src/jalview/ext/archaeopteryx/AptxFrame.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeControlsI;
   4 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeFrame;
   5 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeI;
   6 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreePanel;
   7 import jalview.gui.Desktop;
   8
   9 import java.awt.Component;
  10 import java.awt.Container;
  11 import java.awt.Dimension;
  12 import java.awt.Event;
  13 import java.awt.Font;
  14 import java.awt.Image;
  15 import java.awt.MenuComponent;
  16
  17 import javax.accessibility.AccessibleContext;
  18 import javax.swing.JLayeredPane;
  19 import javax.swing.JMenu;
  20 import javax.swing.JMenuBar;
  21 import javax.swing.JMenuItem;
  22 import javax.swing.JRootPane;
  23 import javax.swing.JSeparator;
  24 import javax.swing.event.InternalFrameListener;
  25
  26 import org.forester.archaeopteryx.MainFrame;
  27
  28 public class AptxFrame implements ExternalTreeFrame
  29 {
  30   private final MainFrame aptxFrame;
  31
  32   private ExternalTreePanel aptxPanel;
  33
  34   private ExternalTreeControlsI aptxControls;
  35
  36   public AptxFrame(MainFrame aptx)
  37   {
  38     aptxFrame = aptx;
  39     aptxPanel = new AptxTreePanel(
  40             aptxFrame.getMainPanel().getCurrentTreePanel());
  41     aptxControls = new AptxControlPanel(
  42             aptxFrame.getMainPanel().getControlPanel());
  43     adaptAptxGui(aptxFrame);
  44
  45   }
  46   /**
  47    * Hides certain redundant Archaeopteryx GUI elements such as the menu items
  48    * for reading in trees and adds extra items related to Jalview such as the
  49    * tree sorting item.
  50    *
  51    *
  52    * @param aptxFrame
  53    */
  54   private void adaptAptxGui(MainFrame aptxFrame)
  55   {
  56     JMenuBar frameBar = aptxFrame.getJMenuBar();
  57
  58     for (int i = 0; i < frameBar.getMenuCount(); i++)
  59     {
  60       JMenu menu = frameBar.getMenu(i);
  61
  62       if (menu.getText().startsWith("File"))
  63       {
  64         // hide all "Read from ..." and "New" menu items and any Separators that
  65         // come directly after them
  66         Component previousMenuItem = null;
  67         for (Component menuItem : menu.getMenuComponents())
  68         {
  69           if (previousMenuItem instanceof JMenuItem)
  70           {
  71             if (((JMenuItem) previousMenuItem).getText().startsWith("Read")
  72                     || ((JMenuItem) previousMenuItem).getText()
  73                             .startsWith("New"))
  74             {
  75               previousMenuItem.setVisible(false);
  76
  77               if (menuItem instanceof JSeparator)
  78               {
  79                 menuItem.setVisible(false);
  80               }
  81             }
  82           }
  83           previousMenuItem = menuItem;
  84         }
  85       }
  86       else if (menu.getText().startsWith("Inference"))
  87       {
  88         menu.setVisible(false);
  89       }
  90       else if (menu.getText().startsWith("View"))
  91       {
  92         menu.addSeparator();
  93         JMenuItem sortMenuItem = new JMenuItem("Sort alignment by tree");
  94         sortMenuItem.setVisible(false);
  95         menu.add(sortMenuItem);
  96       }
  97
  98     }
  99     aptxFrame.validate();
 100   }
 101
 102   @Override
 103   public ExternalTreePanel getTreePanel()
 104   {
 105     return aptxPanel;
 106   }
 107
 108   @Override
 109   public ExternalTreeI getTree()
 110   {
 111     return aptxPanel.getTree();
 112   }
 113
 114   @Override
 115   public void checkMultipleTrees()
 116   {
 117     aptxFrame.activateSaveAllIfNeeded();
 118
 119   }
 120
 121   @Override
 122   public int getNumberOfTrees()
 123   {
 124     return aptxFrame.getMainPanel().getTabbedPane().getTabCount();
 125   }
 126
 127   @Override
 128   public ExternalTreeControlsI getTreeControls()
 129   {
 130     return aptxControls;
 131   }
 132
 133   @Override
 134   public AccessibleContext getAccessibleContext()
 135   {
 136     return aptxFrame.getAccessibleContext();
 137   }
 138
 139   @Override
 140   public JRootPane getRootPane()
 141   {
 142     return aptxFrame.getRootPane();
 143   }
 144
 145   @Override
 146   public void setContentPane(Container contentPane)
 147   {
 148     aptxFrame.setContentPane(contentPane);
 149
 150   }
 151
 152   @Override
 153   public Container getContentPane()
 154   {
 155     return aptxFrame.getContentPane();
 156   }
 157
 158   @Override
 159   public void setLayeredPane(JLayeredPane layeredPane)
 160   {
 161     aptxFrame.setLayeredPane(layeredPane);
 162
 163   }
 164
 165   @Override
 166   public JLayeredPane getLayeredPane()
 167   {
 168     return aptxFrame.getLayeredPane();
 169   }
 170
 171   @Override
 172   public void setGlassPane(Component glassPane)
 173   {
 174     aptxFrame.setGlassPane(glassPane);
 175
 176   }
 177
 178   @Override
 179   public Component getGlassPane()
 180   {
 181     return aptxFrame.getGlassPane();
 182   }
 183
 184   @Override
 185   public boolean imageUpdate(Image img, int infoflags, int x, int y,
 186           int width, int height)
 187   {
 188     return aptxFrame.imageUpdate(img, infoflags, x, y, width, height);
 189   }
 190
 191   @Override
 192   public Font getFont()
 193   {
 194     return aptxFrame.getFont();
 195   }
 196
 197   @Override
 198   public void remove(MenuComponent comp)
 199   {
 200     aptxFrame.remove(comp);
 201
 202   }
 203
 204   @Deprecated
 205   @Override
 206   public boolean postEvent(Event evt)
 207   {
 208     return aptxFrame.postEvent(evt);
 209   }
 210
 211   @Override
 212   public void addFrameListener(InternalFrameListener listener)
 213   {
 214     aptxFrame.addInternalFrameListener(listener);
 215
 216   }
 217
 218   @Override
 219   public void removeFrameListener(InternalFrameListener listener)
 220   {
 221     aptxFrame.removeInternalFrameListener(listener);
 222
 223   }
 224
 225   @Override
 226   public InternalFrameListener[] getFrameListeners()
 227   {
 228     return aptxFrame.getInternalFrameListeners();
 229
 230   }
 231
 232   @Override
 233   public void repaint()
 234   {
 235     aptxFrame.repaint();
 236
 237   }
 238
 239   @Override
 240   public void setMinimumSize(Dimension dimension)
 241   {
 242     aptxFrame.setMinimumSize(dimension);
 243
 244   }
 245
 246   @Override
 247   public boolean isShowing()
 248   {
 249     return aptxFrame.isShowing();
 250   }
 251
 252   @Override
 253   public Container getTopLevelAncestor()
 254   {
 255     return aptxFrame.getTopLevelAncestor();
 256   }
 257
 258   @Override
 259   public void addFrameToJalview(String title, boolean makeVisible,
 260           int width, int height, boolean resizable, boolean ignoreMinSize)
 261   {
 262     Desktop.addInternalFrame(aptxFrame, title, makeVisible, width, height,
 263             resizable, ignoreMinSize);
 264
 265   }
 266
 267 }