src/jalview/ext/archaeopteryx/AptxFrame.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.bin.Cache;
   4 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeControlsI;
   5 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeFrame;
   6 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeI;
   7 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreePanel;
   8 import jalview.gui.Desktop;
   9 import jalview.gui.EPSOptions;
  10 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  11 import jalview.io.JalviewFileView;
  12 import jalview.util.ImageMaker;
  13 import jalview.util.MessageManager;
  14
  15 import java.awt.Component;
  16 import java.awt.Container;
  17 import java.awt.Dimension;
  18 import java.awt.Event;
  19 import java.awt.Font;
  20 import java.awt.Image;
  21 import java.awt.MenuComponent;
  22 import java.awt.event.ActionEvent;
  23 import java.awt.event.ActionListener;
  24 import java.io.FileOutputStream;
  25
  26 import javax.accessibility.AccessibleContext;
  27 import javax.swing.JLayeredPane;
  28 import javax.swing.JMenu;
  29 import javax.swing.JMenuBar;
  30 import javax.swing.JMenuItem;
  31 import javax.swing.JRootPane;
  32 import javax.swing.JSeparator;
  33 import javax.swing.event.InternalFrameListener;
  34
  35 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  36 import org.forester.archaeopteryx.Configuration;
  37 import org.forester.archaeopteryx.MainFrame;
  38 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  39 import org.jibble.epsgraphics.EpsGraphics2D;
  40
  41 public class AptxFrame implements ExternalTreeFrame
  42 {
  43   private final MainFrame aptxFrame;
  44
  45   private ExternalTreePanel aptxPanel;
  46
  47   private ExternalTreeControlsI aptxControls;
  48
  49
  50   public AptxFrame(Phylogeny tree, Configuration aptxConfig,
  51           String treeTitle)
  52   {
  53     this(Archaeopteryx.createApplication(tree,
  54             aptxConfig,
  55             treeTitle));
  56
  57   }
  58
  59
  60   public AptxFrame(MainFrame aptx)
  61   {
  62
  63     aptxFrame = aptx;
  64     aptxPanel = new AptxTreePanel(
  65             aptxFrame.getMainPanel().getCurrentTreePanel());
  66     aptxControls = new AptxControlPanel(
  67             aptxFrame.getMainPanel().getControlPanel());
  68     adaptAptxGui(aptxFrame);
  69
  70   }
  71
  72   /**
  73    * Hides certain redundant Archaeopteryx GUI elements such as the menu items
  74    * for reading in trees and adds extra items related to Jalview such as the
  75    * tree sorting menu item.
  76    *
  77    *
  78    * @param aptxFrame
  79    */
  80   protected void adaptAptxGui(MainFrame aptxFrame)
  81   {
  82     JMenuBar frameBar = aptxFrame.getJMenuBar();
  83     boolean epsAdded = false;
  84     for (int i = 0; i < frameBar.getMenuCount();i++) {
  85       JMenu menu = frameBar.getMenu(i);
  86       int menuCount = menu.getMenuComponentCount();
  87
  88       if (menu.getText().contains("File"))
  89       {
  90         // hide all "Read from ..." and "New" menu items and any Separators that
  91         // come directly after them
  92         Component previousComp = null;
  93         for (int x = 0; x < menuCount; x++)
  94         {
  95           Component menuItem = menu.getMenuComponent(x);
  96           if (previousComp instanceof JMenuItem)
  97           {
  98             JMenuItem previousMenuItem = (JMenuItem) previousComp;
  99             if (previousMenuItem.getText().startsWith("Read")
 100                     || previousMenuItem.getText()
 101                             .startsWith("New")
 102                     || previousMenuItem.getText()
 103                             .startsWith("Close Tab"))
 104             {
 105               previousComp.setVisible(false);
 106
 107               if (menuItem instanceof JSeparator)
 108               {
 109                 menuItem.setVisible(false);
 110               }
 111
 112             }
 113
 114             if ((!epsAdded) && previousMenuItem.getText()
 115                     .startsWith("Export to"))
 116             {
 117               JMenuItem exportEps = new JMenuItem("Export to EPS file...");
 118               menu.add(exportEps, x);
 119               exportEps.addActionListener(new ActionListener()
 120               {
 121
 122                 @Override
 123                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 124                 {
 125                   epsTree_actionPerformed(e);
 126
 127                 }
 128
 129               });
 130               epsAdded = true;
 131
 132             }
 133           }
 134           previousComp = menuItem;
 135         }
 136       }
 137       else if (menu.getText().contains("Inference"))
 138       {
 139         menu.setVisible(false);
 140       }
 141       else if (menu.getText().contains("View"))
 142       {
 143         menu.addSeparator();
 144         JMenuItem sortByTree = new JMenuItem("Sort alignment by tree");
 145         JMenuItem refreshJalview = new JMenuItem(
 146                 "Filter alignment to show only currently visible sequences");
 147
 148         refreshJalview.setFont(menu.getFont());
 149
 150         menu.add(sortByTree);
 151         menu.add(refreshJalview);
 152
 153         sortByTree.setFont(menu.getFont());
 154         refreshJalview
 155                 .addActionListener(AptxInit.getAllAptxFrames().get(this));
 156
 157
 158       }
 159
 160     }
 161     // aptxFrame.validate();
 162   }
 163
 164   public void epsTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 165   {
 166     boolean accurateText = true;
 167
