 248         @Override
 249         public void run()
 250         {
 251           // TODO Auto-generated method stub
 252
 253           String renderStyle = epsOption.getValue();
 254
 255           if (renderStyle == null)
 256           {
 257             return;
 258           }
 259
 260           boolean accurateText = true;
 261           if (renderStyle.equalsIgnoreCase("text"))
 262           {
 263             accurateText = false;
 264           }
 265           doExport(accurateText);
 266
 267         }
 268
 269       });
 270       epsOption.showDialog();
 271     }
 272     else
 273     {
 274       doExport(accurateText);
 275     }
 276   }
 277
 278   protected void doExport(boolean accurateText)
 279   {
 280     int width = getTreePanel().getWidth();
 281     int height = getTreePanel().getHeight();
 282
 283     try
 284     {
 285       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 286               ImageMaker.EPS_EXTENSION, ImageMaker.EPS_EXTENSION);
 287       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 288       chooser.setDialogTitle(
 289               MessageManager.getString("label.create_eps_from_tree"));
 290       chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 291
 292       int value = chooser.showSaveDialog(aptxFrame);
 293
 294       if (value != JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 295       {
 296         return;
 297       }
 298
 299       Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 300               chooser.getSelectedFile().getParent());
 301
 302       FileOutputStream out = new FileOutputStream(
 303               chooser.getSelectedFile());
 304       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Tree", out, 0, 0, width,
 305               height);
 306
 307       pg.setAccurateTextMode(accurateText);
 308
 309       getTreePanel().paintToFile(pg, width, height);
 310
 311       pg.flush();
 312       pg.close();
 313     } catch (Exception ex)
 314     {
 315       ex.printStackTrace();
 316     }
 317   }
 318   @Override
 319   public TreePanelI getTreePanel()
 320   {
 321     return aptxPanel;
 322   }
 323
 324   @Override
 325   public TreeI getTree()
 326   {
 327     return aptxPanel.getTree();
 328   }
 329
 330   @Override
 331   public void enableMultipleTrees()
 332   {
 333     aptxFrame.activateSaveAllIfNeeded();
 334
 335   }
 336
 337   @Override
 338   public int getNumberOfTrees()
 339   {
 340     return aptxFrame.getMainPanel().getTabbedPane().getTabCount();
 341   }
 342
 343   @Override
 344   public TreeControlsI getTreeControls()
 345   {
 346     return aptxControls;
 347   }
 348
 349   @Override
 350   public AccessibleContext getAccessibleContext()
 351   {
 352     return aptxFrame.getAccessibleContext();
 353   }
 354
 355   @Override
 356   public JRootPane getRootPane()
 357   {
 358     return aptxFrame.getRootPane();
 359   }
 360
 361   @Override
 362   public void setContentPane(Container contentPane)
 363   {
 364     aptxFrame.setContentPane(contentPane);
 365
 366   }
 367
 368   @Override
 369   public Container getContentPane()
 370   {
 371     return aptxFrame.getContentPane();
 372   }
 373
 374   @Override
 375   public void setLayeredPane(JLayeredPane layeredPane)
 376   {
 377     aptxFrame.setLayeredPane(layeredPane);
 378
 379   }
 380
 381   @Override
 382   public JLayeredPane getLayeredPane()
 383   {
 384     return aptxFrame.getLayeredPane();
 385   }
 386
 387   @Override
 388   public void setGlassPane(Component glassPane)
 389   {
 390     aptxFrame.setGlassPane(glassPane);
 391
 392   }
 393
 394   @Override
 395   public Component getGlassPane()
 396   {
 397     return aptxFrame.getGlassPane();
 398   }
 399
 400   @Override
 401   public boolean imageUpdate(Image img, int infoflags, int x, int y,
 402           int width, int height)
 403   {
 404     return aptxFrame.imageUpdate(img, infoflags, x, y, width, height);
 405   }
 406
 407   @Override
 408   public Font getFont()
 409   {
 410     return aptxFrame.getFont();
 411   }
 412
 413   @Override
 414   public void remove(MenuComponent comp)
 415   {
 416     aptxFrame.remove(comp);
 417
 418   }
 419
 420   @Deprecated
 421   @Override
 422   public boolean postEvent(Event evt)
 423   {
 424     return aptxFrame.postEvent(evt);
 425   }
 426
 427   @Override
 428   public void addFrameListener(InternalFrameListener listener)
 429   {
 430     aptxFrame.addInternalFrameListener(listener);
 431
 432   }
 433
 434   @Override
 435   public void removeFrameListener(InternalFrameListener listener)
 436   {
 437     aptxFrame.removeInternalFrameListener(listener);
 438
 439   }
 440
 441   @Override
 442   public InternalFrameListener[] getFrameListeners()
 443   {
 444     return aptxFrame.getInternalFrameListeners();
 445
 446   }
 447
 448   @Override
 449   public void repaint()
 450   {
 451     aptxFrame.repaint();
 452
 453   }
 454
 455   @Override
 456   public void setMinimumSize(Dimension dimension)
 457   {
 458     aptxFrame.setMinimumSize(dimension);
 459
 460   }
 461
 462   @Override
 463   public boolean isShowing()
 464   {
 465     return aptxFrame.isShowing();
 466   }
 467
 468   @Override
 469   public Container getTopLevelAncestor()
 470   {
 471     return aptxFrame.getTopLevelAncestor();
 472   }
 473
 474   @Override
 475   public void addFrameToJalview(String title, boolean makeVisible,
 476           int width, int height, boolean resizable, boolean ignoreMinSize)
 477   {
 478     Desktop.addInternalFrame(aptxFrame, title, makeVisible, width, height,
 479             resizable, ignoreMinSize);
 480
 481   }
 482
 483   @Override
 484   public TreeViewerBindingI getViewBinding()
 485   {
 486     return viewBinding;
 487   }
 488
 489   @Override
 490   public void setViewBinding(TreeViewerBindingI alignmentBinding)
 491   {
 492     viewBinding = alignmentBinding;
 493   }
 494
 495
 496   @Override
 497   public void setMaximumSize(Dimension maximumSize)
 498   {
 499     aptxFrame.setMaximumSize(maximumSize);
 500
 501   }
 502
 503   @Override
 504   public void setPreferredSize(Dimension preferredSize)
 505   {
 506     aptxFrame.setPreferredSize(preferredSize);
 507
 508   }
 509
 510 }