src/jalview/ext/archaeopteryx/AptxInit.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.analysis.TreeBuilder;
   4 import jalview.datamodel.SequenceI;
   5 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeBuilderI;
   6 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeViewerBindingI;
   7 import jalview.gui.Desktop;
   8 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
   9
  10 import java.awt.Dimension;
  11 import java.net.URL;
  12 import java.util.Map;
  13
  14 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  15 import org.forester.archaeopteryx.MainFrame;
  16 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  17 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  18
  19 /**
  20  * Static class for creating Archaeopteryx tree viewer instances from calculated
  21  * trees and letting them be bound to Jalview.
  22  *
  23  * @author kjvanderheide
  24  *
  25  */
  26 public final class AptxInit
  27 {
  28   /**
  29    * Test method, should generally not be used as it does not bind the tree to
  30    * its alignment
  31    *
  32    * @param aptxTrees
  33    * @return
  34    */
  35   public static MainFrame createUnboundInstance(final Phylogeny aptxTree)
  36   {
  37     Phylogeny[] aptxTrees = { aptxTree };
  38     return createAptxFrame(aptxTrees);
  39   }
  40
  41   // public static MainFrame createInstance(final Phylogeny[] aptxTrees,
  42   // AlignmentViewport jalviewAlignmentView)
  43   // {
  44   // return createAptxFrameInJalview(aptxTrees);
  45   //
  46   // }
  47   //
  48   // public static MainFrame createInstance(final Phylogeny aptxTree,
  49   // final AlignmentViewport jalviewAlignmentView)
  50   // {
  51   // Phylogeny[] aptxTrees = { aptxTree }; // future possibility to load in
  52   // // several trees simultaneously
  53   // return createAptxFrameInJalview(aptxTrees);
  54   //
  55   // }
  56
  57   public static MainFrame createInstance(
  58           final TreeBuilder calculatedTree) // very dense method, to be split up
  59   {
  60     ExternalTreeBuilderI<Phylogeny, PhylogenyNode> aptxTreeBuilder = new AptxTreeBuilder(
  61             calculatedTree);
  62
  63     Phylogeny aptxTree = aptxTreeBuilder.buildTree();
  64     Phylogeny[] aptxTrees = { aptxTree }; // future possibility to load in
  65                                           // several trees simultaneously
  66
  67     MainFrame aptxApp = createAptxFrame(aptxTrees);
  68
  69     bindNodesToJalviewSequences(aptxApp, calculatedTree.getAvport(),
  70             aptxTreeBuilder.getAlignmentBoundNodes(),
  71             aptxTreeBuilder.getNodesBoundAlignment());
  72
  73     return bindFrameToJalview(aptxApp);
  74
  75   }
  76
  77   public static MainFrame createInstanceFromFile(String filePath,
  78           AlignmentViewport viewport)
  79   {
  80     String[] AptxArgs = new String[] { "-c",
  81         "_aptx_jalview_configuration_file", filePath };
  82     MainFrame aptxApp = Archaeopteryx.main(AptxArgs);
  83
  84     LoadedTreeAssociation bindAptxNodes = new LoadedTreeAssociation(
  85             viewport.getAlignment().getSequencesArray(),
  86             aptxApp.getMainPanel().getCurrentTreePanel().getPhylogeny());
  87
  88     bindAptxNodes.associateLeavesToSequences();
  89
  90     bindNodesToJalviewSequences(aptxApp, viewport,
  91             bindAptxNodes.getAlignmentWithNodes(),
  92             bindAptxNodes.getNodesWithAlignment());
  93
  94     return bindFrameToJalview(aptxApp);
  95   }
  96
  97   public static MainFrame createInstanceFromUrl(URL url)
  98   {
  99
 100     return null;
 101     // void readPhylogeniesFromURL() {
 102     // URL url = null;
 103     // Phylogeny[] phys = null;
 104     // final String message = "Please enter a complete URL, for example
 105     // \"http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S15480?format=nexus\"";
 106     // final String url_string = JOptionPane
 107     // .showInputDialog( this,
 108     // message,
 109     // "Use URL/webservice to obtain a phylogeny",
 110     // JOptionPane.QUESTION_MESSAGE );
 111     // boolean nhx_or_nexus = false;