 168     String renderStyle = jalview.bin.Cache.getDefault("EPS_RENDERING",
 169             "Prompt each time");
 170
 171     // If we need to prompt, and if the GUI is visible then
 172     // Prompt for EPS rendering style
 173     if (renderStyle.equalsIgnoreCase("Prompt each time")
 174             && !(System.getProperty("java.awt.headless") != null && System
 175                     .getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 176     {
 177       EPSOptions eps = new EPSOptions();
 178       renderStyle = eps.getValue();
 179
 180       if (renderStyle == null || eps.cancelled)
 181       {
 182         return;
 183       }
 184
 185     }
 186
 187     if (renderStyle.equalsIgnoreCase("text"))
 188     {
 189       accurateText = false;
 190     }
 191
 192     int width = getTreePanel().getWidth();
 193     int height = getTreePanel().getHeight();
 194
 195     try
 196     {
 197       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 198               ImageMaker.EPS_EXTENSION, ImageMaker.EPS_EXTENSION);
 199       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 200       chooser.setDialogTitle(
 201               MessageManager.getString("label.create_eps_from_tree"));
 202       chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 203
 204       int value = chooser.showSaveDialog(aptxFrame);
 205
 206       if (value != JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 207       {
 208         return;
 209       }
 210
 211       Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 212               chooser.getSelectedFile().getParent());
 213
 214       FileOutputStream out = new FileOutputStream(
 215               chooser.getSelectedFile());
 216       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Tree", out, 0, 0, width,
 217               height);
 218
 219       pg.setAccurateTextMode(accurateText);
 220
 221       getTreePanel().paintToFile(pg, width, height);
 222
 223       pg.flush();
 224       pg.close();
 225     } catch (Exception ex)
 226     {
 227       ex.printStackTrace();
 228     }
 229   }
 230   @Override
 231   public ExternalTreePanel getTreePanel()
 232   {
 233     return aptxPanel;
 234   }
 235
 236   @Override
 237   public ExternalTreeI getTree()
 238   {
 239     return aptxPanel.getTree();
 240   }
 241
 242   @Override
 243   public void checkMultipleTrees()
 244   {
 245     aptxFrame.activateSaveAllIfNeeded();
 246
 247   }
 248
 249   @Override
 250   public int getNumberOfTrees()
 251   {
 252     return aptxFrame.getMainPanel().getTabbedPane().getTabCount();
 253   }
 254
 255   @Override
 256   public ExternalTreeControlsI getTreeControls()
 257   {
 258     return aptxControls;
 259   }
 260
 261   @Override
 262   public AccessibleContext getAccessibleContext()
 263   {
 264     return aptxFrame.getAccessibleContext();
 265   }
 266
 267   @Override
 268   public JRootPane getRootPane()
 269   {
 270     return aptxFrame.getRootPane();
 271   }
 272
 273   @Override
 274   public void setContentPane(Container contentPane)
 275   {
 276     aptxFrame.setContentPane(contentPane);
 277
 278   }
 279
 280   @Override
 281   public Container getContentPane()
 282   {
 283     return aptxFrame.getContentPane();
 284   }
 285
 286   @Override
 287   public void setLayeredPane(JLayeredPane layeredPane)
 288   {
 289     aptxFrame.setLayeredPane(layeredPane);
 290
 291   }
 292
 293   @Override
 294   public JLayeredPane getLayeredPane()
 295   {
 296     return aptxFrame.getLayeredPane();
 297   }
 298
 299   @Override
 300   public void setGlassPane(Component glassPane)
 301   {
 302     aptxFrame.setGlassPane(glassPane);
 303
 304   }
 305
 306   @Override
 307   public Component getGlassPane()
 308   {
 309     return aptxFrame.getGlassPane();
 310   }
 311
 312   @Override
 313   public boolean imageUpdate(Image img, int infoflags, int x, int y,
 314           int width, int height)
 315   {
 316     return aptxFrame.imageUpdate(img, infoflags, x, y, width, height);
 317   }
 318
 319   @Override
 320   public Font getFont()
 321   {
 322     return aptxFrame.getFont();
 323   }
 324
 325   @Override
 326   public void remove(MenuComponent comp)
 327   {
 328     aptxFrame.remove(comp);
 329
 330   }
 331
 332   @Deprecated
 333   @Override
 334   public boolean postEvent(Event evt)
 335   {
 336     return aptxFrame.postEvent(evt);
 337   }
 338
 339   @Override
 340   public void addFrameListener(InternalFrameListener listener)
 341   {
 342     aptxFrame.addInternalFrameListener(listener);
 343
 344   }
 345
 346   @Override
 347   public void removeFrameListener(InternalFrameListener listener)
 348   {
 349     aptxFrame.removeInternalFrameListener(listener);
 350
 351   }
 352
 353   @Override
 354   public InternalFrameListener[] getFrameListeners()
 355   {
 356     return aptxFrame.getInternalFrameListeners();
 357
 358   }
 359
 360   @Override
 361   public void repaint()
 362   {
 363     aptxFrame.repaint();
 364
 365   }
 366
 367   @Override
 368   public void setMinimumSize(Dimension dimension)
 369   {
 370     aptxFrame.setMinimumSize(dimension);
 371
 372   }
 373
 374   @Override
 375   public boolean isShowing()
 376   {
 377     return aptxFrame.isShowing();
 378   }
 379
 380   @Override
 381   public Container getTopLevelAncestor()
 382   {
 383     return aptxFrame.getTopLevelAncestor();
 384   }
 385
 386   @Override
 387   public void addFrameToJalview(String title, boolean makeVisible,
 388           int width, int height, boolean resizable, boolean ignoreMinSize)
 389   {
 390     Desktop.addInternalFrame(aptxFrame, title, makeVisible, width, height,
 391             resizable, ignoreMinSize);
 392
 393   }
 394
 395 }