 112     // if ( ( url_string != null ) && ( url_string.length() > 0 ) ) {
 113     // try {
 114     // url = new URL( url_string );
 115     // PhylogenyParser parser = null;
 116     // if ( url.getHost().toLowerCase().indexOf( "tolweb" ) >= 0 ) {
 117     // parser = new TolParser();
 118     // }
 119     // else {
 120     // parser = ParserUtils
 121     // .createParserDependingOnUrlContents( url,
 122     // getConfiguration().isValidatePhyloXmlAgainstSchema() );
 123     // }
 124     // if ( parser instanceof NexusPhylogeniesParser ) {
 125     // nhx_or_nexus = true;
 126     // }
 127     // else if ( parser instanceof NHXParser ) {
 128     // nhx_or_nexus = true;
 129     // }
 130     // if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 131     // _mainpanel.getCurrentTreePanel().setWaitCursor();
 132     // }
 133     // else {
 134     // _mainpanel.setWaitCursor();
 135     // }
 136     // final PhylogenyFactory factory =
 137     // ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 138     // phys = factory.create( url.openStream(), parser );
 139     // }
 140     // catch ( final MalformedURLException e ) {
 141     // JOptionPane.showMessageDialog( this,
 142     // "Malformed URL: " + url + "\n" + e.getLocalizedMessage(),
 143     // "Malformed URL",
 144     // JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 145     // }
 146     // catch ( final IOException e ) {
 147     // JOptionPane.showMessageDialog( this,
 148     // "Could not read from " + url + "\n"
 149     // + ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
 150     // "Failed to read URL",
 151     // JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 152     // }
 153     // catch ( final Exception e ) {
 154     // JOptionPane.showMessageDialog( this,
 155     // ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
 156     // "Unexpected Exception",
 157     // JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 158     // }
 159     // finally {
 160     // if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 161     // _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
 162     // }
 163     // else {
 164     // _mainpanel.setArrowCursor();
 165     // }
 166     // }
 167     // if ( ( phys != null ) && ( phys.length > 0 ) ) {
 168     // if ( nhx_or_nexus &&
 169     // getOptions().isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() ) {
 170     // for( final Phylogeny phy : phys ) {
 171     // PhylogenyMethods.transferInternalNodeNamesToConfidence( phy, "" );
 172     // }
 173     // }
 174     // AptxUtil.addPhylogeniesToTabs( phys,
 175     // new File( url.getFile() ).getName(),
 176     // new File( url.getFile() ).toString(),
 177     // getConfiguration(),
 178     // getMainPanel() );
 179     // _mainpanel.getControlPanel().showWhole();
 180     // }
 181     // }
 182     // activateSaveAllIfNeeded();
 183     // System.gc();
 184     // }
 185
 186   }
 187
 188
 189
 190   public static MainFrame createAptxFrame(
 191           final Phylogeny[] aptxTrees)
 192   {
 193     MainFrame aptxApp = Archaeopteryx.createApplication(aptxTrees,
 194             "_aptx_jalview_configuration_file", null);
 195     return aptxApp;
 196   }
 197
 198
 199   public static ExternalTreeViewerBindingI<?> bindNodesToJalviewSequences(
 200           final MainFrame aptxApp,
 201           final AlignmentViewport jalviewAlignViewport,
 202           final Map<SequenceI, PhylogenyNode> alignMappedToNodes,
 203           final Map<PhylogenyNode, SequenceI> nodesMappedToAlign)
 204   {
 205     return new JalviewBinding(aptxApp, jalviewAlignViewport,
 206             alignMappedToNodes, nodesMappedToAlign);
 207   }
 208
 209
 210   public static MainFrame bindFrameToJalview(final MainFrame aptxApp)
 211   {
 212     int width = 400;
 213     int height = 550;
 214     aptxApp.setMinimumSize(new Dimension(width, height));
 215     // aptxApp.setFont(Desktop.instance.getFont());
 216     // aptxApp.getMainPanel().setFont(Desktop.instance.getFont());
 217
 218     Desktop.addInternalFrame(aptxApp, "Archaeopteryx Tree View", true,
 219             width, height, true, true);
 220
 221     return aptxApp;
 222
 223   }
 224
 225
 226 }